Это совершенно заслонило положительные для Англии результаты экспедиции. А они были. Престижу Филиппа был нанесен новый удар «женщиной, владевшей лишь половиной острова, с помощью корсара и простого солдата», писал своему правительству венецианский посол в Мадриде. Экспедиция уничтожила значительные запасы продовольствия в захваченных испанских портах, нанесла немалые потери живой силе врага. Пребывание флотилии Дрейка у португальских берегов заставило испанское правительство задержать отправку «золотого флота» из Америки, что очень осложнило финансовое положение Филиппа и привело к задержке выплаты жалованья армии Пармы, что, как всегда в таких случаях, крайне снизило ее боеспособность. Опасность английского вторжения в Португалию заставила Филиппа оттянуть туда часть войск из Нидерландов, что улучшило положение борющихся голландцев. Захваченные Дрейком ганзейские суда были проданы потом за 30 тыс. ф. ст., которые компенсировали Елизавете финансовые потери. В королевский арсенал было передано также 150 пушек. Что касается солдат и матросов, принимавших участие в экспедиции, то оставшиеся в живых получили на руки только по 5 шиллингов. Возмущенные этой грошовой подачкой матросы двинулись на Лондон, грозя устроить новую Варфоломеевскую ночь. Обеспокоенный лорд-мэр Лондона собрал 2 тыс. солдат, с помощью которых усмирил взбунтовавшихся ветеранов Дрейка. Четырех зачинщиков бунта повесили. Перед казнью один из них крикнул: «Это и есть плата, которую вы даете солдатам, сражающимся за вас!»

Дрейк утратил не только благосклонность королевы, но и расположение купцов лондонского Сити. Он приучил их к тому, что возвращался всегда с богатой добычей, дававшей огромные прибыли на вложенный в «предприятие» капитал. Теперь они решили, что счастливая звезда Дрейка закатилась. Дрейк ушел в тень. Несколько лет он не был в море, занимаясь сугубо сухопутными делами. В 1591 г. он наконец осуществил свой давний проект улучшения водоснабжения Плимута, вложив в строительство водоотводного канала и собственные средства. Очень серьезно Дрейк занимался строительством оборонительных сооружений Плимута, опять-таки вкладывая в это дело личные средства.

Разгром «Непобедимой армады» был тяжелым ударом для Испании. Но он не сломил ее мощи. Испания оставалась сильной державой, огромной колониальной империей, обладавшей многочисленным флотом. Полученные уроки войны с Англией заставили Филиппа модернизировать флот, усилить защиту своих американских владений. Там, где еще недавно Дрейк с небольшим отрядом храбрецов одерживал удивительные победы — в Номбре-де-Диос, Картахене и т. д., были построены новые оборонительные сооружения, усилены гарнизоны. Испанский флот получил маневренные, быстроходные и хорошо вооруженные суда. Их конструкцию предложил Педро Менендес Маркес, сын знаменитого испанского адмирала, создателя конвоев для сопровождения «золотого флота». Педро Менендес предложил новый тип судна, сочетавший в себе свойства галеры и фрегата. Такой корабль был вытянут по килю, имел небольшую осадку, был вооружен 20 пушками. Теперь сокровища грузились в Гаване прямо на эти суда, и они шли в Испанию без конвоя. Корабли нового типа были быстроходнее английских судов и в случае нападения могли уйти от врага.

Пока Дрейк занимался сухопутными делами, английские корсары особенно сильно разбойничали на морских просторах. Так, Томас Кавендиш привез из кругосветного плавания огромные богатства. Лондонский купец Джон Уатт на своих кораблях подстерег у Юкатана и захватил два испанских галиона из состава «золотого флота» с богатейшим грузом. Большую добычу привез граф Кумберлендский из экспедиции к Азорским островам. В 1589–1591 гг. 236 английских кораблей бродили по морям в поисках добычи. Было захвачено триста судов. Стоимость награбленного превышала в десять раз стоимость английского импорта.

