Большую часть времени на переходе от Марселя до Мальты Каннингхэм посвятил составлению ответов на сотни писем с поздравлениями, которые пошли сплошным потоком после того, как газеты сообщили о. его назначении командующим Средиземноморским флотом. Особенно дорогими были письма от моряков, много лет назад служивших под его началом на «Скорпионе». Страшный призрак войны уже поднимался на горизонте, и люди верили, что в трудный час адмирал Каннингхэм лучше других справится с задачей. Он тоже испытывал чувство уверенности. Много лет спустя адмирал Уильям Джеймс напишет: «Меня никогда не покидало чувство, что в тот период истории Каннингхэм стал для нас настоящим даром божьим».

«Пенелопе» бросила якорь в александрийской гавани в полдень 5 июня. Каннингхэм немедленно отправился к Дадли Паунду на «Уорспайт». С заходом солнца флаг прежнего командующего был опущен. Паунд ввел своего предшественника в курс обстановки, сложившейся на Средиземном море, а Каннингхэм по мере возможности постарался изложить ему положение дел на родине, в особенности в Адмиралтействе. На следующий день ранним утром Паунд вылетел на летающей лодке в Англию. Каннингхэм приступил к обязанностям командующего Средиземноморским флотом в 9 утра 6 июля 1939 года. В тот день все корабли, кроме «Уорспайта», находились в море.

Летом 1939 г. британский Средиземноморский флот состоял из флагманского корабля «Уорспайта», который вместе с «Бархэмом», «Малайей» и «Рэмиллисом», входил в состав 1-ой эскадры линейных кораблей под командованием вице-адмирала Джеффри Лейтона, державшего свой флаг на «Бархэме». 1-ая эскадра крейсеров под командованием контр-адмирала Дж. Д.Каннинтхэма включала три тяжелых крейсера — «Девоншир», «Сассекс» и «Шропшир». 3-ей эскадрой крейсеров в составе «Аретыюзы». «Пенелопе» и двух кораблей типа «Дели» командовал контр-адмирал Г.Р.Мур. Три флотилии эсминцев возглавлял контр-адмирал Дж. Тови, державший свой флаг на «Галатее». Флот также располагал авианосцем «Глориес», плавучей базой эсминцев «Вулвич», плавучей базой подводных лодок «Мэйдстоун», флотилией подводных лодок и флотилией торпедных катеров.

Каннингхэм унаследовал штаб флота практически в том же составе, в каком он был сформирован Паундом. Возглавлял штаб командор Алджернон Уиллис. Можно сказать, что по складу характера, Уиллис являлся полной противоположностью Каннингхэму. Однако эти два человека сразу почувствовали взаимную симпатию и потянулись друг к другу, как два противоположных полюса магнита. За годы войны они так тесно сработались, что научились понимать друг друга без слов.

Каннингхэм до конца дней сохранил самое высокое мнение о своем бывшем начальнике штаба: «Я знал его раньше, когда он служил старшим офицером-торпедистом миноносных сил в составе Флота Метрополии, и позднее, когда он успешно командовал „Нельсоном“, а затем „Верноном“. Я знал, что он считался одним из умнейших и способнейших людей на флоте среди офицеров своего поколения, но лично убедиться, сколь велики были его таланты, мне довелось только после того, как мы встретились при описанные обстоятельствах. Мне потребовалось много времен, чтобы осознать, как мне повезло, что я оставил его начальником штаба. С богатым воображением, всегда исполненный новых идей, он тщательнейшим образом делал любую работу, за которую брался, при этом он был поборником строгой дисциплины — словом, вскоре я обнаружил, что наши взгляды на жизнь практически полностью совпадают».

