Между этими основными и хорошо известными вехами в его жизни в дореволюционный период зияют заметные черные пятна, когда неизвестно, где он некоторое время был и чем занимался. Похоже, жизнь Генриха Ягоды в это десятилетие между приходом в 1907 году юноши к большевикам и Октябрьской революцией оказалась «затертым файлом», то ли сам Ягода на посту наркома госбезопасности подчистил информацию, то ли постарались партийные историки после объявления его врагом советской власти. Многие исследователи жизни Ягоды вообще сомневаются, что он вступил в партию большевиков официально в 1907 году, а не был просто сочувствующим и не записался в РКП(б) только в 1917 году, приписав себе уже в ВЧК десять лет мифического партийного стажа. Так это утверждает, например, в объемном биографическом исследовании «Нарком Ягода» историк М.М. Ильинский. Проанализировав подробно жизненный путь Генриха Ягоды по архивным документам и воспоминаниям знавших его людей, Ильинский полагает, что Ягода не только до 1917 года не являлся членом партии большевиков, но в идейном плане вообще никогда большевиком не был, марксистско-ленинских идей не разделял, а встал на сторону победившей в революции партии из лично-карьерных соображений.

Внезапно всплыв в ВЧК, он явно воспользовался протекцией своего троюродного брата Якова Свердлова, фактически ставшего правой рукой Ленина в партии после октября 1917 года. Ведь Ягода в ВЧК не со дня ее основания в октябре 1917 года, он тогда был на партийной работе и назначен редактором большевистской газеты «Крестьянская беднота» – сказалась грамотность Генриха Григорьевича и его тяга к общению с творческими людьми типа Горького, как и его уже солидный партийный стаж в РСДРП, по крайней мере по его собственному ощущению. Весной 1918 года Ягода по предложению Свердлова направляется на работу в военную инспекцию Красной армии, выезжает от нее на Юго-Восточный фронт, где в Царицыне знакомится с посланным сюда же комиссаром ЦК Сталиным. Именно это близкое знакомство, позднее как трамплин подбросившее его в сталинском СССР на маршальскую должность наркома внутренних дел, а еще позднее – по крутой горке спустившее в подземелья родной Лубянки, сыграет огромную роль во всей судьбе Генриха Ягоды.

По свердловской рекомендации Генрих Ягода попал в ВЧК сначала на рядовую должность сотрудника Особого отдела и начал здесь с должности завхоза при Дзержинском, к 1920 году уже пробился в коллегию ВЧК и стал управляющим делами всей ВЧК. А уж после 1922 года Ягода назначен одним из заместителей Дзержинского в ГПУ, фактически правой его рукой и вторым человеком на Лубянке в 1922–1926 годах при все чаще болеющем или занятом другими делами шефе.

Работа в ВЧК в должности начальника управления делами, а фактически лубянского завхоза при Дзержинском, наложила на Генриха Ягоду своеобразный отпечаток. Он многими и в дальнейшем воспринимается скорее как хороший администратор и почти чиновник, нежели как образец типового дзержинца из первой ЧК с горящими глазами и револьвером у пояса. Ягода даже легендарной в ЧК кожанке предпочитает френч, характерный для усидчивых и работоспособных чиновников сталинской эпохи типа Молотова или Кагановича. Если Менжинского, с которым он до смерти Дзержинского в 1926 году делил должности заместителей главы ГПУ, называли «барином» или «аристократом от ЧК», то Ягода скорее типичный чиновник или завхоз, это становится заметно и в его повадках. Хотя это проявилось позднее; придя в ВЧК еще относительно молодым человеком, Генрих Ягода в годы Гражданской войны еще не заматерел так, не озлобился и не очиновнился. На групповой фотографии коллегии ГПУ 1923 года рядом с Дзержинским и Менжинским он еще скромно жмется в углу кадра с несколько растерянно-наивным выражением молодого лица и без своих знаменитых усиков щеточкой. И на нем здесь еще не серый френч, а грубая солдатская шинель с ремнем – рядом с ним Вячеслав Менжинский в галстуке выглядит просто как английский джентльмен.

