Во время этой встречи Амбарцумян понял, что Иосиф Орбели — главный организатор академии, и что он хочет привлечь к работе учёных-армян, живущих вне Армении. По всей видимости, Орбели полагал, что сначала важны лица, а потом уже придёт дело. Амбарцумян очень уважал Орбели, но такой либеральный подход ему не понравился. Он ничего не сказал, лишь повторил, что если его пригласят в Армению, то там и будет основное место его работы. Тем не менее, они расстались в прекрасном настроении. Ведь уже была осень 1943 года, Красная армия изгоняла врагов за пределы страны и, наконец, скоро должна была открыться Академия наук в Армении.

Будучи очень деликатным, Иосиф Орбели, по-видимому, счёл неудобным сообщить при московской встрече, что Амбарцумяна хотят включить в первый состав академиков. Возможно, что тогда этот состав ещё не был определён окончательно.

В том же 1943 году, примерно 20 ноября, Амбарцумян услышал по радио, что в Ереван выехала делегация Академии наук СССР в связи с предполагающимся открытием Академии наук Армении.

Он выехал в Москву, и в Академии наук сочли возможным командировать его как члена-корреспондента в Ереван для участия в открытии Академии наук Армении.

Он прибыл в Ереван 4 декабря. На вокзале его встречали астрономы Г. С. Бадалян[126] и Б. Е. Маркарян[127]. Они сообщили Амбарцумяну, что открытие академии прошло хорошо, и что оргкомитет включил его в список академиков, который был утверждён правительством, а этот начальный состав академии уже избрал Амбарцумяна вице-президентом.

Это было неожиданностью: Амбарцумян надеялся, что, перейдя из Ленинградского университета в Академию Армении, он будет иметь больше времени для научной работы. А тут возникал вопрос, удастся ли ему вообще заниматься наукой. Однако после долгих размышлений Амбарцумян пришёл к выводу, что никаких оснований для отказа он не имеет.

Начальный период работы в должности вице-президента и первый состав АН Армянской ССР подробно описаны в книге воспоминаний В. А. Амбарцумяна «Эпизоды жизни», изданной в 2001 году.

Весною 1944 года Амбарцумян выехал из Еревана в Саратов для того, чтобы проститься с Ленинградским университетом, с которым он был связан как студент, как преподаватель, потом как заведующий кафедрой и проректор. С ректором, Александром Алексеевичем Вознесенским, состоялась откровенная беседа. Ленинградский университет был всегда близок сердцу Амбарцумяна, однако его решение уйти из университета было окончательным, и в этом духе он и разговаривал с Вознесенским. Вознесенский его понял, и они расстались по-дружески.

Из Саратова Амбарцумян отправился в Елабугу, где всё ещё находилась его семья, и все вместе совершили довольно сложный переезд в Ереван. Они выехали из Елабуги на пароходе в Астрахань, а оттуда на корабле «Коллонтай» прибыли в Баку. На следующее утро после выезда они по радио узнали, что союзники наконец открыли «второй фронт».

В Баку их встретили представители азербайджанского филиала Академии наук и сотрудник Ереванской обсерватории Бениамин Маркарян, который только что вернулся из армии. Вместе с ним через Джульфу они и приехали в Ереван. Так произошло возвращение семьи Амбарцумяна в Армению.

О своём переезде Амбарцумян вспоминал: «После этого прошло сорок лет. Было много и хороших, и плохих дней в течение этих сорока лет, но не было ни одного дня, чтобы я пожалел о переезде. Мои самые сокровенные мечты осуществились».

Далее Амбарцумян вспоминает: «Несмотря на арменоведческую направленность первого выдающегося состава отделения общественных наук, было очевидно, что наука Армении в начале сороковых годов уже созрела для организации Академии. Но за пределами общественных наук положение оказывалось не столь благоприятным. В первый состав не вошли ни философы, ни экономисты. Среди академиков не было ни одного математика. Это было большим недостатком, поскольку современная фундаментальная наука основывается на математике. В физике положение было ещё тяжелее: кроме братьев Алиханянов не было ни одного доктора наук. Старший, Абрам Алиханов[128], уехал в Москву, и в первые годы существования Академии наук посещал Ереван раз в год. Младший брат, Артём Алиханьян[129], возглавлял экспедицию на Арагаце и её вспомогательную лабораторию в Ереване. Эта лаборатория называлась институтом физики и быстро расширялась, так как развитие физики в Армении всячески поощрялось, но сам Алиханьян не преподавал в университете и стремился жить в Москве, во всяком случае, там он занимал какую-то должность.

Большие надежды внушал кандидат наук, физик Норайр Кочарян[130]. Он и ещё несколько других физиков смогли высоко поднять уровень преподавания физики в Ереванском университете.

В Ереване, в разных учреждениях, успешно работали такие люди, как математик Арташес Шагинян[131], геолог Ованес Магакян[132] и другие. Я бы предпочёл, чтобы эти учёные вошли в первый же состав Академии. Впоследствии все трое были избраны в Академию.

Мы хорошо понимали, что в области точных наук нужно выполнить огромную работу, правильно поставить задачи, приобрести современное оборудование и упорно, терпеливо работать. Теперь эта задача была гораздо важнее задачи выбора академиков.

Всего труднее было положение в биологических науках. Конечно, среди академиков первого списка было имя Левона Орбели[133]. Престарелый учёный в Ленинграде имел целый ряд видных учеников, таких как Э. Асратян[134], А. Карамян[135] и др. К сожалению, он только один раз на несколько дней посетил нашу Академию, взволновался и прослезился, когда увидел первые шаги Академии на своей родине. Спасибо и за это!