2 сентября фрегат «Пересвет» снялся с якоря и взял курс к французскому порту Брест. Попутный ветер позволял судну развить скорость до десяти узлов, идя под всеми парусами. Однако ночью сгустился туман и ветер стих. Капитан приказал развести пары, и в шесть часов утра 4 сентября фрегат наконец кинул якорь в Брестском порту.

Меры, принятые Гумилёвым, позволили приостановить быстрое распространение инфекции, но тиф продолжал гулять по кораблю и косить людей. Врачи были вынуждены сдать в береговой госпиталь еще десять человек. Во фрегатском лазарете осталось трое выздоравливающих. Еще трое матросов лежали с простудной лихорадкой, а двое — с воспалением мочевого канала.

На третий день стоянки на корабль пришло уведомление от российского вице-консула в Портсуме Г. Бэкера о том, что гардемарин Кардо-Сысоев, которого они оставили на берегу в тяжелом состоянии, скончался. А вскоре пришло тревожное известие о распространяющейся в Средиземном море холере. На фрегат прибыл адмирал Гольсбор, начальник эскадры США в европейских водах, и поделился с Копытовым своими опасениями, предложив отложить выход в Средиземное море. Корабельные врачи Аркадий Облочинский и Степан Гумилёв занялись профилактическими мероприятиями. Корабль густо пересыпали хлоркой.

Правда, среди тревожных на корабль пришла и радостная весть. 13 сентября Высочайшим приказом по Морскому ведомству о чинах гражданских за № 494 С. Я. Гумилёва произвели в коллежские асессоры. Степан Яковлевич отметил это событие с друзьями и послал сообщение жене в Кронштадт. Время, проведенное в Бресте, медики использовали для укрепления здоровья членов команды. Капитан, довольный их работой, сообщал в рапорте в Санкт-Петербург 14 сентября: «…Вообще за все время плавания из Кронштадта до сих пор никогда не было и половины больных, бывших в Кронштадте, там на работу не выходило от 40 до 60 человек. Во время же плавания больных, со всеми легкими ушибами и нарывами, не было и двадцати». Правда, вынужденное бездействие кое для кого обернулось бедой. Матрос Николай Иванов, сильно выпивший во время увольнения, возвращаясь на корабль, упал с пристани и сильно ушибся. Осмотрев рану головы, корабельный врач обнаружил, что ушиб сопровождался переломом костей черепа. Пострадавшего пришлось госпитализировать.

После отправки новой партии тифозных больных в госпиталь фрегат полностью проветрили. И наконец тиф отступил.

24 сентября, когда «Пересвет» пришел на кадинский рейд, у форштевня, в нижней шкиперской каюте неожиданно обнаружили струю воды. Водолазы доложили капитану, что толстая медь на форштевне внизу оборвана. Для ремонта судно следовало поставить в док, но два имевшихся дока были слишком малы, а третий, большой, был занят новым испанским фрегатом, который предполагали ремонтировать до конца октября.

Капитан послал телеграммы в Мальту и Неаполь узнать: нельзя ли стать в док там? Оказалось, что в Неаполе свирепствует холера. Зато на Мальте холеры не оказалось, и Копытов принял решение идти туда, залатав пробоину.

9 октября после захода солнца «Пересвет» прибыл на Мальту, пройдя за пять с половиной дней 1102 мили. 12 октября его ввели в док и весь день устанавливали на подпоры. К утру 13 октября воду выкачали и приступили к ремонту. А корабельные врачи, воспользовавшись остановкой, отправили в госпиталь оставшихся больных.

Работа шла успешно, и уже 23 октября, в субботу вечером, фрегат вышел из дока и начал в понедельник погрузку пороха, снарядов, угля и провизии. 30 октября «Пересвет» снова вышел в открытое море и взял курс на Пирею. Команда была укомплектована и здорова. С самого начала ноября подули восточные ветры, и несколько дней судно качало на огромных волнах взбунтовавшееся море. 9 ноября «Пересвет» вошел в Пирейский порт, где и стал на одиннадцатидневный карантин: местные власти опасались холеры. Вынужденный отдых оказался кстати. Команда перетянула весь стоячий такелаж, законопатила палубы и, где было необходимо, наружный борт. В лазарете остались только больные сифилисом. Началось зимнее стояние у чужих берегов.