В 1592 г. королева как будто начала менять к лучшему свое отношение к Дрейку. В начале года Уолтер Рэли был назначен командующим флотилией из шестнадцати судов, в число которых входили два корабля, принадлежавших королеве. Королева также передала экспедиции отряд солдат. Вице-адмиралом был назначен Роберт Кросс, а командиром сухопутных войск — Джон Бороу. Целью плавания были: высадка в Номбре-де-Диос, марш к Панаме и захват ее, т. е. повторение экспедиции Дрейка двадцатилетней давности. Но Рэли перед уходом в плавание самовольно изменил план, распорядившись отложить экспедицию, чтобы попытаться захватить «золотой флот», который должен был выйти из Вест-Индии в первую неделю августа. За свое самовольство Рэли был отстранен от командования флотилией, а затем посажен в Тауэр за тайную женитьбу на фрейлине королевы Бэсси Тракмортон. На его место был назначен Фробишер. Это назначение было неудачным. Кросс и Бороу не желали служить под командой Фробишера. Взяв несколько судов флотилии, они поплыли к Азорским островам. Фробишер же с оставшимися судами пошел к мысу Сан-Висенти.

Со времени пребывания Дрейка положение там изменилось. Испанцы и здесь укрепили свои позиции. Фробишеру пришлось возвращаться домой с пустыми руками. Зато Кросса и Бороу ждала необычайная удача. Им удалось захватить огромный португальский каррак водоизмещением 1500 тонн, шедший из Ост-Индии с ценнейшим грузом, среди которого были драгоценные камни, золото, шелка и специи. Такой «приз» никому еще не доставался на протяжении столетия.

Когда в сентябре 1592 г. каррак был доставлен в Англию, то поползли слухи, что значительную часть захваченных сокровищ растащили. Королева, которая, как всегда, должна была получить львиную долю добычи, забеспокоилась и назначила трех уполномоченных для проверки положения на месте. В их число вошли Дрейк, Роберт Сесил, сын лорда Берли, и сын Джона Хокинса — Ричард. Дрейку не потребовалось много времени, чтобы убедиться в хищениях. Но, сговорившись со своими коллегами Сесилом и Хокинсом, он не стал преследовать виновных. Они ведь шли, по сути дела, по его следам. И Дрейк сообщил королеве, что им не удалось установить истину, поскольку «получить от матросов сведения, приводя их к присяге, значило бы нанести оскорбление Богу». Одновременно Дрейк сообщал Елизавете, что за вложенные ею в «предприятие» 3 тыс. ф. ст. она получит 90 тыс. ф. ст. из обшей стоимости захваченного груза в 150 тыс. ф. ст. Королеву приятно порадовал невиданно большой размер дивидендов, и она не стала допытываться о первоначальной стоимости груза.

После того как королева вспомнила о Дрейке и дала ему столь деликатное поручение, начались разговоры, что Дрейк вскоре отправится в новое плавание. В Новый год Дрейк послал Елизавете подробный доклад о своем плавании в Номбре-де-Диос в 1572 г. В письме к королеве он писал, что предпочел бы лучше вновь служить ей, чем рассказывать о прошлых подвигах. Дрейк начал подготавливать план экспедиции в Панаму. Но тревожные события заставили его на время забыть о плавании в испанскую Америку. Враг опять подходил к английским берегам. Испанские войска высадились в Бретани и захватили Брест. Елизавета вынуждена была действовать. Она послала против испанцев сухопутную армию под командованием Норреса и флот, которым командовал Фробишер. Дрейк был оставлен защищать Англию в случае вторжения неприятеля. В течение ноября 1594 г. английские войска выбили испанцев из Бретани, но понесли при этом тяжелые потери. Погиб и Фробишер. Непосредственная угроза Англии была устранена. Теперь Дрейк мог вернуться к своей идее нового плавания в Вест-Индию.