Королева одобрила план Дрейка, но включила в экспедицию Хокинса как напарника Дрейка. Она теперь не доверяла «своему пирату».

Дрейк хотел захватить Панаму, но королева в своей инструкции ограничила его действия лишь уничтожением кораблей в испанских портах и нападением на «золотой флот». Корабли должны были вернуться в Портсмут в мае 1596 г. Королева передавала экспедиции шесть кораблей военно-морского флота и 2500 пехотинцев под командованием опытного офицера Томаса Баскервиля, принимавшего участие в недавних сражениях с испанцами в Бретани. Она давала также 30 тыс. ф. ст. Купцы лондонского Сити передали на организацию экспедиции 60 тыс. ф. ст. и снарядили 21 корабль.

29 августа 1595 г. корабли покинули Плимут. Флотилия была разделена на две эскадры, которыми командовали Дрейк и Хокинс. Еще до отплытия из Плимута определились два обстоятельства, очень осложнявшие успешное осуществление предстоящих операций. Первое заключалось в отсутствии единоначалия. Было два равноправных командующих — Дрейк и Хокинс, люди разных взглядов на ведение войны, резко отличавшиеся складом ума и темпераментом. Вторым было то, что сохранить в секрете это «предприятие» не удалось.

К тому же, когда был назначен состав военного совета, в который, кроме Дрейка и Хокинса, вошли Томас Баскервиль и капитаны кораблей, Хокинс подробно рассказал им план экспедиции. Он заключался в том, чтобы прежде всего идти в Пуэрто-Рико, уничтожить имевшиеся там корабли, захватить драгоценности, а уж потом направиться в Панаму. Это стало известно и экипажам.

9 сентября Дрейк собрал военный совет. В это время английские суда находились на широте Лиссабона. Дрейк предложил до того, как отправиться в Вест-Индию, напасть на какой-либо испанский или португальский порт в Южной Атлантике, чтобы пополнить запасы воды и продовольствия, а также нанести возможно больший ущерб находившимся там военным укреплениям и кораблям. Хокинс возражал, настаивая на прямом пути в Пуэрто-Рико. Между командующими началась перепалка. Тактичному Баскервилю пришлось немало потрудиться, чтобы потушить ссору. Вечером следующего дня заседание совета было продолжено, и предложение Дрейка, к большому неудовольствию Хокинса, было принято. Было решено идти к Канарским островам и атаковать Лас-Пальмас на острове Гран-Канария.

26 сентября эскадра встала на якорь в западной части гавани Лас-Пальмас в виду форта, расположенного над городом. Дрейк попытался спустить шлюпки с солдатами для захвата плацдарма на берегу, необходимого для последующей высадки основных сил. Это была его обычная тактика. Но высокая волна, с большой силой бившая о берег, не позволила это сделать. Дрейк сам на лодке попытался подойти к берегу, но все было тщетно. Хотя Дрейк и не побывал на берегу, его опытный глаз заметил большие перемены, происшедшие с тех пор, как он беспрепятственно хозяйничал в этих местах. Дрейк понял, что ему не захватить Лас-Пальмас.

Надо сказать, что первая встреча Дрейка с испанцами в этой экспедиции показала, что годы, безусловно, наложили свой печальный отпечаток на адмирала. Возможно, сказывался и возраст: Дрейку уже было за пятьдесят. Он действовал необычно для себя. Сильной его стороной всегда была рассчитанная дерзость, неожиданность и точность удара, мастерская импровизация в ходе уже начавшегося сражения. В гавань Лас-Пальмас Дрейк вошел днем на виду всего города. Много времени потратил на бесплодные попытки высадиться на берег.