И лишь 5 февраля 1866 года, по распоряжению российского посланника, фрегат отправился к острову Санторино для оказания помощи местным жителям, обеспокоенным угрозой нового землетрясения. Капитан фрегата писал в донесении о разгулявшейся стихии: «Вулканическое действие на острове Санторине началось 18 января около одного из внутренних островов санторинского рейда, называемого Nea-Comeni, поднявшегося 160 лет назад вследствие бывшего землетрясения и теперь угрожающего исчезнуть под водою. В этот день глухой шум был слышен внутри островка, на другой день он увеличился и сделался настоящей канонадой. Море около места, называемого Vouleano, кипело и из него выходили белые пары с сильным запахом серы. S W часть острова получила разрыв от бухты, где прежде стояли суда, к противоположному берегу. На этой части острова, бывшей до сих пор сухою, образовались два маленьких озера пресной воды. В продолжение двух часов времени 20 января почва опускалась на 60 сантиметров. Море кругом было красноватого цвета, смешанное с сернисто-железистыми соединениями. Вследствие этого феномена население острова было в ужасе и просило о присылке парохода».

Еще раз отправиться к берегам Санторино «Пересвет» должен был 16 февраля, но в эти дни началось большое извержение вулкана, и фрегат вынужден был сняться с якоря и в два часа ночи отойти в открытое море. Тем не менее капитан через нарочного предложил префекту острова свои услуги для помощи местным жителям.

В ночь с 16-го на 17-е и до полудня команда «Пересвета» наблюдала извержение вулкана. Затем на судно прибыл префект острова с чиновниками и уважаемыми на острове людьми; он поблагодарил капитана, отметив, что появление фрегата успокоило жителей. Капитан вместе с несколькими офицерами отправился на катере осматривать начавшие засыпать вулканы, взяв в свою команду врача, Степана Гумилёва. Катер прошел всего в сорока саженях от затухающих гигантов. Это зрелище произвело на всех огромное впечатление, и корабельный врач запомнил его на всю жизнь.

Когда фрегат стоял у Пирея, капитана принял король Греции Георг I. Копытов передал ему портреты августейших родственников и получил приглашение на обед, где капитана представил местному обществу граф Блудов.

21 февраля на «Пересвете» держали совет командиры всех иностранных военных судов, находившихся вблизи острова. Копытов, командиры австрийской канонерской лодки и турецкого корвета решили не оставлять жителей без поддержки и дождаться прибытия греческой шхуны «Саломиния». Командир же французского корабля утром следующего дня решил уходить.

Префект острова попросил Копытова доставить в Пирей пятнадцать местных жителей. Девять из них были больны. Гумилёв оказывал им медицинскую помощь и, ввиду крайней бедности всех пассажиров, упросил капитана распорядиться об их бесплатном питании.

23 февраля фрегат прибыл на рейд острова Сиру. Вместе с офицерами и гардемаринами Гумилёв ушел осматривать город, в ту пору один из самых бойких торговых центров Греции. Вечером хор и музыканты с «Пересвета» на главной площади давали концерт для местных жителей. Капитан Копытов так писал об успехе русских моряков: «…площадь совершенно наполнилась публикою всех слоев общества, начиная с иностранных представителей в лице консулов с их семействами. Всего было несколько тысяч человек. Всякий из них старался выказать свою благодарность, и мы были очень довольны доставить это удовольствие жителям и еще раз увидели, как музыка в заграничном плавании представляет много приятного не только для самого судна, ее имеющего, но и чрезвычайно способствует развитию симпатий жителей посещаемых нами портов… Когда музыка окончилась, аплодисменты публики были знаками общей признательности».