В результате налетов многие из тех, кто находился на Мальте в это время, получили ранения, кроме того, на острове начинал чувствоваться голод из-за недостатка снабжения. Неделями более крупные лодки классов «Ривер» или «Нэрвел» перевозили продовольствие «по часовой стрелке» от Александрии. Эти перевозки получили название «волшебный ковер». Особенно часто в подобных операциях были задействованы два подводных корабля — «Клайд» и «Порпойс»; их минные палубы были очищены, чтобы складывать на них припасы, а иногда они перевозили пассажиров, в том числе и очень важных. Вообще всем подлодкам, идущим мимо Мальты, было приказано так или иначе перевозить припасы на остров. Быстроходный транспорт «Бреконшир» сделал несколько рейсов, часто — под обстрелом с воздуха. «Порпойс» также посчастливилось уйти во время одного из плаваний из-под 87 глубинных бомб и целого потока бомб с воздуха. Всего «грузовые» субмарины перевезли на Мальту 383 135 литров бензина, 387 860 литров керосина, 30 тонн припасов, 12 тонн почты, 6 тонн оружия и 126 необходимых специалистов.

Тем временем один из величайших героев Мальты, Малькольм Уонклайн, завершал срок своего там пребывания и должен был вернуться на «Апхолдер» в Англию на ремонт. 6 апреля 1942 года он вышел с базы в свое двадцать пятое патрулирование. В конце этого двухнедельного задания «Ап-холдер» должна была направиться в Гибралтар, а затем домой. Но она так и не вернулась из похода.

14 апреля «Апхолдер» была забросана глубинными бомбами и потоплена итальянским противолодочным кораблем «Пегасо» к северо-востоку от Триполи, где сам Уонклайн потопил так много вражеских кораблей. Его результат был выдающимся. За 16 месяцев в составе 10-й подводной флотилии «Апхолдер» потопила или повредила 22 неприятельских корабля, включая 3 подводные лодки, 2 эсминца и 1 крейсер, а также вражеские транспорты вместимостью 119 000 тонн. О потере легендарной субмарины Адмиралтейство не объявляло официально до 22 августа 1942 года. В этот день оно выпустило, можно сказать, беспрецедентное в истории военно-морского флота сообщение, в котором была отдана дань субмарине и ее командиру:

Шримп Симпсон должен был покинуть Мальту, но задержался, когда услышал новость об «Апхолдер». Отступление было подобно капитуляции, и Симпсон не собирался отступать, хотя он знал, что терпеть дальше налеты, от которых страдала Мальта, уже невозможно. Смелость и жизненное упорство жителей острова были оценены 16 апреля, когда король Георг VI наградил Крестом Георга (который был гражданским аналогом Креста Виктории) островную крепость, которая противостояла врагу четыре месяца, при почти ежедневных бомбардировках.

Последними катастрофами были потери нескольких лодок типа «Спирфиш», которые наконец-то прибыли, чтобы помочь обороне, но число которых за 48 часов сократилось до небольшой горстки. Потом база подводных лодок в Лацаретто подверглась массированному нападению сил «Люфтваффе», которым было дано четкое указание уничтожить базу полностью. 10-й флотилии Симпсона в конце концов пришлось уйти Пять из оставшихся у него субмарин ушли в Англию на ремонт. Остальные пять (из двадцати, которые входили в соединение) были переведены в Александрию с тем, чтобы присоединиться к лодкам класса «Т» 1-й флотилии, а позже принять участие в операциях из Бейрута, где стали базироваться другие пять субмарин. По пути произошла еще одна трагедия и погиб еще один герой Мальты: «Эрдж», которой командовал Томмо Томпкинсон, больше не увидели. На ее счету было 20 патрулей.

В первой фазе мальтийских операций было потеряно десять подлодок, хотя отсутствие на острове 10-й флотилии продолжалось всего 10 недель, после чего Шримп Симпсон вернулся с лодками «Анброкен», «Юнисон» «Анбендинг» и «Юнайтед», готовыми действовать. Новые силы Мальты были на месте, чтобы поддержать знаменитую «миссию милосердия» в августе 1942 года, проводившуюся под кодовым названием «Пьедестал» Конвои столкнулись с жестокими бомбардировками со стороны сил «Люфтваффе», которые потопили девять из четырнадцати транспортов и десятки кораблей эскорта, сопровождавших конвой в Валлетту.

По другую сторону Средиземного моря столь же ожесточенно сражалась Александрийская флотилия, и здесь было больше награжденных Крестом Виктории, в том числе — за следующий случай. «Трешер», сравнительно новая лодка класса «Т», которая пробыла на Средиземном море всего пару месяцев ив феврале 1942 года действовала к северу от Крита. 16 февраля она средь бела дня прошла в центр ордера охранения из пяти эсминцев и потопила крупный транспорт фашистов, недалеко от залива Суда. Эсминцы начали преследование. После срочного погружения лодки они оставались над ней больше часа и сбросили более 30 глубинных бомб. «Трешер» оставалась на глубине два часа и всплыла после наступления темноты, чтобы убедиться, что эсминцы ушли. Лодка направилась к заливу Таранто, но очень скоро послышались звуки уда ров по обшивке. После проверки выяснилось, что в субмарине застряли две неразорвавшиеся бомбы.

Лейтенант Питер Робертс и старшина Томми Гаульд вызвались пойти и убрать бомбы, одна из которых была на кормовой орудийной площадке, а вторая — в обшивке легкого корпуса. Первую бомбу обнаружили и аккуратно сняли, завернули в мешковину и сбросили с кормы. То, что происходило потом, описано в приказе о последовавшем награждении обоих Крестом Виктории:

На протяжении этого периода моряки Александрийской флотилии, так же как их товарищи на Мальте, проявляли величайшее мужество и героизм; часто они погибали. Невозможно упомянуть обо всех, но некоторые субмарины стали знаменитыми: