Пока дебатировался вопрос о милитаризации промышленности, в Совещание был внесен проект правил о реквизиции труда, предусматривавший привлечение к натуральной повинности всего населения, который предполагалось провести по ст. 87 Основных законов. Проект, обсуждавшийся 21 мая 1916 г., также вызвал неоднозначную реакцию. Помощник военного министра сенатор Н.П. Гарин напомнил присутствующим, что реквизиция труда уже фактически применяется в местностях, объявленных на военном положении, и что речь идет лишь об упорядочении применения этой меры. Фактически никакого решения по данному вопросу также принято не было. К нему Совещание вернулось еще раз на заседании 1 июня, когда обсуждался пункт повестки о создании особой межведомственной комиссии по вопросу об использовании на оборонных предприятиях, в основном горного ведомства, лиц «желтой расы», «инородцев», военнопленных, а также о возвращении на заводы призванных в войска рабочих. Совещание, не входя в обсуждение правил, признало, что право установления реквизиции труда, согласно «Положению», принадлежит председателю Совещания. Каких-либо общих законодательных норм и в этом случае так и не было предложено. Сама же проблема решалась, как стало правилом, в «порядке управления».

Ведомственную разобщенность и несогласованность военно-регулирующих структур, проявившиеся уже в ходе реализации первых мер по военно-экономической мобилизации страны, властям преодолеть так и не удалось. Созданная система Особых совещаний уже вскоре после ее законодательного оформления оказалась перед рядом тяжелых испытаний, требовавших совместных усилий ведомств по их преодолению. Осенью 1915 г. разразился транспортный кризис, грозивший не только срывом снабжения армии, но и параличом всей экономической жизни страны. Особое совещание по обороне, на которое формально возлагались межведомственные координирующие функции, провело ряд заседаний, на которых были заслушаны доклады представителя министерства путей сообщения о состоянии транспортной инфраструктуры. Картина вырисовывалась столь удручающая, что по инициативе Поливанова 10 октября состоялось заседание председателей всех Особых совещаний, на котором было решено создать комиссию для выработки мер по упорядочению работы железных дорог. Он же и открыл ее заседание, прошедшее в ноябре 1915 г. Комиссия, в составе которой преобладали представители Госсовета, Думы и общественных организаций, пришла к заключению, что в основе расстройства перевозок лежит «отсутствие единства в заведывании железными дорогами фронта и тыла», и потому было предложено сосредоточить руководство всей железнодорожной сетью в руках министра путей сообщения. Предпринятая мера носила половинчатый характер: при МПС был создан временный распорядительный комитет по железнодорожным перевозкам с участием представителя Ставки. Поливанов счел, что в связи с этим дальнейшее обсуждение проблемы на совместном собрании председателей Особых совещаний пока «несвоевременно». На этом комиссия и закончила свою работу. Ее деятельность, в значительной мере определявшаяся настроениями представителей законодательных палат и общественности, встревожила правительство, и председатель Совета министров И.Л. Горемыкин вообще признал излишним выносить ее суждения на собрания председателей Совещаний.

Между тем ситуация настолько усугубилась, что после очередного выступления представителя МПС на заседании Особого совещания по обороне, состоявшегося 11 ноября, рассматривался вопрос о кризисном положении в Петроградском районе. В связи с затруднениями в обеспечении петроградских заводов углем впервые прозвучали предложения о прекращении выдачи им новых оборонных заказов, сокращении деятельности и даже закрытии некоторых предприятий, нормировании потребления и разгрузке города от излишнего населения. В основе создавшейся ситуации, по мнению совещания, лежала «некоординированность деятельности фронта и тыла», забитость Петроградского и Московского железнодорожных узлов. Родзянко и Крупенский предложили ввиду серьезности положения доложить об этом императору и просить его принять председательство в заседании Особого совещания по этому вопросу — вера во всемогущество верховной власти еще не покидала убежденных монархистов. Совещание одобрило предложение, однако реакции «сверху» не последовало. Едва ли не единственным результатом длительных переговоров стало назначение на пост начальника транспортного управления при Ставке представителя МПС, что формально объединило и централизовало руководство железнодорожным транспортом. Но сколько-нибудь существенных сдвигов в работе железных дорог достигнуть так и не удалось. Совещание неоднократно возвращалось к проблеме перевозок, настаивая на интенсификации движения поездов за счет более плотного графика, на ускорении разгрузки вагонов, на использовании водных путей сообщения и т. п. На заседании 19 декабря 1915 г. Родзянко в очередной раз заявил, что главная причина кризиса — «отсутствие единой и сильной власти». На этот раз решено было обратиться к Совету министров с просьбой о принятии комплекса мер по преодолению нараставшего транспортного коллапса. В конце концов, товарищ министра путей сообщения П.Н. Думитрашко на заседании 3 февраля 1916 г. вынужден был признать, что главная причина кризиса перевозок кроется не столько в «нераспорядительности» его ведомства, сколько «в неразвитости нашей железнодорожной сети, недостаточной для обслуживания потребностей страны и армии». Тем не менее Родзянко с горячностью заявил, что «если Особое совещание по перевозкам не справляется, то лучше дело передать Особому совещанию по обороне», о чем следует довести до сведения того же Совета министров.[72] Этот демарш, естественно, не решая проблему, не мог способствовать и налаживанию отношений между ведомствами. Отчаявшись в попытках добиться нормального снабжения оборонных предприятий, военное ведомство сконцентрировало свои усилия на решении частных проблем: разблокирование пробок при разгрузке судов с заграничными грузами в портах Архангельска и Владивостока, позднее — на строительстве Мурманской железной дороги. Архангельский район со всей транспортной и складской инфраструктурой был подчинен особому главноначальствующему, назначавшемуся военным министром. Все это, не компенсируя слабость материальной базы транспортной инфраструктуры, вело скорее к ведомственному соперничеству, а не к координации усилий.

Другой важной проблемой, вызвавшей межведомственные разногласия, стало снабжение работающих на оборону предприятий металлами. Напряженность в этой сфере тяжелее всего сказывалась на частной промышленности. В декабре 1915 г. по инициативе руководства ЦВПК при Особом совещании по обороне был учрежден Металлургический комитет под председательством специального уполномоченного (им был назначен генерал А.З. Мышлаевский). В него вошли представители от ведомств — военного, морского, торговли и промышленности, финансов, путей сообщения, от общественных организаций (ЦВПК, Земского и Городского союзов), а также — от Советов съездов представителей промышленности и торговли, горнопромышленников Урала и Юга России. Решения Комитета должны были проводиться через районные заводские совещания. Уже к весне 1916 г. Комитет, созданный в основном как орган по распределению металлов между предприятиями, наряду с организационной неразберихой, царившей в заводских совещаниях, столкнулся с проблемами сокращения производства металлургическими заводами из-за недостатка сырья, топлива, рабочей силы. Решая эти задачи, Особое совещание широко использовало учетный и регистрационный аппарат мощных синдикатов «Продамета» и «Кровля», попыталось установить порядок ценообразования на продукцию заводов и, наконец, расширило полномочия председателя Комитета и создало собственную сеть местных комитетских организаций.