Лиепаи два дивизиона подводных лодок с их плавбазами «Смольный» и «Иртыш». Их перебросили в Усть-Двинск. В итоге в базе осталось 15 лодок из 23 в бригаде в целом. Из них исправными к 22 июня 1941 г. числились лодки Л-3, М-77, М-78, М-79, М-81, М-83. Еще две лодки — С-9 и М-80 — имели мелкие неисправности. «Малютке» М-71 из-за коррозии корпуса было запрещено погружаться. Две субмарины заканчивали средний ремонт на заводе «Тосмаре» (С-1 и С-3), но еще не были боеготовыми. Бывшие латвийские «Ронис» и «Спидола» готовились к постановке в средний ремонт. Экс-эстонские лодки «Калев» и «Лембит» нуждались в проверке боезапаса и переоборудовании под советские стандарты. Помимо лодок, в Либаве находился отряд торпедных катеров (5 единиц) и катера охраны рейдов (4 единицы).

Мощности судоремонтного завода «Тосмаре» стали ценным приобретением для советского ВМФ. Естественно, их использовали, как говорится, «на всю катушку». Однако осознание надвигающейся опасности заставило вывести из Лиепаи в Таллин ремонтировавшийся минный заградитель «Марти». Причем неисправный корабль вытащили на буксирах. На «Тосмаре» остался в ремонте старый эсминец «Ленин». Пока война не началась, совсем прекращать работу завода было бы чрезмерной предосторожностью. Поэтому в ночь на 22 июня в Лиепаю для ремонта прибыл тральщик Т-204 «Фугас».

В 4.50 22 июня Военный совет КБФ объявил по флоту о начавшейся войне с Германией. Около 6.30 командование флота получило радиограмму от Н. К. Кузнецова начать мероприятия, предусмотренные планом прикрытия. В дозор на подступы к базе были отправлены сначала две подводные лодки, а затем к ним присоединились еще две. План также предусматривал постановку минных заграждений на подступах к Лиепае. Прибывший ночью тральщик Т-204 оказался тут как нельзя кстати. За 22 и 23 июня он шесть раз выходил в море для постановки заграждений. Всего было выставлено 206 мин образца 1912 г. До конца года на этом заграждении подорвались немецкие «охотник» за подлодками, сторожевик и два тральщика.

С началом войны был продолжен запущенный еще до нее процесс вывода из близкой к Германии базы боевых кораблей. Уже в первые часы войны последовал приказ начальника штаба флота о переводе лодок в Усть-Двинск.

До вечера 22 июня Лиепаю покинули подводные лодки «Лембит», «Калев», С-9, М-77 и М-78. Вслед за ними из базы в сопровождении всего одного пограничного катера ушел танкер «Железнодорожник», что позволило вывезти часть запасов жидкого топлива. Этот этап эвакуации прошел сравнительно благополучно, была потеряна только лодка М-78, потопленная утром 23 июня в районе Виндавы немецкой подлодкой U-144.

Вывод частей ВМФ из Лиепаи проходил не только по морю, но и по суше. Утром 23 июня на восток была отправлена 18-я железнодорожная батарея 180-мм орудий. Как писалось в расследовании обстоятельств потери Либавы, «на пути командование батареи получало ряд провокационных слухов даже от официальных лиц (некоторые начальники станций сообщали, что впереди немцами взорваны ж-д. мосты, на самом деле все они были не тронуты на всем пути следования батареи)». Если бы командиром батареи был склонный к панике человек, она была бы взорвана и ее искореженные орудия стали бы достопримечательностью, на фоне которой фотографируются оккупанты. Но, к счастью, этого не произошло. Пережив несколько авианалетов, 24 июня батарея прибыла в Ригу.

На эсминце «Ленин» утром 23 июня были введены в действие два из четырех котлов, корабль самостоятельно отошел от стенки. На нем началась приемка мазута. В этот момент в Лиепаю поступило сообщение от дежурного по станции Гавизе о том, что к городу движется поезд с немецкими солдатами. Ответ был простым, но эффективным. Навстречу эшелону был направлен паровоз без машиниста. Произошло столкновение, локомотивы сошли с рельсов, вагоны были сильно повреждены. Немецкие пехотинцы продолжили путь пешком. Попытка взять советскую военно-морскую базу кавалерийским наскоком провалилась. К 23 июня на южные подступы к городу были выдвинуты части 67-й стрелковой дивизии, которые остановили наступающих немцев на рубеже реки Барта. Серьезным аргументом обороняющихся были береговые батареи Лиепаи — три 152-мм и двадцать два 130-мм орудия. Они успешно справлялись с несвойственными им «сухопутными» целями. Для деблокирования гарнизона Лиепаи им на выручку был отправлен мотострелковый полк 28-й танковой дивизии вместе с двумя батальонами курсантов.

Однако появление противника на подступах к Лиепае круто изменило судьбу оставшихся в базе кораблей. Из двух ремонтировавшихся «эсок» на ходу была только С-3, но она была лишена возможности погружаться. «Ронис» и «Спидола» не имели аккумуляторов. Согласно докладу командира бригады Египко, их вообще планировали использовать в качестве зарядовых станций, а не боевых лодок. М-71 имела сильную коррозию корпуса, из-за которой лодке было запрещено погружаться. Субмарина была сравнительно старой, 1934 г. постройки. На М-80 была неисправна система пополнения запасов воздуха высокого давления для всплытия.

Командование базы охватила паника. Правда, позднее командующий базой Клевенский в ходе расследования обстоятельств оставления Лиепаи отрицал, что давал приказ на подрыв кораблей. Якобы решение было принято командиром «Ленина» капитан-лейтенантом Ю. М. Афанасьевым. Против этой версии говорит то, что помимо эсминца были взорваны подводные лодки, которые Афанасьеву никак не подчинялись. В итоге вечером 23 июня были подорваны эсминец «Ленин», лодки С-1, М-71, М-80, «Ронис» и «Спидола». Под аккомпанемент взрывов в 23.41 23 июня С-3 вышла в море. Перед этим она приняла на борт большую часть экипажа С-1, включая командира и комиссара. Финальным аккордом стал подрыв в 04.20 24 июня минного склада. Немцы в тот момент были еще в 12–15 км от города.

Позднее в материалах вышеупомянутого расследования указывалось: «Таким образом, в ночь с 23 на 24 июня вследствие растерянности и паники в руководстве ЛВМБ были уничтожены без вынужденной на то обстановки все находившиеся в Либаве боевые корабли, самостоятельно распущены и ушли все обеспечивающие средства, подорван минный склад и т. д., и в базе остался только дивизион ТК в составе пяти катеров»[161]. Экипажи кораблей усилили сухопутный фронт.

Тем временем лодка С-3 в ночной темноте медленно шла 5-узловым ходом вдоль берега. Можно только представить себе настроение экипажей, на глазах которых только что произошел подрыв кораблей. Вынырнувшие из предрассветной тьмы в 3.30 в районе маяка Ужава два корабля с незнакомыми силуэтами не обещали ничего хорошего. Это были «шнелльботы» — торпедные катера S-35 и S-60. 100-мм пушка «эски» не была надлежащим образом смонтирована и вести огонь не могла. Советские моряки отстреливались из 45-мм пушки и стрелкового оружия. Под шквалом огня 20-мм автоматов