Дрейк, по всей вероятности, в душе согласился с тем, что на военном совете прав был не он, а Хокинс, предлагавший идти прямо в Пуэрто-Рико. Поэтому, когда Томас Баскервиль просил дать ему четыре дня для подготовки солдат, гарантируя захват города, Дрейк отказал ему. Заявив, что основной целью экспедиции является захват сокровищ в Пуэрто-Рико, Дрейк приказал поднять якоря и идти к юго-западной оконечности острова, где он предполагал запастись водой. Когда Дрейк высадил на берег небольшой отряд солдат, они были обстреляны. Семь человек были убиты, а один захвачен в плен.

К несчастью, он, как и многие в экспедиции, знал детали предстоящего плавания. На допросе он рассказал испанцам, что флотилия идет в Пуэрто-Рико. Губернатор острова немедленно послал одно быстроходное судно в Пуэрто-Рико, а другое в Испанию с сообщением о полученных сведениях. Судно, посланное в Пуэрто-Рико, пришло туда на неделю раньше английского флота. В Испании в это время стояла наготове эскадра под командованием адмирала Дельгадильо де Авелланеда. Получив сведения с Канарских островов, адмирал теперь отчетливо представлял себе маршрут экспедиции.

Дрейк, к большому удивлению своих спутников, не стал преследовать испанцев, а приказал взять курс на Гваделупу. Это тоже было совершенно не похоже на Дрейка. На кораблях начали шептаться: «Он уже не тот человек, каким был».

Через три недели, 27 октября, английская флотилия подошла к острову Доминика. Было решено не высаживаться на острове, а идти к Гваделупе, где можно было без помех пополнить запасы воды и дать отдохнуть командам судов. Флотилия разделилась. Эскадра под командованием Дрейка направилась к восточной части острова и встала там на якорь. Корабли, которыми командовал Хокинс, подошли к западной части острова. В составе эскадры Хокинса было два небольших барка — «Фрэнсис» и «Удовольствие». Во время перехода они отстали от других судов. Неожиданно их атаковали пять испанских кораблей. Это были быстроходные суда новой конструкции, посланные Филиппом в Пуэрто-Рико забрать драгоценности с находившегося там поврежденного галиона. Испанцы захватили «Фрэнсис» и погнались за барком «Удовольствие», уходившим к Гваделупе, к месту стоянки флотилии. Испанские суда не догнали британский барк, но они достигли большего. У Гваделупы испанцы увидели английский флот и со всей возможной скоростью направились к Пуэрто-Рико. В середине апреля губернатор Пуэрто-Рико Педро Суарес получил от Филиппа послание о выходе в Вест-Индию английского флота. Теперь командующий прибывших к острову фрегатов Педро Теллео де Гузман подтвердил это и, более того, сообщил, что английские корабли уже находятся на Антильских островах.

Корабли Дрейка подошли к Гваделупе 28 октября, корабли Хокинса — 29 октября, а барк «Удовольствие» — 30 октября. В тот же день капитан барка рассказал на военном совете о встрече с испанскими судами и пленении «Фрэнсиса». Все присутствовавшие на совете были очень встревожены этим сообщением. Теперь в Пуэрто-Рико узнают об их прибытии в Вест-Индию и постараются подготовиться к отпору. Дрейк предложил немедленно отправиться на перехват испанских фрегатов. Тогда они смогут подойти к острову неожиданно. Но Хокинс категорически возражал, настаивая на проведении тщательной подготовки к нападению на Пуэрто-Рико. Хокинс был тогда уже очень болен, и Дрейк не стал с ним спорить. Лишь 4 ноября корабли ушли с Гваделупы. Но и тогда флотилия не пошла прямо к Пуэрто-Рико. Англичане зашли к Виргинским островам и остановились у маленького островка этой группы. Остановка была объяснена необходимостью перераспределения людей на кораблях, а также тем, чтобы сбить с толку испанцев, нетерпеливо ожидавших их в Пуэрто-Рико. Дрейк использовал время, чтобы попытаться найти новый, неожиданный подход к Пуэрто-Рико. и он действительно нашел его. 11 ноября английские корабли снялись с якоря, а на следующий день утром появились у города Сан-Хуан.