В августе 1689 г. Нарышкины сумели победить Милославских и Софью. И хотя ее регентство было мирным, Софья показала себя способным государственным деятелем, ей было трудно – верхи и армия не одобряли правление женщины и ее фаворитов. Позорные для русского оружия Крымские походы подорвали репутацию правительницы и В. В. Голицына. Опора Софьи – стрельцы – были ослаблены разгромом заговора князя И. Хованского в 1682 г., так что надежды на них у регентши было немного. К тому же повзрослевший Петр стал проявлять интерес к ведению государственных дел и иногда присутствовал в Боярской думе. Это свидетельствовало о живом уме и дееспособности молодого царя. Развязка наступила внезапно. Во время крестного хода 8 июля 1689 г. Петр на глазах всего двора поссорился с Софьей и в гневе покинул Кремль. Это был настоящий скандал, после которого отношения сторон резко обострились. В ночь на 8 августа в Преображенское прибежали несколько человек и сообщили, что стрельцы намерены убить Петра и его семью. Царем овладела паника, ночью он бежал в Троице-Сергиев монастырь. На следующий день к нему приехала семья, другие близкие и слуги, а затем царь стал рассылать указы о явке служилых людей к нему на службу, что означало объявление похода. Поняв опасность своего положения, Софья обратилась к авторитетным боярам, чтобы они примирили ее с братом хотя бы формально. Но все сановники и стрелецкие полковники, которых она посылала на переговоры в Троицу, оставались у Петра. Более того, некоторые из них возвращались с его указами с требованием от правительницы выдачи главного врага. Тогда Софья сама решила ехать в Троицу, но по пути, в селе Воздвиженском, царевну остановили люди Петра и именем царей, под угрозой насилия, велели возвращаться в Москву. Посланный в Кремль боярин князь Троекуров от имени Петра потребовал, чтобы Софья покинула царский дворец и переехала в Новодевичий монастырь. Взбешенная и униженная царевна после некоторых колебаний подчинилась. Ее время кончилось.

Придя к власти, Петр долго не занимался делами. Все управление он поручил своему дяде Льву Кирилловичу Нарышкину и другим боярам из окружения матери, царицы Натальи Кирилловны. Не изменилась ситуация и позже, когда в начале 1694 г. царица Наталья умерла. Петр по-прежнему увлекался военными маневрами, строил потешный флот на Плещееве озере в Переяславле-Залесском, ездил в 1693 г. и 1694 г. в Архангельск, где много плавал (причем не без риска для жизни) в Белом море и даже выходил в Северный Ледовитый океан. Море во всем его величии и красоте потрясло Петра. С тех пор мечта о море, мореплавании стала главной в его жизни. Огромное влияние на молодого царя в то время стали оказывать иностранцы – шотландец генерал Патрик Гордон (1635–1699), а также Франц Лефорт (1656–1699) – офицер-швейцарец, служивший с давних пор в Москве. Лефорт стал одним из самых близких Петру людей. Он обладал веселым и добрым характером, выгодно отличался от окружения Петра умением сочетать серьезное дело с веселой гульбой, стремился во всем угодить вспыльчивому царю. С 1690 г. Петр все чаще бывал в Немецкой слободе – поселении иностранцев под Москвой, в доме Лефорта, который по царскому указу заново отстроили и великолепно украсили, а винный погреб уставили бочками с редкостными винами, дегустации которых царь и его друг в веселой компании уделяли немало времени. В Немецкой слободе Петр познакомился с жизнью иностранцев; пренебрегая традициями отцов, он сидел с иноземцами за одним столом, лихо отплясывал гросфатер и приударял за дочерью виноторговца Анной Монс, с которой у него начался долгий роман.

Позднее взросление Петра завершилось во время Азовских походов 1695–1696 гг., когда русские войска с трудом, лишь со второго раза, взяли довольно слабую турецкую крепость Азов. Как сказано выше, войну с турками начали не по своей воле – союзники по Священной лиге (Польша, Венеция, Австрия), недовольные неудачными Крымскими походами времен Софьи, требовали от русского правительства отрабатывать полученный аванс – обладание Киевом. Петр решил изменить направление удара и на Крым не пошел, а осадил Азов. Но в 1695 г. взять Азов не удалось. Более того, войску царя с трудом удалось унести ноги из-под его стен. Но тогда впервые и проявились железная воля Петра, его выдающиеся способности делать выводы из поражений и неудач. Чтобы переломить неблагоприятную ситуацию, в декабре 1695 г. царь распорядился строить флот, столь необходимый для успешной блокады прибрежной турецкой крепости. Символично, что русский военно-морской флот начали строить далеко от морских берегов – таково уж было положение России. Из Архангельска в Преображенское зимой 1695–1696 гг. в разобранном виде привезли голландскую галеру (ее заказал Петр в Амстердаме еще в 1694 г.), после чего бригады плотников стали копировать все ее элементы и отсылать их в Воронеж и другие места, где галеры собирали и спускали на воду. Невероятно, но факт: к апрелю 1696 г. в строю было 22 галеры, галеас «Святой Петр» и 4 брандера. Весь этот флот, названный Азовским, в мае 1696 г. предстал перед изумленными турками. 19 июля взятый в жестокую осаду Азов сдался. Воодушевленный победой, Петр распорядился начать заселение Азова и его округи русскими крестьянами и ссыльными стрельцами, а на берегу Азовского моря заложил новый город и крепость Таганрог. Теперь, получив выход к морю, царь предписал основать флот из крупных морских кораблей. Согласно воле царя 20 октября 1696 г. Боярская дума приняла историческое решение: «Морским судам быть».

Петр, человек импульсивный и своевольный, не хотел жить, как его предки, «по старине», он жаждал перемен. Не зная, с чего начать, как преобразовать Россию, царь под видом простого дворянина Петра Михайлова из свиты официальных послов 10 марта 1697 г. отправился в составе Великого посольства 1697–1698 гг. в Западную Европу, в Голландию, которую полюбил заочно по рассказам приятелей-моряков и кораблестроителей. В Саардаме, а потом в Амстердаме, на верфях Петр учился строить корабли. 6 января 1698 г., отделившись от Великого посольства, царь отправился в Англию, в Лондон, где также работал на верфи. Всюду он изучал технику, обычаи и нравы других народов, посещал музеи, театры, проявлял себя как человек любопытный, необычайный. Порой он казался европейцам весьма странным человеком и даже гениальным варваром. Вернувшись через Австрию домой в августе 1698 г., Петр почти сразу же начал свои преобразования. Из них больше всего запомнилось людям насильственное бритье бород и обрезание длиннополых старомодных русских кафтанов.

Петр возвращался домой поспешно, ехал день и ночь – из полученных им в Вене сообщений стало известно, что стрельцы, находившиеся в армии воеводы князя М. Г. Ромодановского, расположенной на западной границе, взбунтовались и двинулись к Москве. Генерал Гордон с верными правительству войсками и артиллерией встретил мятежников под Новым Иерусалимом, у стен былой резиденции патриарха Никона – Воскресенского монастыря. После часового боя стрельцы побежали, начались их аресты и поспешные казни предводителей.