29 июня 1869 года в семействе Гумилёвых случилось долгожданное событие — родилась дочь. В то время отец находился в море, но, как было условлено, девочку назвали Александрой в честь старшего брата Степана Яковлевича, у которого он жил, когда учился в Рязанской семинарии.

Безмерная радость была омрачена плохим здоровьем Ан-ночки, которая вновь начала кашлять. Вернувшись домой, Степан Яковлевич нашел для ребенка кормилицу, «здоровенную бабу, староверку», которая, как писала позднее сама Александра Степановна, «1,5 года вливала в ребенка свое несокрушимое здоровье». Счастливый отец опасался, что, если жена сама будет кормить девочку, ей может передаться от матери туберкулез.

Для поправки здоровья жены требовался отпуск, но обстоятельства складывались так, что Степан Яковлевич никак не мог столь необходимого отпуска получить. В том же году ему довелось побывать в Саратовской губернии, где он участвовал в комиссии, набиравшей рекрутов. Местные врачи посоветовали ему полечить жену кумысом.

Наконец, освоившись в новом (2-м) флотском экипаже, куда Степан Яковлевич был переведен в апреле 1870 года и где столь хорошо себя зарекомендовал, что получил в первый день нового, 1871 года за безупречную службу орден Святого Станислава III степени, он рискнул написать соответствующее прошение и летом того же года получил трехмесячный отпуск с сохранением содержания.

Вместе с женой и маленькой Шурочкой Гумилёв отправился в Москву, где жили отец Анночки и три ее престарелые тетушки. На семейном совете было решено оставить Шурочку на попечение бабушек, которые очень этому обрадовались, и Степан Яковлевич увез жену в калмыцкие степи. Денег на лечение любимой жены морской врач не жалел, и после сырого и туманного Кронштадта она быстро начала поправляться.

Но отпуск кончился, и Анночку снова ждал опостылевший Кронштадт, а Гумилёва — хлопотная служба. Потянулись тоскливые дни ожиданий и болезни, которая не только не отступилась от этой хрупкой женщины, но забрала у нее последние силы. Анночка угасла, как свеча. Степан Яковлевич тяжело переживал утрату. Исполняя последнюю волю жены, он отвез ее в свинцовом гробу в Москву. Забрать дочь у бабушек Гумилёв не мог, так как уже в мае ушел на все лето в море на двухбашенной лодке «Чародейка».

Образовавшуюся пустоту Степан Яковлевич заполнял работой. Он и раньше часто захаживал в Общество морских врачей, теперь же научной работе посвящал весь свой досуг. Его труды пользовались уважением коллег. Так, вместе с врачами Соколовым и Новиковым Гумилёв подготовил доклад «О способах определения телосложения в применении к рекрутскому набору». Одно из своих выступлений он посвятил случаям поражения оспой больного со вторичными признаками сифилиса, где опроверг бытовавшее тогда мнение, что прививками оспы можно лечить сифилис. В 1872 году Степан Яковлевич вновь посвятил свое выступление рекрутским наборам.

Старания и способности Гумилёва были оценены и на службе. 14 апреля 1872 года приказом генерал-адмирала Его Императорского Высочества Великого князя Константина Гумилёв был назначен старшим судовым врачом в 5-й флотский экипаж.

В то время Степана Яковлевича часто навещал его товарищ, старший офицер броненосного фрегата «Адмирал Лазарев» Лев Иванович Львов. Он видел, как тяжело Степан Яковлевич переживает утрату жены, и старался отвлечь его от мрачных мыслей. Друзья вместе появлялись в Морском собрании, встречались в праздники. 30 мая 1872 года Кронштадт шумно и пышно отмечал 200-летие со дня рождения основателя города Петра Великого. На молебен к памятнику Петра со всех кораблей были высланы команды. Андреевская лента Петра Великого (по преданию, пожалованная им первой кронштадтской морской церкви Святого Богоявления Господня) в сопровождении почетного караула была пронесена по улице мимо выстроившихся войск к памятнику основателя города. Здесь ленту встречали адмиралы, генералы, штаб- и обер-офицеры, почетные горожане, воспитанники штурманского училища, мужской и женской гимназий, уездного училища и «прочая почтенная публика». Праздничные службы шли одновременно во всех церквах. По окончании службы был дан салют тремя выстрелами из пушки петровских времен. Вслед за ней отсалютовали корабельные орудия, и войска прошли мимо Андреевской ленты церемониальным маршем.

Затем Андреевскую ленту Петра Великого на пароходе «Колдунок» в сопровождении катеров возили по кронштадтским гаваням и рейдам. А по окончании церемонии на Петровской площади началось грандиозное народное гуляние. В казармах командам раздавали подарки, в Петровском парке до темноты играла музыка. Возвращаясь домой, Гумилёв и Львов беседовали о предстоящей летней кампании. Лев Иванович неожиданно заговорил с другом о своей младшей сестре Анне, которая безвыездно жила в их родовом имении Слепнево. Гумилёв отмолчался. На этом и расстались, пожелав друг другу удачи.

Через месяц судовой врач Гумилёв поднялся на борт броненосного фрегата «Князь Пожарский». Здесь, кроме основной работы, он занялся еще и исследовательской. Итогом ее явилась опубликованная через два года в Петербургском медицинском журнале статья «О вентиляции кочегарного отделения на фрегате „Князь Пожарский“».

Снова Степан Яковлевич встретился с другом в конце ноября, когда пришел поздравить Льва Ивановича с орденом Святого Станислава II степени. Лев Иванович между делом упомянул о своей младшей сестре. А 1 января 1874 года, когда в свою очередь Лев Иванович пришел поздравлять Степана Яковлевича с производством в коллежские советники, он прямо предложил другу встретиться со своей сестрой Анной во время отпуска в Москве. Степан Яковлевич согласился, так как давно собирался проведать дочь.

Разговор тот остался без последствий. Совместный отдых не получался — служба. С 1 июня по 24 сентября 1876 года Гумилёв ходил на корвете «Гриден». Год оказался удачным. Еще в январе ему был пожалован орден Святой Анны III степени, а с 1 сентября прибавили жалованье.

Вот тогда-то Степан Яковлевич испросил наконец разрешение на отпуск. Едва его прошение удовлетворили, Гумилёв отправился в Москву, к дочери. Шурочка в свои семь с половиной лет была смышленой девочкой с хорошей памятью. Бабушки в ней души не чаяли, баловали и даже не думали о ее образовании. Правда, год назад отец нанял для дочери молодую учительницу, которая учила Шурочку писать и читать. Однако девочка читать не любила, зато любила слушать, как ей читают. Проверить, как она читает, было сложно, поскольку она удерживала в памяти целые страницы текста.

Как вспоминала Александра Степановна, когда отец прислал телеграмму о приезде, она нисколько не обрадовалась и даже расплакалась, так как бабушки имели обыкновение стращать ее тем, что расскажут обо всех ее шалостях отцу, которого девочка почти не знала и боялась.

Степан Яковлевич при встрече стал расспрашивать Шурочку, как ей живется, чем она занимается. Бабушки принесли любимые Шурочкины книги, чтобы продемонстрировать, какие успехи делает девочка в учении. Степан Яковлевич, услышав, как она читает, был приятно поражен. На следующий день он пошел с ней в большой магазин игрушек и предложил выбрать все, что она пожелает. Шурочка выбрала огромную куклу и несколько красивых книг в ярких переплетах. А когда дома отец попросил Шурочку почитать ему что-нибудь из новых книжек, оказалось, что она едва буквы разбирает.