«Сознавая свое численное превосходство в Москве, казаки… очевидно, возвращались к мысли о политическом преобладании, утерянном ими вследствие успехов Пожарского», — указывает С. Ф. Платонов. Кандидатура иностранца казаков решительно не устраивала, ведь так они лишались возможности установить влияние на верховную власть. Агитация за кандидата из русских бояр отдавала лицемерием, поскольку московское боярство казаки ненавидели люто. Ясно, что они имели в виду одну кандидатуру Михаила Романова. Филарет и его семья казались «своими» казачеству, которое почти в полном составе выступало под тушинскими знаменами. Воровской патриарх в отличие от Трубецкого не пересекался с казачьей вольницей в конкретных делах, но одним своим присутствием в тушинском таборе благословлял вакханалию насилия, чинимую казачьими отрядами.

Неприятие диктата гулящих людей на какое-то время сблизило все земские элементы против казаков и кандидатуры Михаила Романова. Двое купцов, покинувших Москву не ранее середины января 1613 года, сообщили, что бояре категорически отвергли кандидатуру Михаила. Но и им пришлось пойти на уступки: соборяне решили «литовского и шведского короля и их детей и иных немецких вер и никоторых государств иноязычных не христианской веры греческого закона на Владимирское и Московское государство не избирать, и Маринки и сына ее на государство не хотеть…» Речь снова зашла о Воренке, но теперь из круга кандидатов выпали все иностранцы.

Почему же земцы отказались от своего принципиального требования? Часть бояр и их сторонников увлекла перспектива непосредственно вмешаться в избирательную борьбу, выставив свою кандидатуру. Наверняка другая часть участников собора, отстаивавшая кандидатуру шведского принца Карла Филиппа, дрогнула под напором псевдопатриотических аргументов. Кроме того, избрание Карла-Филиппа могло состояться лишь при условии принятия им православия. Однако точными сведениями на этот счет собор не располагал, что не могло не смущать делегатов и настраивало против иноземца большую часть духовенства. Сам Пожарский, скорее всего, склонялся к призванию Габсбургов, но точных сведений о результатах переговоров с императором не имел. В самый решающий момент у земцев не оказалось реальной кандидатуры, которая бы пользовалась однозначной поддержкой в их среде, вокруг которой сплотились бы все здоровые силы русского народа. А у их противников такая кандидатура была — Михаил Романов.

Помимо сугубо злободневной задачи — захвата власти в стране Романовы и их сторонники стремились достичь еще одной цели — поставить победную точку в фамильной «войне» с представителями княжеской аристократии. Это междоусобная брань длилась свыше двух столетий, с начала XV столетия, с того времени, когда, по замечанию В. О. Ключевского, состав московского боярства глубоко изменился, и в течение каких-то двух-трех десятилетий московская элита обновилась более чем на три четверти: «Служилое князье если не задавило, то закрыло старый слой московского нетитулованного дворянства». Р. Г. Скрынников также отмечает, что старомосковским боярам (Челяднины, Захарьины, Морозовы, Плещеевы) пришлось потесниться и уступить первенство более знатным княжеским фамилиям. Под «служилым князьем» в первую очередь подразумеваются выходцы из Литвы, так называемые «выезжане» — Воротынские, Одоевские, Трубецкие, Вяземские, Голицыны, Вельские, Куракины — Гедеминовичи или западные Рюриковичи, чьи земли оказались в свое время под контролем Литвы. Переход литовских православных магнатов на службу московскому князю начался с Кревской унии 1386 года между Варшавой и Вильно, ознаменовавшей начало наступления на права русского населения в Великом княжестве Литовском.

Н. П. Павлов-Сильванский, сообщая о засилье княжат, оттеснивших на второй план большую часть старых боярских родов, отмечает, что «с некоторым успехом держался род Кошкиных». Но этот относительный успех предков Михаила Романова достигался немалым напряжением сил. В начале княжения сына Дмитрия Донского Василия I (1389–1425) наиболее влиятельным лицом в его окружении слыл Иван Федорович Кошка, которого крымский хан Едигей называл старейшиной бояр и единственным советником великого князя. Но после приезда из Литвы в 1408 году потомков Гедемина князей Патрикеевых Кошка теряет прежнее положение при дворе. Юрий Патрикеев женится на дочери великого князя, а его сын Иван в качестве боярина в 1463 году подписывает духовную Василия II Темного. Оттесненное на обочину следующее поколение Кошкиных не оставило заметного следа в истории.

Контрнаступление против Патрикеевых начали во второй половине 80-х годов XV века при Иване III внуки Ивана Федоровича Кошки — Василий и Юрий Захарьины. (Сын последнего Роман и станет впоследствии основателем фамилии Романовых.) В это время «выезжане» уже доминировали в Думе, а князь Иван Патрикеев фактически был главой правительства страны. Он и его сторонники рассматривали в качестве наследника престола сына Ивана III от первого брака с Марией Тверской — Ивана Молодого. Старомосковское боярство сплотилось вокруг второй супруги великого князя Софьи Палеолог и ее сына Василия. Сам Иван III колебался, на ком остановить выбор. На политическую борьбу накладывалось внутрицерковное противостояние — Иван Молодой и его супруга Елена Волошанка поддерживали вольнодумцев из числа новгородских священников; некоторые из них перебрались в Москву по приглашению самого великого князя и заняли там видное положение. Их противники — в первую очередь новгородский архиепископ Геннадий и игумен Волоцкого монастыря Иосиф — обличали их как еретиков.

В 1487 году владыка Геннадий обнаружил очаг ереси в среде местного духовенства, однако в Москве его тревожным сообщениям, казалось, придавали мало внимания. В те годы светскую власть в Новгороде представляли Яков Захарьин вместе с братом Юрием. Они не церемонились с горожанами: обложили непомерными штрафами, ставили их на правеж. Обиженные и ограбленные новгородцы пытались найти справедливость у Ивана III. Тогда Яков Захарьин обвинил обличителей в государственной измене — покушении на жизнь наместника. Семь тысяч новгородцев выслали в Москву — «занеже хотели убити Якова Захарьича, наместника Новагородского». Прочих мнимых или истинных заговорщиков — «иных думцев много Яков пересек и перевешал».

Действовали ли Кошкины-Захарьины по своей инициативе, стараясь отвести от себя подозрения в лихоимстве, либо выполняли прямые указания великого князя относительно окончательного уничтожения новгородской элиты, — в любом случае их действия поддержали в Москве. Раскрытие епископом ереси среди новгородских священников очень удачно сочеталось с раскрытием заговора среди новгородских бояр и купцов. Совпадение по времени опалы на новгородцев с началом преследования Геннадием еретиков и безусловную связь между этими событиями отмечал А. А. Зимин.

Захарьины активнейшим образом участвовали в церковном расследовании, самолично пытали подозреваемых вольнодумцев, снимали допросы. Внешне и церковный наместник, и его светские коллеги выполняли государеву волю. Зарекомендовав себя преданными слугами, ревностными искоренителями крамолы, Захарьины в то же время руками архиепископа ловко наносили удар по еретическому окружению великого князя, компрометируя его самого. Благочестивое усердие Геннадия и Захарьиных ставило великого князя Ивана Васильевича в крайне щекотливое положение. Он уже не мог бездействовать и игнорировать архиерейские доносы. В 1488 году Ивану III пришлось санкционировать созыв церковного собора против еретиков, которые, впрочем, отделались легким наказанием. А новгородские братья-наместники не унимались. В феврале 1489 года владыка Геннадий сообщал в письме о том, что он вместе с Захарьиными провел новое расследование, но еретики «всех своих действ позаперлись».