Эта реформа также определила отношения между входящим в НКО ГРУ и РУ Генштаба, а также только что созданным контрразведывательным управлением, именуемым «СМЕРШ», которое НКО учредил 14 апреля 1943 года. Конкретнее — он приказал Генштабу «создать группу командиров во главе с генерал-полковником т. Голиковым с задачей обобщения и анализа поступающих данных о противнике от всех органов разведки и контрразведки (НКО, НКВД, НКВМФ, Главное управление „СМЕРШ“ и партизанских штабов)»{296}. В то время как «СМЕРШ» должен был обеспечить РУ и РО фронтов и армий специалистами, сведущими в охране и допросе военнопленных, а также тесно взаимодействовать с РУ по всем вопросам, связанным с работой агентуры противника, включая ее организацию, оперативную технику и связь, а РУ должно было передавать «СМЕРШ» все важные сведения по этим вопросам. Единственное существенное изменение в структуре РУ после апреля 1943 года произошло 18 сентября 1943 года, когда НКО перевел в него свой отдел военной цензуры{297}.

С мая 1943 года и до конца войны РУ и подчиненные ему РО забросили в тыл врага более 1200 разведывательно-диверсионных групп специального назначения («СПЕЦНАЗ»[115]) общим количеством более 10 000 бойцов, а также заручились в своих усилиях по сбору разведданных активной поддержкой более 15 000 местных жителей в качестве агентов и связных. Эти группы и созданная в тылу врага сеть наблюдателей обеспечили советскую разведку бесценной информацией о намерениях и планах противника, о численности и дислокации немецких войск и резервов, а также о времени военных операций и передислокации войск вермахта{298}. Начальниками РУ (и ГРУ) во время войны были генерал-майор танковых войск А. П. Панфилов, генерал-лейтенант И. И. Ильичев и генерал-полковник Ф. Ф. Кузнецов{299}.

Когда началась война, существовавшие в Генеральном штабе Управления организации, мобилизации и укомплектования, а также Управление строительных войск, отвечавшие за проведение мобилизации и укомплектование войск Красной Армии, подготовили вместе с НКО многие из распоряжений ГКО, касающиеся этих вопросов{300}. Однако загрузка Генштаба этими вопросами отвлекала его от выполнения своих прямых задач и мешала ему руководить военными действиями{301}. Поэтому 28 июля 1941 года ГКО упразднил эти три управления, передав их функции Главупраформу, а позднее — ГУФУ КА Наркомата обороны{302}.

Хотя Главупраформ и ГУФУКА и в дальнейшем отвечали за все стороны организации и укомплектования войсковой структуры Красной Армии, его отделы военной подготовки и оперативных перевозок тесно взаимодействовали с Оперативным управлением Генштаба в смысле постановки задач ВОСО (Управлению военных сообщений) по переброске войск до или во время военных операций. Единственные организационные вопросы, оставшиеся в ведении Генштаба, относились к учету живой силы и планированию развертывания войск, которыми занимался его Организационно-учетный отдел{303}.

Однако, когда вовлеченность Генштаба в дело организации и укомплектования Красной Армии возросла, он 25 апреля 1942 года создал собственное Организационное управление или ОУ[116], которое совместно с ГУФУ КА (Главупраформом) отвечало за работу над вопросами войсковой структуры. В то время как ГУФУ КА определяло штаты[117]Красной Армии, Организационное управление готовило организационные распоряжения, контролировало их приведение в действие и следило за численностью войск на фронте. Оно также взяло под свой контроль организационно-учетный отдел Оперативного управления и приняло на себя некоторые организационные обязанности ГУФУ КА, хотя последнее и сохранило контроль над управлением кадрами Красной Армии{304}.

Поскольку существование двух параллельных организационных управлений в НКО и в Генштабе неизбежно приводило к значительным трениям и путанице, в июне 1942 года в это дело вмешался сам Сталин, заново определив конкретные функции обеих соперничающих организаций{305}. Когда же эта мера не привела к упрощению организационной работы, Сталин между 29 апреля и 4 мая 1943 года упразднил организационно-кадровый отдел ГУФУ КА и учредил вместо него в Генштабе полноправное Главное организационное управление (ГОУ), состоявшее из отдельных функциональных отделов, отвечавших за конкретные вопросы по родам войск и специализированные организационные задачи Генштаба{306}. По сути дела, этот приказ возложил на ГУФУ КА ответственность за формирование и переформирование соединений и частей Красной Армии, а на Генштаб — ответственность за постановку задач перед этими войсками и их оперативное использование. Служивший с апреля 1942 года начальником Организационного управления генерал-лейтенант А. Г. Карпоносов продолжил работать начальником нового главного управления и прослужил на этом посту до 1946 года{307}.

Накануне войны за контроль над всеми военными сообщениями по дорогам и водным путям Советского Союза отвечало Центральное управление военных сообщений (ЦУВС), начальником которого был генерал-майор П. А. Ермолин. Этот контроль оно осуществляло через УВС, подчиненные начальникам военных сообщений в военных округах (фронтах) и армиях, которые, в свою очередь, отвечали за все сообщения в полевых войсках Красной Армии. Однако эти обязанности УВС часто пересекались с обязанностями НКПС, который управлял железными дорогами, а также с НКО и НКВД, чья Служба военных сообщений и охранные войска ремонтировали железные дороги и обеспечивали их охрану.

После начала войны ГКО попытался 1 августа 1941 года разрешить проблему военных сообщений, реорганизовав ЦУВС в Управление военных сообщений (ВОСО) и подчинив как его, так и созданное 16 июля Главное автодорожное управление Генштаба новому начальнику тыла Красной Армии Хрулеву и его новому Главному управлению тыла Красной Армии (ГУТАКА) в НКО. Однако даже после этой реорганизации Организационное управление Генштаба по-прежнему играло совещательную роль в организации транспортных частей.

Несмотря на многочисленные изменения, до конца 1941 года и весь 1942 год ответственность за железнодорожный, автодорожный и водный транспорт, как и раньше, делили между собой НКО и НКПС. Однако 31 января 1943 года Ставка приняла меры с целью сделать систему сообщений более эффективной и более отвечающей потребностям военного времени, преобразовав ВОСО в Центральное управление военных сообщений (ЦУП ВОСО) и переведя его из Главного управления тыла в Генштаб. Одновременно она также создала отделы военных сообщений во всех фронтах Красной Армии, военных округах и армиях. Эти отделы, хотя и несли прямую ответственность перед начальниками штабов фронтов и армий, также работали в тесном взаимодействии с новым центральным управлением{308}.