Транспортным ЧК вменялось в обязанность наблюдать за своевременной разгрузкой железнодорожных составов соответствующими органами и организациями и в случае невыполнения работ в назначенный чрезвычайной комиссией срок привлекать их к ответственности. При контроле за выполнением этих работ, а также при обеспечении продвижения военных грузов транспортная ЧК действовала совместно с комендантами станций. Окружным транспортным отделам предоставлялось право применять высшую меру наказания или же предавать суду военно-революционного трибунала лиц, уличенных во взяточничестве, в хищении грузов и железнодорожных материалов, а также железнодорожников, систематически занимавшихся саботажем. Кроме того, определялся порядок пользования органами ЧК железнодорожным телеграфом и обеспечения чекистов продовольствием[393].

Структура транспортных органов ВЧК в годы Гражданской войны неоднократно менялась. В мае 1919 г.[394] в связи с преобразованием округов путей сообщения в дорожные управления НКПС произошло упразднение окружных транспортных отделов ЧК. Вместо них были созданы дорожные транспортные чрезвычайные комиссии как органы управления всеми отделениями ТЧК на железной дороге. ТЧК, деятельность которых распространялась на два и более железнодорожных и водных путей сообщения, стали называться районными транспортными чрезвычайными комиссиями (РТЧК). При узловых станциях и основных депо создавались участковые транспортные чрезвычайные комиссии (УТЧК)[395]. Такие же комиссии образовывались и при крупных пристанях. Транспортные ЧК теперь не подчинялись губернским чрезвычайным комиссиям. ТЧК создавались по экстерриториальному принципу, то есть в соответствии с административным делением НКПС. Высшей инстанцией для них являлся транспортный отдел ВЧК[396].

В соответствии с положением от 10 мая 1919 г. транспортный отдел ВЧК состоял из четырех подразделений: общей части, инспекции, специальной части и следственной части. Общая часть решала вопросы административного характера на основе указаний и постановлений коллегии ТО ВЧК. Инспекция занималась вопросами комплектования, расстановки и воспитания личного состава местных органов ТО ВЧК, вела делопроизводство, осуществляла надзор за точным выполнением местными ЧК распоряжений и постановлений советского правительства по транспорту и руководящих указаний транспортных ведомств. Специальная часть ведала вопросами секретного сыска (разведки). Следственная часть осуществляла контроль за следственной работой местных ЧК, рассматривала апелляционные дела и подготавливала для доклада ВЧК уголовные дела на арестованных, в отношении которых предполагалось применение высшей меры наказания.

Во главе транспортного отдела находились заведующий и два его помощника, а также заведующие частями. Кроме того, в состав отдела входили представители военного ведомства и НКПС.

На местные транспортные ЧК возлагались такие задачи, как борьба с контрреволюцией, саботажем, преступлениями по должности и другими уголовными преступлениями на железных дорогах, водных и шоссейных путях сообщения, наблюдение за порядком на станциях и пристанях.

Одновременно были приняты меры по обеспечению взаимодействия транспортных и территориальных ЧК. В частности, на III Всероссийской конференции чрезвычайных комиссий (июнь 1919 г.) было принято дополнение к приказу ВЧК от 11 мая 1919 г., согласно которому представители губернских чрезвычайных комиссий должны были входить в РТЧК и УТЧК в качестве членов коллегий. Одновременно председатели транспортных ЧК должны были являться членами коллегий губернских ЧК.

Гражданская война требовала надежного обеспечения порядка и безопасности на железных дорогах, повышения их пропускной способности, сосредоточения усилий транспорта на удовлетворении нужд обороны. С этой целью СНК ввел в ночь с 29 на 30 ноября 1918 г. военное положение на всех железных дорогах. Служащие НКПС объявлялись призванными на военную службу. В приоритетном порядке железные дороги обеспечивали выполнение военных заданий. Для реализации военного положения на железных дорогах каждого фронта назначались чрезвычайные военные комиссары, которые утверждались Реввоенсоветом Республики и подчинялись члену РВСР – наркому путей сообщения. СНК утвердил также «Положение о чрезвычайных Военных комиссарах железных дорог», в котором в общих чертах определил их задачи, права и обязанности[397].

В июле 1919 г. для проведения в жизнь военного положения на железных дорогах вместо чрезвычайных военных комиссаров был введен институт особоуполномоченных СРКО, которым подчинялись транспортные ЧК.

12 ноября 1919 г. Совет рабочей и крестьянской обороны упразднил институт особоуполномоченных СРКО. Для реализации военного положения и содействия снабжению железнодорожного транспорта топливом был образован Особый комитет из трех лиц, подчиненный непосредственно Совету рабочей и крестьянской обороны. Находясь в ведении СРКО, Комитет получил в свое подчинение аппарат транспортного отдела ВЧК для осуществления мероприятий по реализации военного положения и содействия снабжению железных дорог топливом. При этом о своей деятельности Комитет регулярно отчитывался перед ВЧК, НКПС и РВСР[398].

Несмотря на создание чрезвычайных органов по проведению военного положения на железных дорогах, разруха на транспорте продолжала углубляться. Вместе с тем в СРКО стали поступать сведения о том, что сотрудники Особого комитета и транспортных ЧК вмешивались в административно-техническую сторону работы железнодорожных администраций, препятствуя тем самым восстановлению транспорта.

16 января 1920 г. СРКО упразднил Особый комитет по проведению военного положения на железных дорогах, передав его обязанности и личный состав Наркомату путей сообщения и транспортному отделу ВЧК. Совет рабочей и крестьянской обороны также принял постановление о реорганизации транспортного отдела ВЧК, в соответствии с которым на ТО ВЧК и его местные органы были возложены следующие задачи:

а) борьба с контрреволюцией, злостным или организованным саботажем и спекуляцией на железных дорогах;

б) исполнение заданий ответственных лиц железнодорожной администрации во всех тех случаях, когда последняя обращается к ТО ВЧК и ее органам за оказанием содействия по принятию мер осведомления, розыска, пресечения, задержания отдельных лиц и т. п.;

в) систематическое осведомление соответствующих органов НКПС о состоянии транспорта, поскольку ТО ВЧК и его органы при исполнении своих прямых обязанностей получают сведения, имеющие значение для НКПС[399].