В целом, следует признать, что командор Уиллис был человеком с довольно ограниченным кругозором, Он неукоснительно придерживался буквы устава и был практически начисто лишен чувства юмора. Возможно, он страдал от каких-то комплексов и неуверенности в себе, поскольку психологически нуждался в постоянном одобрении и похвале от командующего флотом, о Каннингхэме Уиллис отзывался не менее комплиментарно: «…Он был замечательным человеком, хотя подчас с ним было непросто, что вполне объяснимо, если принять во внимание лежавшую на нем громадную ответственность. В отличие от Паунда. Э.Б.К. прекрасно понимал, как работать со штабом, и лично мне с ним было легче во всех отношениях. Иногда я категорически с ним не соглашался, и он проявлял понимание. Бездумных исполнителей он не жаловал».

Среди других офицеров штаба следует упомянуть командира «Уорспайта» капитана 1 ранга Виктора Кратчли. Он получил «Крест Виктории» за отвагу, проявленную при попытке блокирования Остенде в мае 1918 г. Далее следовала отлично подобранная группа молодых и энергичных капитанов III ранга: Ройер Дик (оперативное планирование), Джеффри Барнард (старший артиллерийский офицер флота), Уильям Кари (старший офицер-торпедист), Томас Браунригг (старший инженер-механик флота) и Юстас Гиннес (разведка). Позднее к ним присоединился Мэнли Пауэр — возможно, самый способный офицер в штабе Каннингхэма.

Каннингхэм принял Средиземноморский флот в отличном состоянии и высокой степени боеготовности. Корабли находились в Александрии исключительно по причине итальянской агрессии против Албании. Мальта по-прежнему широко использовалась для докования и ремонта. Однако в случае войны Александрии предстояло стать главной базой флота, хотя для выполнения такой функции в ней многого недоставало. Противовоздушная оборона города и порта оставалась слабой. Доки и ремонтная база имели весьма ограниченные возможности. Мелкий ремонт кораблей можно было осуществлять у причальных стенок силами рабочих портовых мастерских. Самый крупный в Александрии так называемый Габбари-док мог принимать корабли водоизмещением не более 4.500 т.

Вместе с тем, приготовления Александрии к войне неуклонно продвигались вперед. К лету 1939 года англичане успели обзавестись настоящей верфью с глубоким бассейном и достроить аэродром для морской авиации берегового базирования. Многочисленные склады быстро заполнялись боеприпасами, запчастями и всем прочим, что необходимо для обеспечения флота. Незадолго до ухода из Адмиралтейства Каннингхэм добился отправки в Александрию плавучего дока из Портсмута, способного принимать линейные корабли. Несколько месяцев спустя его доставили на место. Переброска большого плавучего дока с Мальты оказалась невозможной по причине его плачевного технического состояния.

В течение третьей недели июня Каннингхэм на «Уорспайте» посетил Порт-Саид, где он вместе с комендантом порта вице-адмиралом Артуром Бедфордом осмотрел инфраструктуру по обслуживанию военного флота и проинспектировал- береговые батареи, защищавшие вход в Суэцкий канал. Последние совершенно не соответствовали стоявшей перед ними задаче, поскольку были вооружены устаревшими 6-дюймовыми пушками.

В Европе события неуклонно развивались в направлении большой войны. Следующей жертвой германской агрессии со всей очевидностью должна была стать Польша. Британское Адмиралтейство издало приказ с 31 июля укомплектовать полными экипажами резервный флот и держать его в состоянии боеготовности в течение двух месяцев.

Что касается Средиземноморского флота, то здесь главной «головной болью» англичан являлась Италия. Каннингхэм придерживался мнения, что единственно правильный способ действия против Италии, с учетом имевшихся у англичан в восточном Средиземноморье сил и средств, это обеспечить надежную блокаду с моря Ливии. В случае если морские коммуникации противника будут перерезаны, в течение 6 месяцев Ливия, Эритрея. Эфиопия и Итальянское Сомали прекратят сопротивление. Капитуляция итальянской армии в Ливии и одновременные удары с моря по итальянскому побережью в тех местах, где можно причинить наибольший ущерб, сломят моральный дух и волю к сопротивлению у вооруженных сил и гражданского населения.