Под Прейсиш-Эйлау он прибыл лишь 11 февраля, спустя 3 дня после короткого, но кровавого столкновения между обеими армиями. И снова Бернадот получил от Наполеона нагоняй за неучастие в решительном сражении. Французские потери, находившиеся в отношении 1:3 к русским, могли бы, по мнению императора, быть намного меньше, если бы корпус Бернадота оказался вовремя на месте. Т. Хёйер решительно берёт "провинившегося" под свою защиту и утверждает, что в данном случае к нему придраться вообще было невозможно, ибо последнее указание Наполеона о том, чтобы 8 февраля всем корпусам собираться у Прейсиш-Эйлау, он так и не получил. Так оно и было, и видно такова уж была участь этого полководца — "запаздывать к обеду".

Беннигсен ушёл под Кёнигсберг, а Наполеон стал готовиться к новому сражению с русской армией. 1-й корпус расположился на линии Пассарге-Шпанден, в то время как его командир устроился в замке Шлобиттен в Прейсиш-Холланд. Здесь его навестила супруга Дезире. И хотя французская армия терпела лишения и голод, уходить из Пруссии было опасно: это дало бы повод всем врагам Наполеона к новым инициативам и действиям. Поэтому нужно было до конца сломить Пруссию.

Но чем сильнее император желал дать своей армии отдых, тем менее охотно удовлетворялся Беннигсен зимней бездеятельностью. 20 февраля он снова пошёл в наступление: прусские части под командованием Лестока двигались к Эльбингу, в то время как сам Беннигсен появился под тем же Прейсиш-Эйлау, полагая, что французы на зимнее время всё-таки уйдут за Вислу. Лестока встретил первый корпус Бернадота, французы отогнали пруссаков обратно, и на этом военные действия на фронте закончились. Бернадот отдал своим частям приказ создать в Нойштадте плацдарм для будущих действий и занялся оборудованием там крепостных сооружений.

Движение на фронте возобновилось к маю, когда французская армия покинула зимние квартиры и стала накапливаться в восточном направлении. Беннигсен, сохраняя в своих руках стратегическую инициативу, 5 июня напал на слишком далеко выдвинувшийся корпус Нея, одновременно демонстрируя силу перед корпусами Бернадота и Сульта. Это было начало кровавого Фридландского сражения (14 июня), которое так же, как и битва под Прейсиш-Эйлау, не принесла победы ни одной стороне. В этом сражении Бернадот был легко ранен: обнаружив, что один из его полков попал под губительный огонь русской артиллерии, он поскакал к нему, чтобы попытаться вывести его в безопасное место, но по пути был ранен пулей в шею. Он с трудом удержался в седле, сдерживая коня левой рукой, а правой с платком пытаясь остановить кровь. Обливаясь кровью и отдав необходимые распоряжения своему начштаба генералу Мэзону, он был вынужден покинуть баталию и обратиться к помощи хирурга в Мариенбурге. Здесь он прожил с Дезире до июня 1807 года.

На этом для него, а скоро и для всех война была закончена.

Русские ушли непобеждёнными на восток. 9 июля 1807 года был подписан Тильзитский мир. Император находился в зените своей славы, и его высокомерие могло сравниться лишь с его безграничным тщеславием. Рейнский союз пополнился новыми членами, и теперь в его составе находились 4 королевства, 5 великих герцогств, 11 герцогств и 16 княжеств. Союз занимал площадь 325 800 кв. км и имел население 14,6 млн человек. В 1807 году графиня Валевская, отданная гордыми польскими панами Наполеону в обмен на государственную самостоятельность Польши, родила от него сына. Теперь император знал, что бесплоден не он, а Жозефина, и путь к разводу с ней и новому браку был открыт.

Князь Понте-Корво оправился от ранения и смог присутствовать на церемонии подписания Тильзитского мира. Здесь князь впервые познакомился с Александром I, и многие историки считают, что их сердечные личные отношения берут начало именно в Тильзите. Восстановил он своё реноме и у Наполеона, так что лето 1807 года было для маршала Бернадота и князя Понте-Корво во всех отношениях довольно удачным.

14 июля 1807 года князь получил новое назначение — командовать французскими частями в ганзейских городах Гамбурге, Бремене и Любеке со специальным поручением императора наблюдать за выполнением континентальной блокады Англии на южном побережье Балтики. Гражданским наместником в Ганзее Наполеон назначил своего секретаря Бурьена.

Бремен и Гамбург были заняты в ноябре 1806 года маршалом Мортье, там его сменил маршал Брюн, так что когда князь Понте-Корво 23 июля прибыл в Гамбург, первая жирная жатва взяток и поборов уже была снята. Но добра хватило на всех: и на Бернадота, и на его начштаба Жерара, и на многочисленных адъютантов, и на хваткого и ловкого Бурьена, с которым наш герой тесно сошёлся. Все они сколотили себе здесь приличные состояния.

Во время своего пребывания в Ганзее Бернадот принял от местных "благодарных" граждан два "подарка", но довольно крупные: первый раз 300 тыс., а другой — 150 тыс. франков. Естественно, что все "технические детали" подношений брали на себя его адъютанты, которые при этом не забывали и про себя, действуя нагло и напористо и прикрываясь именем своего патрона. Т. Хёйер вынужден признать: "В гамбургский период особенно ярко проявилась слишком далеко зашедшая толерантность Бернадота по отношению к менее морально устойчивым элементам из его окружения".

Временный поверенный в делах Дании в Гамбурге голштинец Й.-Г. Рист, сравнивая Бернадота с герцогом Ауэрштедтским (Даву), правившим в Южной Германии исключительно с помощью репрессивного аппарата, отмечает, однако, его мягкий нрав, доступность, справедливость и доброжелательность, но тут же оговаривается: "Однако действие этих хороших качеств чаще всего разбивалось о его слабость к собственному окружению и их прихвостням".

Брюн попытался навести в городе хотя бы относительный порядок и смягчить режим оккупации, но попал за это в немилость к императору. Наполеон в это время проводил жёсткую и немилосердную политику в отношении всех германских земель и облагал их население невыносимыми налогами и всяческими поборами. Богатели и жирели на этом, конечно, французский генералитет и всякого рода парижские голоштанные комиссары и инспекторы, набросившиеся на Германию, как голодные собаки на затравленного оленя.

Свою резиденцию Бернадот учредил в Гамбурге. Он часто устраивал у себя торжественные обеды и приёмы и приглашал на них местную знать. На этих обедах и приёмах, сообщает Хёйер, князь-маршал любил демонстрировать своё красноречие и пофилософствовать на отвлечённые темы, к примеру, о том, есть ли Бог или нет. Вообще же он усвоил там роль некоего доброго и человечного вице-короля.

Князь Понте-Корво, уже получивший богатый опыт подобной административной деятельности, предпринял попытку смягчить оккупационный режим, насколько это было возможно. Он отменил незаконные привилегии крупным мошенникам, для вида пригрозил наказанием Бурьену, установил контроль над деятельностью таможни. Одним словом, он действовал примерно так же, как в свою бытность в Ганновере и Ансбахе, сочетая обещания мелких льгот и послаблений с неуклонным проведением политики Наполеона.