Опасения старца Филиппа были не напрасны. В 1739 году на Выг была отправлена особая следственная комиссия, возглавлявшаяся асессором О.Т. Квашниным-Самариным. Создание этой комиссии было вызвано доносом бывшего жителя Выговской обители Ивана Круглого, обвинявшего выговцев в немолении за царя и прочих «преступлениях» и «сшивавшего» на монастырь и скиты «многия клеветы». В связи с деятельностью комиссии Квашнина-Самарина произошёл и окончательный разрыв между филипповцами и выговцами. Под давлением самаринской комиссии выговцы вынуждены были принять «моление за царя» и поминать царствующую императрицу Анну Иоанновну. Правда, в тексте тропаря Кресту будущий выговский киновиарх Мануил Петров заменил эпитеты «благочестивый» и «православный» на «державный», но это всё-таки была серьёзная уступка. Тем самым нарушался один из важнейших заветов соловецких отцов: «Великого государя имени в службах не поминать и Бога не молить». Филипповцы с подобным компромиссом не согласились и назвали выговцев «самарянами» (от имени Самарина).

Здесь нужно отметить, что отказ филипповцев, а впоследствии и отделившихся от них странников молиться за царя был связан совсем не с «антимонархическим протестом», как пытались представить дело некоторые исследователи, а с совершенно иными причинами. Ещё в XIX веке профессор И.Ф. Нильский, опираясь на страннические тексты, показал, что «странники не признают существующей власти не по демократически-демагогическим стремлениям своим к анархии, к безначалию, не потому, чтобы им была ненавистна власть вообще сама по себе, но потому, что цари, по мнению сектантов, нечестивы, антихристы»[129].

Существование филипповской обители некоторое время удавалось скрывать от комиссии Самарина, однако в октябре 1742 года в комиссию поступил донос одного «шунжанина». Подьячий, через которого поступил донос, «на выкуп чрез человека суземскаго прошал пять рублей», чтобы дело было замято, но старец Филипп, извещённый об этом, не предпринял никаких действий. Не стал он и бежать, хотя такая возможность у него была. В результате в Филиппов скит незамедлительно прибыл карательный отряд, и когда солдаты начали рубить ворота скита, скитские жители подожгли моленную, в которой собрались. Вместе с Филиппом сгорело 72 его последователя, и лишь около двадцати насельников обители спаслись от огня и попали в руки комиссии.

Из духовных чад старца Филиппа некоторые жили за пределами скита. Опасаясь преследований, они, общим числом 49 человек, собрались в одной избе и сгорели утром 24 октября. В 1747 году ещё один последователь Филиппа, старец Терентий, вместе с 98 своими сторонниками также сгорел на глазах воинской команды. Следующим стал старец Матфей, который собрал вокруг себя десятки людей и погиб в пламени в 1750 году. Страшная волна гарей в середине XVIII века прокатилась по всей Российской империи…

В литературе существует несправедливое мнение о якобы особой склонности именно филипповцев к самосожжениям. Но, как уже было сказано выше, волна самосожжений прокатилась в середине XVIII века по всей России и коснулась сторонников практически всех согласий, в то время как в дальнейшем случаев самосожжений среди филипповцев не наблюдалось. Наоборот, есть свидетельства о том, что когда в 1770-е годы некий филипповский инок Иона стал проповедовать в Поморье «замаривати» себя и «сожигатися», он был осужден остальными филипповскими отцами.

По сути, филипповцы — это те же поморцы, которые считали себя продолжателями первоначальной выговской поморской традиции, преемственно восходящей к традиции соловецкой. Отсюда и их самоназвание — «христиане старопоморского и соловецкого потомства». В основных вопросах филипповцы придерживались поморского и федосеевского учения, но старались выполнять их как можно строже, за что получили в народе прозвание «крепковеров», или «крепких христиан». Так, например, в отличие от поморцев, они так и не приняли тропарь за царя и строго соблюдали безбрачие; в отличие от федосеевцев, воздерживались от общения не только с неверными, но и со «старожёнами», не поклонялись богородичной иконе «Всем скорбящим радосте», утверждая, что она была явлена уже после патриарха Никона (остальные старообрядцы принимают этот иконописный образ). Ещё одной особенностью филипповского согласия было то, что богослужения у них проходили строго по монастырскому уставу, то есть каждую службу суточного круга служили в положенное время. Если по уставу полагалось «всенощное бдение», то они действительно молились всю ночь, не объединяя несколько служб «для удобства» и не сокращая их. Канонические нормы филипповского согласия были изложены в книгах «Стостатейник» и «Христианское житие». Новые члены принимались от федосеевцев через шестинедельный пост, от брачных поморцев — через двенадцатинедельный, от прочих — перекрещивались.

Справедливости ради нужно отметить, что те новшества, против которых восстали филипповцы на Выге, стали вводиться далеко не во всех поморских общинах.

Моление за царя, прежде всего, было принято на Выге и в крупных городских общинах, в то время как в деревнях, где контроль власти был ослаблен, наставники как молились, так и продолжали молиться, не поминая в тропаре царя. Также и вопрос о браке не везде решался одинаково. Наряду с брачными поморцами всегда существовали и небрачные.

Со временем филипповское учение достаточно широко распространилось в деревнях северных губерний: в Верхнем Подвинье, в Сольвычегодском и Великоустюжском уездах, на Кокшеньге и Ваге, в Тотемском уезде и в других местах Вологодской губернии, на Верхней Волге — в Кимрах, Угличе, Ростове Великом, Рыбинске, Ярославле и окрестных сёлах, а также в Костромской губернии. В Угличе даже был создан филипповский монастырь, разорённый властями в середине XIX века. Одним из значительных центров филипповского согласия до наших дней остаётся село (впоследствии город) Кимры Тверской губернии. Филипповцы стали появляться и в других, более отдалённых от Поморья районах России — в Среднем Поволжье, в Урене (Нижегородская губерния), в Нолинском и Глазовском уездах Вятской губернии, на Южной Вятке. Филипповские общины появились в крупных городах — Москве, Петербурге, Одессе, а также за границей — в Польше и Румынии.

В 1760-е годы значительная часть московских поморцев последовала филипповскому учению, а в 1780-е годы выходцы из Кимр основали в Москве главный духовный центр филипповцев — Братский двор, сопоставимый по своему значению для них с Преображенским и Рогожским кладбищами.

Братский двор находился в Дурном переулке (ныне Товарищеский), в глубине домовладения № 6. В 1789 году на средства тверского купца Т.И. Долина здесь была выстроена деревянная моленная во имя Успения Пресвятыя Богородицы, Преображения Господня, святителя Николы и преподобных Зосимы и Саватия, соловецких чудотворцев. В переулок выходили два каменных жилых флигеля с богадельней, которые сохранились в перестроенном виде до наших дней. В саду, во дворе, разместилась моленная, не отмечавшаяся на планах Москвы. При Братском дворе существовали иконописная и меднолитейная мастерские, устроенные первым наставником общины Алексеем Яковлевым (прозвание — Балчужный, настоящая фамилия — Смирнов; ум. в 1815 году). Вторым наставником был Пётр Иванов. Алексей Яковлев в качестве настоятеля Братского двора стремился к объединению всех филипповских общин, существовавших в то время в России, и к созданию в Москве единого духовного центра филипповского согласия. Он оставил после себя множество сочинений, посвящённых как проблемам внутренней жизни филипповцев, так и их отношениям с другими старообрядческими согласиями, с официальной церковью и государством.