Епископ порицал стремление к роскоши и безнравственность и не щадил никого, даже императрицу. Раздраженная императрица решила отправить Хрисостома в изгнание и нашла себе союзника в Теофиле, который был тогда епископом Александрии и предшественником Кирилла. Несмотря на некоторые трудности, они добились своей цели, и Хрисостом (Иоанн Златоуст) умер в изгнании. Александрия снова победила.

Здесь дело касалось личностей. Более опасная борьба идеологического характера охватила оба города.

В 428 г. Нестор, священник сирийского происхождения, стал епископом Константинополя в период правления императора Феодосия II. В это время ариане и другие еретики прошлого подлежали смертной казни.

Нестор начал новую дискуссию о природе Иисуса. Было уже общепринято, что Иисус имеет божественную сущность, теперь, когда арианство было полностью подавлено, но стоял вопрос о его человеческой сущности, и возник спор о том, как соотносятся между собой эти два аспекта.

Нестор полагал, что Христос был человеком, который преодолел человеческую слабость и стал Мессией. На этом основании он считал Деву Марию не Богородицей, а человекородицей. Ее можно называть матерью Христа, но не Бога. Согласно этой точке зрения, которую назвали несторианством, в Иисусе человеческое и божественное начала пребывают лишь в относительном соединении, никогда полностью не сливаясь.

Это был по меньшей мере частичный шаг в сторону арианства, и снова Александрия вела борьбу против этой точки зрения. Кирилл Александрийский был безжалостным врагом. Феодосий II созвал Третий Вселенский собор в 431 г. в Эфесе — городе на побережье Малой Азии, сопровождавшийся ожесточенными спорами епископов. Собор осудил несторианство и принял Деву Марию Богородицей. Сам Нестор был отстранен от своего поста и отправлен в изгнание в Верхний Египет.

И вновь победила Александрия.

Несмотря на это, несторианство продолжало существовать в Малой Азии и Сирии, и в конце концов, когда давление государства стало слишком сильным, несторианцы отправились в изгнание на восток, в Персию. Благодаря им в конечном счете греческая культура достигла и Китая.

Но затем константинопольский архимандрит Евтихий принял противоположную точку зрения. Он утверждал, что Иисусу присуща одна природа — божественная, а не две — божественная и человеческая. Так возникло учение монофизитов (с греческого «одна природа»), получивших поддержку в Египте, но с презрением отвергнутых в Константинополе.

Кирилл Александрийский умер в 444 г., а его преемник был убежденным монофизитом. Спор стал серьезным и опасным, так же как и арианский вопрос 100 лет назад, и Феодосий II не знал, как справиться с этим.

Но Феодосий II в 450 г. умер, его преемник Марсиан твердо придерживался убеждений о двойной природе Иисуса. Он созвал Четвертый Вселенский собор в 451 г. в Халкедоне — пригороде Константинополя, прямо у пролива в Азию.

Здесь в конце концов Александрия проиграла. Доктрина о двойной сущности, принятая и в Константинополе, и в Риме, стала частью католических догм, и учение монофизитов было объявлено ересью. Евтихия отправили в изгнание.

Александрия, однако, не смирилась с поражением. Она упорно придерживалась учения монофизитов, в первую очередь потому, что Константинополь был ее противником.

Религиозный раскол в империи (продолжавшийся, несмотря на очередные вселенские соборы) стал еще опаснее из-за военных неудач, постигших империю после смерти Феодосия I.

В этот период на трон взошли два его юных сына — один на востоке, другой на западе, и после этого империя больше никогда не была полностью единой. Появились две половины, обычно обозначаемые как Восточная Римская империя и Западная Римская империя. Феодосий и Марциан, главенствовавшие на Третьем и Четвертом Вселенских соборах, в таком же порядке были императорами Восточной Римской империи. Естественно, Египет тоже был частью Восточной Римской империи.

Больше всего из-за этого пострадала Западная Римская империя. За столетие после смерти Феодосия I гунны и различные германские племена проходили маршем по европейским провинциям империи. Вандалы, одно из германских племен, даже пересекли узкий пролив к югу от Испании, вошли в Африку и создали царство с центром около Карфагена. Некоторые провинции Восточной Римской империи были также временно захвачены. Но Египет не пострадал.

В 476 г. Западная Римская империя прекратила существование, в том смысле, что последний признанный император был низложен.

Но оставалась Восточная Римская империя, и на некоторое время показалось, что она сможет вернуть утраченное. Император Юстиниан взошел на трон в 527 г. и отправил свои армии на запад, чтобы освободить провинции, оккупированные варварами.

Этим армиям удалось разрушить царство вандалов в Северной Африке и объединить этот регион с Восточной Римской империей. Италия, таким образом, была отвоевана, а также часть Испании. Казалось, угроза от варваров, как во времена Аврелия два с половиной столетия назад, будет ликвидирована.

А пока завоевания на западе обострили проблемы Юстиниана в отношении религии. Юстиниан был пылким католиком, и во время его правления о язычестве уже никто не вспоминал. В 529 г. он закрыл Академию в Афинах после почти девятивекового существования, и печальные философы отправились в изгнание в Персию. В этом столетии также был разрушен храм Исиды на острове Филе, и древняя египетская религия умерла практически через четыре тысячи лет после Менеса. Юстиниан также сурово обошелся с иудеями и другими ересями прошлого.

А что же с монофизитами? Влияние монофизитства усиливалось в Египте и Сирии, и Юстиниан был в растерянности. Его жена Феодора была убежденной монофизиткой. Кроме того, его новые завоевания на западе были явно антимонофизитскими, и общество требовало строгих мер против этой ереси.

Юстиниан ничего не хотел делать, чтобы отчуждать западные провинции, отвоеванные с такими трудностями, но и не желал ослаблять свою власть над важными и богатыми провинциями — Египтом и Сирией.

В 553 г. он созвал Пятый Вселенский собор, состоявшийся в Константинополе, где попытался успокоить монофизитов и добиться единения. Власть императора была употреблена на то, чтобы убедить епископов Александрии и Рима согласиться с решениями собора, но это не удалось. Большинство христиан на западе, как и большинство христиан в Египте и Сирии, сопротивлялись всякому компромиссу.

На самом деле усилия Юстиниана способствовали продвижению монофизитства как национального движения в Египте и Сирии. Например, в Египте, где греки Александрии и других мест под давлением императора стали склоняться к позиции Константинополя, египтяне активно настаивали на монофизитстве. Они даже начали использовать собственный язык (с буквами, заимствованными из греческого) в своих богослужениях, с презрением отвергая греков Константинополя и Александрии.

Национальный язык стал называться коптским (искаженное «египетский»), и таким образом Египетскую церковь монофизитов иногда называют Коптской церковью.