Ягода не избежал почти обязательных для чекистов при Дзержинском командировок на фронт в Гражданскую войну. В такой поездке на Южный фронт он близко знакомится с тоже недавно направленным в ЧК из ленинского секретариата в Совнаркоме Яковом Аграновым – позднее одним из самых видных членов команды Ягоды в ГПУ – НКВД, которого Ягода сделает в дни наркомства своим первым заместителем на Лубянке. И все равно Ягода не похож на многих чекистов из первой ВЧК; работавшие с ним в ГПУ отмечают его сухость и очень часто недовольный вид, некоторую отчужденность в общении с товарищами по ГПУ. Даже на фотографиях конца 20-х годов этот человек во френче с непроницаемым и худым лицом со щеточкой усов уже почти никогда не улыбается, у него очень жесткий и цепкий взгляд.

Став при больном Менжинском к 1930 году почти полноправным начальником на Лубянке, а с 1934 года и официальным руководителем НКВД, Ягода сохранил казенно-хамоватый стиль обращения к подчиненным, часто скатываясь к крику и матерной брани в своем лубянском кабинете. Похоже, завхозовское начало работы в госбезопасности во многом наложило на Ягоду свой след на всех дальнейших ступенях его карьеры. Полагают, что именно это рассмотрел в нем проницательный Сталин, двигавший Ягоду вверх по лестнице карьеры в ГПУ как очень полезного исполнителя и организатора, из которого можно сделать во главе госбезопасности своего безотказного администратора и не особенно рассуждающего солдата. Считают, что Ягода в конце 20-х годов угодничал перед номинальным своим начальником на Лубянке Менжинским, окружая его роскошью, доставляя ему на дачу дефицит и редкие лекарства для лечения его хворей, а по некоторым данным – и организовывая в качестве сводни какие-то интимные вечеринки для шефа ГПУ и ближайшего его окружения.

Недолюбливавший на партийном олимпе Ягоду Троцкий презрительно именовал Генриха Григорьевича «усердным ничтожеством», «безыдейным комиссаром Сталина» на Лубянке, такую категорию любящих не революцию, а партийный паек трибун «перманентных революционеров» Троцкий люто ненавидел – а Ягода среди чекистов олицетворял такой типаж. Сам Ягода отплатил Троцкому тем же, последовательно поддерживая в 20-х годах в межфракционной сваре в ВКП(б) линию Сталина против троцкистов, а затем руководя в ГПУ действиями по их разгрому уже силами спецслужбы. Его действительно очень трудно назвать пламенным большевиком, в ГПУ Ягода не любил пафосных революционных речей ни о чем, предпочитая деловые темы для выступлений, он даже в годы наркомства в НКВД предпочитал не ходить на собрания лубянской партячейки, ссылаясь на загруженность профессиональными делами. Нет сомнений, несмотря на приход в РСДРП еще за десять лет до революции, никаким особенно идейным большевиком и марксистом Ягода не был, не был он и фанатиком революции. Это совсем другой тип, гораздо более прагматичный, чтобы быть с ультралевыми или троцкистами. В отличие от Дзержинского, Урицкого или Лациса его и в годы ВЧК не найти среди каких-нибудь ярых «левых коммунистов» и критиков Ленина слева – он в это время управляет делами, а не рвет глотку в теоретических спорах. Неудивительно, что в 30-х годах он связал себя с фракцией «правых» в партии и явно тоже из своего прагматизма, Бухарин с Рыковым ему были ближе, и беды в отступлении вправо от ленинской политики он не видел, в итоге как «правый заговорщик» с ними будучи уничтожен. Впрочем, окажись Ягода с левым уклоном и поставь на Троцкого с Зиновьевым, уничтожили бы его в сталинские репрессии еще раньше. Да и был ли он всерьез идейным «правым», разделяющим идеи Бухарина? По крайней мере, сам Бухарин так не считал, говоря о Ягоде перед арестом своей жене Анне, что считает того просто безыдейным чиновником и придворным интриганом.