28 октября 1918 г. создание войск ВЧК было закреплено утвержденным ВЦИК Положением о чрезвычайных комиссиях. Согласно этому документу они наделялись правом организации особых вооруженных отрядов. На местах их численность регулировалась местными исполкомами по соглашению с ВЧК. Ее войска оставались при этом под контролем РВСР[418].

Войска ВЧК предназначались главным образом для ведения Гражданской войны в особых условиях, хотя это не исключало их участия в боях против регулярных войск интервентов и белогвардейцев[419].

Весной 1919 г., в период подготовки наступательных операций Красной армии, встал вопрос об обеспечении тыла, для чего требовалось объединить все войска вспомогательного назначения под руководством единого штаба. До конца мая 1919 г. наряду с корпусом войск ВЧК при многих ведомствах имелись собственные вспомогательные войска. Отсутствие общего управления этими войсками приводило к параллелизму и излишнему распылению сил. 28 мая по инициативе ВЧК на заседании СРКО был поставлен вопрос об объединении всех войск вспомогательного назначения в единую организацию. СРКО принял по этому поводу решение, в котором указывалось: «Все вспомогательные войска (особого назначения), состоящие в распоряжении отдельных ведомств, учреждений и организаций: Наркомпрода, Главвода, Главсахара, Главнефти, Центротекстиля и проч., за исключением войск железнодорожной и пограничной охраны, с 1 июня текущего года переходят в подчинение Наркомвнудела через штаб[420] войск Внутренней охраны»[421].

На войска внутренней охраны (ВОХР) возлагалось несение внутренней службы в соответствии с потребностями отдельных ведомств. Основными задачами войск ВОХР были борьба с бандитизмом и дезертирством, сбор продразверстки. Впоследствии к этим задачам прибавилась задача охраны транспорта. Общий порядок службы в войсках ВОХР, их строевая подготовка, организация, комплектование и снабжение всеми видами довольствия определялись на основе положений, предусмотренных для Красной армии[422].

К весне 1920 г. войска ВОХР, приданные ЧК, составляли ¼ всех войск. При этом каждой губернской ЧК передавалось по одному батальону. В оперативном отношении они подчинялись руководству ЧК по территориальности, в строевых, хозяйственных и политических вопросах – старшим войсковым начальникам. Руководство бригад и секторов ВОХР не могло использовать приданные губчека батальоны без их согласия. На случай обострения обстановки в подверженных контрреволюционным проявлениям регионах создавались войсковые резервы ВОХР[423].

К середине 1919 г. численность войск ВОХР увеличилась до 125 тыс. человек, из которых 40 батальонов входило в состав войск ВЧК[424].

1 сентября 1920 г. СТО сделал новый шаг к объединению всех войск вспомогательного назначения. По предложению Ф.Э. Дзержинского СТО постановил объединить войска железнодорожной обороны, караульные части, находившиеся в ведении ВГШ и НКЮ, части железнодорожной и водной милиции, а также все другие войска, имеющие своим назначением охрану, поддержание порядка и обеспечение выполнения распоряжений правительства, с войсками ВОХР как на фронте, так и в тыловых округах в один общий вид войск внутренней службы (ВНУС). Командующий войсками ВНУС непосредственно подчинялся НКВД и Главнокомандующему Вооруженными силами Республики[425]. Для войск внутренней службы, обслуживавших ВЧК и местные ЧК, предусматривались особые штаты, выработанные коллегией ВЧК[426].

С возложением по постановлению СТО 24 ноября 1920 г. охраны государственных границ на особый отдел ВЧК[427] ему для несения пограничной службы придавались соответствующие воинские части (первоначально войск ВНУС, затем войск ВЧК, а позже Красной армии).

Окончание Гражданской войны в Европейской России поставило вопрос о сокращении и реорганизации Красной армии. В декабре 1920 г. Ф.Э. Дзержинский принимал участие в совещании партийных, советских и военных деятелей, созванном РВСР с согласия ЦК РКП(б) и СНК для обсуждения проекта реорганизации армии. По вопросу войск ВНУС совещание признало целесообразным упразднить эти войска как самостоятельные и передать их РВСР, за исключением войск, обслуживавших чрезвычайные комиссии.

19 января 1921 г. СТО принял подготовленное Ф.Э. Дзержинским и Э.М. Склянским постановление о передаче войск ВНУС в военное ведомство и об организации войск ВЧК. Пункт 8 этого постановления гласил: «Все части и отряды, состоящие в ведении ВЧК, свести в особый вид войск, именуя их “войсками ВЧК”, подчинив их во всех отношениях ВЧК». Управление железнодорожной и водной милиции было также изъято из ведения войск ВНУС и передано ВЧК.

Кроме обслуживания нужд чрезвычайных комиссий СТО возложил на войска ВЧК охрану границ, железнодорожных станций и пристаней, за исключением военно-продовольственных складов и грузов, мостов и электростанций[428].

21 января 1921 г. коллегия ВЧК утвердила «Основные положения организации войск ВЧК». Войска состояли из батальонов и бригад и предназначались для обслуживания местных ЧК, охраны границ, транспорта, железнодорожных станций и сооружений, а также выполняли задачи по борьбе с бандитизмом и обеспечению общественного порядка. Руководство войсками осуществлял председатель ВЧК через командующего войсками.

10 июля 1921 г. было утверждено новое Положение об организации войск ВЧК. Оно регламентировало весь комплекс вопросов устройства, управления, службы, укомплектования и обеспечения, определяло права и обязанности начальников. Изменилась и структура руководящих органов. Штаб войск был преобразован в Управление. После реформирования в декабре 1921 г. и составе войск ВЧК находились части и соединения по охране угольного района Донбасса, охране сухопутных и водных путей; специальные и обслуживающие подразделения[429].