Власти утверждали, что Герман умер от моровой язвы, но народ ясно видел в его гибели руку опричников. Тело соратника и продолжателя дела архиепископа Казанскою Гурия лежало в простой могиле в Москве у церкви Святого Николы Мокрого, когда в 1592 г. «у благочестивого государя царя Феодора Иоанновича всея России испросили мощи его ученицы его». Просьба Гермогена, адресованная царю и патриарху, оказала решающее воздействие. Вскоре митрополит встретил мощи Германа близ Свияжска, видел и осязал их и совершил погребение своего учителя в Свияжском Успенском монастыре.

Перенос мощей Германа, гражданский подвиг коего был отражен в знаменитой «Истории» князя Андрея Курбского и Житии убиенного митрополита Филиппа, был ярким политическим актом. Житие Германа было уже составлено (до 1572 г.), но Гермоген счел долгом рассказать об архиепископе еще и в Житии Гурия и Варсонофия. Желание Гермогена сбылось — святой Герман Полев чтится Русской православной церковью (память 6 июля по новому стилю).

Подобно Филиппу, митрополит Гермоген был энергичным строителем, украсившим Казанскую епархию множеством церквей и монастырей. Завершение строительства Казанского Девичьего монастыря и освящение в нем нового храма Богородицы архиерей отметил созданием пространной редакции «Сказания о явлении и чудесах иконы Казанской Богоматери» (1594). Помимо литературных достоинств, сочинение привлекает глубоко личным трепетным отношением к святыне. Живо и восторженно описал Гермоген совершившиеся от иконы до 1594 г. чудеса, лично им свидетельствованные.

Тогда же митрополит составил свою редакцию одного из наиболее поэтичных памятников древнерусской литературы — «Повести о Петре и Февронии, муромских чудотворцах». Желая приблизить «Повесть…» к житийному жанру и современному ему читателю, Гермоген бережно отнесся к источникам, не искажая, но лишь проясняя их рассказ. В предисловии он исключил богословские рассуждения, заменив их констатацией греховности рода человеческого.

В 1595 г. при личном участии казанского митрополита были открыты многоцелебные мощи святого князя Романа Углицкого. Дальнейшему освящению Волги помог счастливый случай: копая рвы под фундамент нового храма в казанском Спасо-Преображенском монастыре, строители наткнулись на гробницы первого архиепископа Гурия и епископа Тверского Варсонофия, жившего в этой обители на покое, того самого, кто обратил некогда к Гермогену свое «прозрение».

Собрав духовенство, Гермоген лично вскрыл гробы и явил свету нетленные мощи обоих святителей. По ходатайству митрополита еще два деятеля казанского просвещения были причислены к лику российских святых. Память Гурия установлена (по новому стилю) 18 декабря, Варсонофия — 24 апреля, обретение их мощей — 17 октября (кроме того, 3 июня отмечается перенесение мощей св. Гурия в 1630 г.). «Житие и жизнь» обоих святых, написанное емким лаконичным слогом Гермогена в 1596—1597 гг., как и краткие жития казанских мучеников, включенные в его грамоту 1592 г., сохранили сведения из многих не дошедших до нас источников и рассказов старожилов, которые митрополиту «случилось слышать в повестях от достоверных людей».

Гермоген писал о настоятельной необходимости такой деятельности, столь не свойственной современным ему архиереям. То, что для других было случаем, для казанского митрополита — долг, освященный высшими авторитетами и самим Христом. Молчать о новых святых, так же как о героях и новомучениках, — преступление, подобное убийству.

Духовное обогащение Святорусской земли естественно связывалось в сознании Гермогена с необходимостью сохранения старых истин. Известно, например, что он способствовал восстановлению древней церковной службы апостолу Андрею Первозванному, по преданию крестившему Русь за много веков до Владимира Святого. Признание легенды о первокрестителе ставило Русскую землю в число первых принявших христианство и весьма льстило формирующемуся национальному самосознанию. Не случайно косой крест святого Андрея украсил впоследствии высший орден Российской империи и флаг русского военно-морского флота.

Энергичная деятельность первых лет архиерейского служения Гермогена резко оборвалась после 1598 г., когда он был вызван патриархом Иовом в Москву для участия в избрании на царство Бориса Годунова. Ни один источник, и тем более ни один автор благостных повествований о священномученике, не упоминает о гробовом молчании, в которое был погружен Гермоген все годы царствования Бориса. Считается, что казанский митрополит не испытал гонений, но может ли быть для деятельного архипастыря участь тяжелее?! «Яко мертвый забвен», — писал о себе в менее удручающей ситуации просвещенный архиепископ Лазарь Баранович. «Бумаги и чернил отнюдь не давати!» — гласили приговоры Артемию Троицкому и Сильвестру Медведеву, претерпевавшим тяжелейшие гонения как духовные писатели, сходно с Гермогеном понимавшие свой долг слова. Даже протопоп Аввакум мог писать в заточении!

Был ли Гермоген по роду Шуйским, которых преследовал Годунов, или его непреклонный нрав столкнулся с самовластным характером Бориса — неизвестно. Из забвения казанского митрополита извлек Лжедмитрий I, ожидавший по меньшей мере благодарности от новоиспеченного сенатора. Однако Гермоген попросту не мог одобрить совершение православного обряда царского венчания над католичкой Мариной Мнишек.

Подходивший к вопросу о принятии в православную церковь со всей основательностью, митрополит Казанский еще в 1598 г. составил сборник чинов крещения мусульман, католиков и иных иноверцев. Согласно «Сборнику Гермогена», хранящемуся в собрании императорского Общества истории и древностей российских Российской государственной библиотеки (№ 190), христиан иных конфессий и католиков в особенности следовало заново крестить, поскольку их «обливательное» крещение истинным таинством не являлось!

Маловероятно, впрочем, что отношение Русской православной церкви к католикам как к нехристям было неведомо другим архиереям, покорно служившим Лжедмитрию I. Вопрос, почему только Гермоген и епископ Коломенский Иосиф настаивали на крещении Марины, решается в сфере убеждений и свойств характера, а не знаний. Большинство архиереев могло, меньшинство — не могло переступить через свою веру. Такой человек и нужен был Василию Шуйскому, вступившему на престол в условиях разгоравшейся гражданской войны: пусть крутой нравом, но безусловно честный, способный на открытый спор, но не тайную измену.

Занятно, что историки точно сговорились не замечать колебаний Василия Шуйского в выборе нового патриарха. Мало того, что новый царь был избран на престол «одной Москвой» 19 мая 1606 г., через два дня после клятвопреступного свержения Лжедмитрия I и массовых убийств. Шуйский нарушил новоустановленную традицию, по которой главную роль в царском избрании должен был играть патриарх. Игнатий был низложен, время шло, а патриарший престол оставался пустым — даже царское венчание Василия 1 июня совершал митрополит Новгородский Исидор! Такого не позволял себе даже Лжедмитрий, венчавшийся лишь после законного поставления патриарха.

Учитывая, сколь непрочно было положение Шуйского, «выбор» которого на царство вызвал возмущение по всей стране и ропот при дворе, оскорбленном наглым покушением на престол этого выскочки, промедление с поставлением патриарха должно иметь серьезные основания. И так при царском венчании Шуйскому пришлось клясться и божиться судить праведно (все знали его как криводушного судью), никому не мстить, за грехи одного не преследовать родичей и «не осудя с боярами» не выносить смертных приговоров.