На основе послания Гермогена была принята первая государственная программа ограждения православия, исполнение которой (что характерно!) было возложено на светские власти. 18 июля 1593 г. царь Федор Иоаннович (читай — Борис Годунов) «по совету» с патриархом послал казанским воеводам развернутый указ:

1) переписать всех новокрещеных с семьями и слугами, собрать их в Казань и выговорить, что они приняли православие добровольно и отступают в свою старую веру, несмотря на поучения митрополита, напрасно;

2) поселить новокрещеных в Казани особой слободой (свободным от тягла предместьем) между русских людей, с православной церковью, во главе с добрым дворянином младшего чина («сыном боярским»), коий должен отвечать за то, чтобы они держали истинную веру, ходили в церковь, носили кресты, имели иконы, принимали отцев духовных и слушали поучения Гермогена;

3) отступников от христианства смирять темницами и оковами, иных отсылать к митрополиту для церковного наказания;

4) мечети в Казани упразднить и впредь оных не допускать;

5) русских у татар и немцев отобрать и поселить торгующих в городах, а пашенных — в дворцовых (принадлежащих царю) селах среди русских же;

6) впредь иноверцам принимать христиан на жительство и в услужение воспретить.

Насколько успению выполнялась программа — неизвестно. По крайней мере, последний пункт нарушался в XVII в. и самим правительством достаточно часто. Во всяком случае, во времена Гермогена до массового и тем более принудительного обращения в православие было еще далеко.

Особый интерес вызывает уникальная лояльность христианских властей к восточным религиям (прежде всего мусульманской). За исключением запрещения строить мечети в Казани (где муллы были вдохновителями борьбы с Россией) и захвата отдельных языческих капищ в ходе боевых действий в Сибири (где они служили для сбора местных ополчений), никаких утеснений или ограничений на иноверное богослужение не накладывалось, иноверцы жили своей жизнью.

Однако если мечети, буддийские храмы и языческие капища, как правило, не привлекали к себе никакого внимания московских властей, то костелы и кирхи братьев-христиан на Руси были напрочь запрещены. На Восток отправлялись священники, церковные книги и утварь, колокола и иные средства помощи первопроходцам в строительстве ими православных храмов. На Запад шли войска с приказами неукоснительно уничтожать «богомерзкие» христианские храмы.

Известный миролюбием царь Федор Иоаннович, отвоевавший у Швеции часть, а потом и всю Карелию, неоднократно повелевал «очистити» территорию от лютеранских «капищ» и «идолов», «сокрушити» их начисто — в то время как усеивающие его восточные владения настоящие капища и идолы, кажется, не вызывали у царя никакого беспокойства. В стремлении к пролитию христианской крови православные русские не отличались от представителей иных христианских конфессий, уступая католикам и протестантам всех мастей разве что в масштабах и утонченности истребления и утеснения братьев во Христе.

Особенности движения России на линии Запад-Восток (с мечом в одну сторону и серпом в другую) определяют характер деятельности Гермогена в начальный (восточный) и завершающий (времен борьбы с интервенцией) периоды его архиерейского служения (средний приходится на гражданскую войну). В Казани, после упомянутого послания, он действовал исключительно позитивно, укрепляя нравы и дух паствы и как бы не замечая наличия вокруг целого моря иноверцев.

Митрополит был озабочен обычными нарушениями чинности церковной службы, когда священники и дьяконы для скорости читали и пели разные тексты одновременно, тогда как миряне дремали, озирались по сторонам или разговаривали. В «Послании наказательном всем людям» Гермоген довольно мягко заметил, что обо всем «ведает» и «зрит» нарушителей.

Среди пограничных жителей и первопроходцев, особенно казаков, подобных нарушении было гораздо больше. Только в официальной истории дело представляется так, будто поселенцы всегда заботились о душе раньше, чем о нуждах бренного тела, не забывали взять с собой священника и начинали осваивать земли, перекрестясь, со строительства храма. В действительности же нередко буйные ватаги больше полагались на самопал, чем на святой крест, а мирные земледельцы уходили в леса и степи Поволжья, в Приуралье и за Урал, отягощенные главным образом орудиями и оружием, скотом и семенами; не случайно даже вслед воеводам царь специально посылал все необходимое для церковной службы.

Православие могло сыграть тем большую роль в успехе русской колонизации, чем больше его можно было унести в душе, не отягощая натруженную спину первопроходца. А когда Бог был высоко, а царь далеко, кто мог поддержать россиянина среди «тьмы идолопоклонников»? Конечно, святые, в Русской земле просиявшие, свои, понятные заступники, незримо отправлявшиеся с дружинами за тридевять земель.

Освоение земли не представлялось полным и реальным без ее освящения подвигом новых чудотворцев, святых, у которых православные поселенцы могли бы искать душевной поддержки, на которых возлагали бы свои надежды; без них самая «подрайская землица» (как писали о казанских землях), даже завоеванная и освоенная, не была «Святорусской». Гермоген потрудился над освящением вверенной ему епархии больше, чем весь московский Освященный собор.

9 января 1592 г., не дожидаясь ответа на первое свое послание, он сообщил патриарху Иову список героев взятия Казани, которым Церковью не установлена была особая память. Даже в просьбе к патриарху чувствуется характерный для митрополита напористый стиль:

«Умилосердись, государь Иов, новели и учини указ свой государев мне, богомольцу своему — в который день повелит мне святительство твое по тех православных благочестивых воеводах и воинах, пострадавших за Христа под Казанью и в пределах Казанских в разныя времена… но всем Божиим церквам во градех и селех Казанской митрополии пети по них панихиды и обедни служити, чтобы, государь, но твоему государеву благословению память сих летняя (ежегодная) по вся годы была безпереводно».

Далее Гермоген выразил скорбь, что трем казанским мученикам не установлена вечная память и что они не внесены в синодик, читаемый в неделю православия. Из замученных магометанами за отказ отпасть от православия один — Иоанн Новый — был нижегородцем, а двое — Стефан и Петр — новообращенными татарами. Митрополит мудро учел национальный вопрос, а патриарх не замедлил ответить на настойчивое послание.

Павшие под Казанью и мученики за веру Христову были внесены в большой синодик, читаемый в неделю православия. Память воинам была установлена в субботу по Покрове Пресвятой Богородицы (в честь взятия Казани 2 октября), установить же день поминовения мучеников Иов доверил Гермогену. Торжественно объявляя о решении патриарха по епархии, митрополит велел повсеместно служить по ним литургии и панихиды и поминать на литиях и обеднях ежегодно 24 января.

Одновременно с героями и мучениками Гермоген утверждал вечную память казанским просветителям. Кроткий архиепископ Герман Полев находился в Москве, когда многоученый митрополит Афанасий, не в силах соблюдать запрет Ивана Грозного на «печалование» об опальных, оставил престол (в 1566 г.). Поставленный на Московскую митрополию, Герман немедленно выступил с поучением царю, резко осудив опричнину, был лишен сана, а позже, через два дня после сведения с митрополии знаменитого печальника о Святорусской земле Филиппа Колычева, найден мертвым у себя на дворе (6 ноября 1568 г.).