В конце XVIII века московская филипповская община насчитывала до трёхсот человек. Во время пребывания Наполеона в Москве в 1812 году Братский двор сгорел, так что после освобождения города от французов пришлось строить новую моленную, на этот раз каменную. Окрестные дома были скуплены купцами-филипповцами, и дворы этих домов образовывали своеобразный лабиринт, позволявший представителям согласия скрываться от полиции. После выхода Указа о веротерпимости в 1905 году к углубленному в землю зданию моленной пристроили колокольню.

Молиться на Братский двор приезжали издалека и жили в богаделенных зданиях месяцами, причём приезжих кормили бесплатно. Приблизительно с 1885 года настоятельницей Братского двора стала инокиня Парасковия, много потрудившаяся для сохранения этого духовного центра. Вплоть до 1917 года Братский двор, как и большинство других старообрядческих храмов и монастырей, считался частной собственностью, переходившей от одного доверенного лица к другому. После смерти брата инокини Парасковии К.А. Беликова, который являлся номинальным владельцем Братского двора, всё владение перешло к пяти наследникам. Матери Парасковии досталась пятая часть. Из прочих наследников лишь один Ф.Н. Калмыков оказался вполне порядочным человеком. Остальное же наследство пришлось выкупать и отсуживать, на что ушло немало сил и средств. После смерти Парасковии Братский двор перешёл в собственность инока Виталия, инокини Фёклы и некоего Чибисова. Интересно, что, поскольку при Братском дворе своего кладбища не было, филипповцы предпочитали хоронить покойников не на Преображенском кладбище, а на Рогожском.

Несколько позже московского Братского двора появились филипповская моленная на Болотной улице (основана в XVIII веке) и женский скит за Московской заставой в Петербурге. Вообще благодаря близости Выговского монастыря к Северной столице староверы появились здесь достаточно рано. С самого начала основания города Пётр I, нуждавшийся в искусных ремесленниках, переселял их сюда из разных мест — преимущественно на Охту и в район села Рыбацкого. Особенно нужны были плотники, а самые знатные плотники — олончане и архангелогородцы — все сплошь были староверами. В царствование Екатерины II в Петербурге на Моховой улице было основано подворье Выговского монастыря (1768), а также построены поморские и федосеевские моленные на Малоохтинском (1760) и Волковом (1777) кладбищах, впоследствии ставшие центрами своих согласий на всём Северо-Западе. В начале XIX века в одной из комнат дома купца Дмитриева на Коломенской улице, 12, устроили свою моленную на 150 человек и филипповцы. Моленная была освящена в честь Владимирской иконы Божьей Матери. При этой моленной жил известный иконописец Н.С. Рачейсков, беседы с которым вдохновили писателя Н.С. Лескова на создание рассказа «Запечатлённый ангел». В 1911–1913 годах флигель дома на Коломенской был специально перестроен для моленной и квартир служителей по проекту архитектора Ф.Ф. Лумберга. По имени одного из новых хозяев — Павлина Ивановича Киржакова — моленная стала называться в народе Киржаковской.

Гонения XX века оказались самым серьёзным испытанием для староверия. Двадцатому веку во многом удалось сделать то, чего не смогли достичь ни гонения, ни инквизиция предшествующих трёх веков — многие староверы отошли от веры своих отцов. Одной из главных причин такого отступления явилось то, что целые социальные слои, традиционно служившие опорой старообрядчества: купцы, промышленники, кустари, мелкие предприниматели, кооператоры, крепкое крестьянство, казачество, — были уничтожены. Царская власть, преследовавшая староверов за их убеждения, всё же не ставила перед собой задачу разрушения быта и социальной структуры, являвшихся «стержнем» старообрядческой религиозной жизни. Поэтому староверы «сравнительно легко переносили дискриминацию и открытые гонения. Полное же разрушение быта и общественных связей в подсоветской России самым трагическим образом сказалось на состоянии старообрядчества»[130].

От гонений XX века пострадали все без исключения старообрядческие согласия, но по филипповцам, пожалуй, был нанесён один из самых тяжёлых ударов, поскольку у них не было единого духовного центра и всё держалось на авторитете того или иного наставника. В 1930-е годы был нанесён удар по филипповцам Северной Двины — теперь духовная традиция в этих местах совершенно прервалась и «лишь развалившиеся избы по двинским берегам ещё напоминают о былой славе филипповских скитов»[131]. В Кимрах хотя филипповцы в наши дни и существуют, однако не столь многочисленны, как некогда.

В Москве Братский двор был разорён после революции. В 1926 году была снесена колокольня, а в 1933 году президиум горисполкома решением от 7 мая постановил закрыть молитвенный дом христиан филипповского согласия. Решением от 5 июля того же года президиум Мособлисполкома поддержал это решение, «так как молитвенный дом пришёл в полную ветхость из-за отсутствия необходимых решений и малочисленности верующих…»[132]. Несмотря на все жалобы филипповцев, президиум ВЦИКа на заседании 10 сентября 1933 года утвердил решения городских властей и окончательно ликвидировал храм. Само здание моленной было снесено уже в 1982 году, и на его месте теперь находится городской сквер.

После того как Братский двор был разорён, московские филипповцы некоторое время собирались на Рогожском кладбище, пока не получили в 1940 году бывшую федосеевскую Никольскую часовню на Преображенском кладбище возле могилы основателя кладбища И.А. Ковылина. Московская филипповская община просуществовала вплоть до начала 1990-х годов и прекратила своё существование лишь со смертью стариков, а здание часовни было возвращено федосеевцам. Молодые же представители согласия во главе со своим наставником М.Ю. Орловским переселились в Архангельскую область, где воссоздали общину под Каргополем.

В Северной столице община при Киржаковской моленной в 1919 году была официально зарегистрирована и просуществовала вплоть до мая 1935 года, когда власти приказали моленную закрыть. В мае 1946 года здание частично было возвращено староверам, причём молились здесь все беспоповцы Ленинграда — и поморцы, и федосеевцы, и филипповцы, поскольку власти не хотели давать отдельные помещения представителям различных беспоповских общин, да и контролировать их так было легче. Со временем, благодаря мудрой политике настоятеля о. Амбросия Иоакимовича Толстова, все беспоповцы Северной столицы объединились в одну Древлеправославную Поморскую Церковь. Однако во время новых, на этот раз хрущвских гонений моленная на Коломенской улице опять была закрыта, а община переведена в Рыбацкое (1961), ставшее впоследствии одним из крупнейших беспоповских центров страны. Только в 1994 году здание на Коломенской было возвращено староверам-поморцам, и в его стенах возобновилась церковная жизнь.