Застарелая взаимная ненависть служилых князей и старомосковского боярства вспыхнула с новой силой. В «Повести о мятеже» Грозный сообщает о том, что Иван Федоров доносил на Петра Щенятева, Ивана Пронского, Семена Ростовского, а Лев Салтыков на Дмитрия Ивановича Немого, что те «не хотят служить Захарьиным». Из этого сообщения совершенно очевидно, кто оказался по разные стороны баррикад в марте 1553 года и кто будет бороться друг с другом на политической сцене в будущем. На стороне Захарьиных — представители рода Челядниных, Салтыковых и Морозовых — Плещеевых, которые доносят на князей из рода Патрикеевых, Оболенских, ростовских и рязанских княжеских фамилий.

Кризис марта 1553-го завершился выздоровлением царя, который не стал предпринимать никаких шагов в отношении «мятежников». Правда, и доминирующему положению Захарьиных-Юрьевых ничего не угрожало, пока не произошло непредвиденное. Летом царь и его свита отправились в плавание по Шексне. Во время остановки, когда нянька царевича сходила со струги на берег с маленьким царевичем Димитрием на руках, поддерживаемая братьями царицы, сходни не выдержали тяжести и перевернулись. Когда ребенка вынули из воды, он был уже мертв.

Трагедия немедленно отозвалась на политическом весе Захарьиных-Юрьевых. После гибели маленького Димитрия старомосковский клан вытеснили из Думы. Ноужев1559 году наблюдается возвращение к активной политической жизни В.Г. и Я. Г. Захарьиных, В.М. и Д. Р. Юрьевых. Настало время реванша. Напоминая царю о неприязненных отношениях между Анастасией Романовой, умершей в 1559 году, и его бывшими советниками Алексеем Адашевым и священником Сильвестром, Захарьины — Юрьевы постарались привлечь недавних соперников, когда-то бывших союзниками, к процессу о чародействе. Они бередили заживающие раны государя, напоминая ему, как злонамеренные фавориты «великого и славного и мудраго, боговенчанного царя держали перёд тем, аки в оковах, повелевающе ему… в меру ясти и пити и со царицею жити». Алексей Адашев попал-таки в тюрьму и вскоре умер, скорее всего, своей смертью.

Предопричные годы были отмечены подспудной борьбой между потомками Ивана Кошки и верхушкой Боярской думы. Бояре и митрополит сопротивляются репрессивным выходкам Ивана Грозного, Захарьины — Юрьевы демонстративно игнорируют эти действия, становясь на сторону царя. Вероятно, к этому времени относится замысел раскола политической элиты на противостоящие группировки, сквозь который проступают контуры опричнины. Иностранцы (Генрих Штаден) сообщали, что совет держать возле себя отряд телохранителей подала Ивану его новая супруга Мария Темрюковна. «Писаревский летописец» утверждает, что царь «учиниша» опричнину «по злых людей совету Василия Михайлова Юрьева до Олексея Басманова». По мнению В. Б. Кобрина, в обоих этих рассказах есть нечто общее. Василий Михайлович Юрьев приходился двоюродным братом покойной царице. В дальнем свойстве с ней находился и Алексей Басманов: его сын Федор был женат на племяннице Анастасии Романовой. В свою очередь Михайло Темрюкович, брат Марии, был зятем В. М. Юрьева.

Таким образом, по мнению исследователя, в обоих рассказах речь идет об одной и той же группе — родичах двух первых жен царя. «Вне зависимости от того, насколько реальны сведения о советах этих людей, они, несомненно, стояли во главе опричнины при ее учреждении, — отмечает В. Б. Кобрин. — Недаром падение Избранной рады… было в основном связано с враждебными отношениями Сильвестра и Адашева с Захарьиными». В пользу версии В. Б. Кобрина говорит вся деятельность Захарьиных предшествующая учреждению опричнины. Они всегда поддерживали самодержавные поползновения царя и никогда не соединялись с теми, кто пытался поставить предел его деспотизму. Планы и настроения Грозного совпадали с намерениями клана Захарьиных — Юрьевых способствовать утверждению режима деспотического самовластия, при котором, как они полагали, получат наиболее благоприятные условия для первенства при дворе.

Введение опричнины приостановило действие законов и заменило право произволом самодержца. Прежде члена Думы нельзя было судить или отнять у него вотчину без боярского суда и сыска. Теперь думных людей опричники могли подвергнуть преследованиям без всякой доказанной вины. Подобная ситуация устраивала Захарьиных, которые рассчитывали, что теперь им будет легче устранять своих соперников. Таким образом, родичи Михаила Федоровича Романова имели непосредственное касательство к самым мрачным эпизодам эпохи последних Рюриковичей: репрессиям против новгородцев, казням религиозных вольнодумцев, расправе над Максимом Греком и Вассианом Патрикеевым, учреждению опричнины. Вряд ли кто вспоминал об этом в феврале 1613 года, когда потомки боярина Ивана Кошки и их верные союзники Плещеевы, Шереметевы, Салтыковы готовились нанести разящий удар по своим дальним противникам.

Предложение избирать государя из числа русских, выглядевшее как компромисс между противоборствующими сторонами, на самом деле оказалось хитроумной ловушкой, расставленной для земцев сторонниками Михаила Романова. Что показали дальнейшие события, которые описаны в так называемой «Повести о Земском соборе 1613 года», которую мы приведем ниже с минимальными сокращениями ввиду ее исключительной ценности: «Князи же и боляря московский мысляще изобрати на Росию царя из велмож боярских и изобраша седмь велмож боярских: первый князь Федор Иванович Мстиславской, вторый князь Иван Михайлович Воротынской, третий князь Дмитрей Тимофеевич Трубецкой, четвертый Иван Никитич Романов, пятый князь Иван Борисович Черкаской, шестый Федор Иванович Шереметев, седьмый князь Дмитрей Михайлович Пожарской, но и осьмый причитаючи князь Петр Иванович Пронской…. А казаки совету бояра не имеюща, но особ от них. А ожидающи бояра, чтобы казаки из Москвы вон отъехали, втаи мысляше. Казаки же о том к боляром никако же глаголюще, в молчании пребываше, но токмо ждуще от боляр, кто у них прославится царь быти…. Казаки же не можаху дождати от боляр совету их, хто у них будет царь на Росии, и советоваше всем казачьим воинством… И приидоша атаманы казачьи и… глаголяще на соборе: „Князи и боляра и все московский вельможи, но не по Божьей воли, но по самовластию и по своей воли вы избираете самодержавна. Но по Божий воли и по благословению благовернаго и христолюбиваго государя царя и великаго князя Феодора Ивановича всеа Росии при блаженной его памяти, кому он, государь, благоволил посох свой царский и державствовать на Росии князю Федору Никитичу Романова. И тот ныне в Литве полонен, и от благодобраго корени и отрасль добрая, и есть сын его князь Михайло Федорович. Да подобает по Божий воли тому державствовать“. И возопили атаманы казачьи и все воинство казачье велим гласом воедино: „По Божий воли на царствующем граде Москве и всея Росии да будет царь государь и великий князь Михайло Федорович и всеа Росии!“. Боляра же в то время страхом одержими и трепетни трясущеся, лица их кровию пременяющеся, и не един никто же може что изрещи… Боляра же умыслиша казаком за государя крест целовать, из Москвы бы им вон выехать, а самим креста при казаках не целовать. Казаки же ведающе их умышление и принудиша им, боляром, крест целовать. И целоваша боляра крест. Таже потом казаки вынесоша на Лобное место шесть крестов, и целоваше казаки крест, и прославиша Бога вси».