Сложная военная и оперативная обстановка сложилась и на Черноморском флоте. Большое число сотрудников погибло или попало в плен при героической обороне Севастополя (1941–1942), в ходе боевых действий кораблями и соединениями Дунайской, Днепровской и Пинской флотилий.

Невосполнимые потери, нехватка оперативных работников не могли не сказаться на работе флотских контрразведчиков. В этой ситуации, с учетом временных неудач нашей армии, флотские контрразведчики сосредоточили свою деятельность на двух основных направлениях: выявлении агентуры противника и борьбе с дезертирами, трусами и паникерами. При этом контрразведчики исходили из того, что в начальный период войны немецкие спецслужбы вербовали пленных советских военнослужащих простыми методами, «накоротке», зачастую прямо на передовой. Те, кто давал согласие на сотрудничество с германской разведкой, сразу же, после кратковременного инструктажа, перебрасывались через линию фронта в расположение частей Красной армии и Военноморского флота. Результаты «работы» таких агентов были недостаточно эффективны, так как многие из них сразу же сдавались добровольно, даже не приступив к выполнению задания, других задерживали после перехода линии фронта. Так, утром 25 августа 1941 г. красноармеец одной из воинских частей, оборонявших Таллин, сдался в плен гитлеровцам. На допросе он сообщил немецким офицерам известные ему сведения об организации обороны города. Сразу же после допроса, 25 августа, «новоиспеченный» агент был завербован, накормлен, снабжен сигаретами, шоколадом, ромом, листовками и переброшен в расположение морской бригады Балтфлота с заданием склонять моряков к переходу на сторону противника. Уже утром 26 августа его арестовала советская контрразведка[213].

К концу 1942 г., когда стал очевидным провал плана молниеносной войны, немецкая разведка перешла к более тщательному отбору и подготовке своих агентов. В частности, германская морская разведка в агентурной работе против ВМФ СССР в основном старалась опираться на военнопленных моряков-специалистов, хорошо знавших объекты разведки и морские театры.

В числе важнейших направлений деятельности флотских контрразведчиков в начальный период войны были укрепление боеспособности частей и кораблей ВМФ, борьба с проявлениями дезертирства, трусости и паникерства среди личного состава.

Работа на этом участке строилась по трем направлениям: информирование командования о недочетах и недостатках в дисциплине, оперативная работа по обнаружению негативных явлений и организация заградительных мероприятий по предупреждению побегов военнослужащих.

Активно боролись с дезертирством заградительные отряды[214], руководство которыми осуществляли особые отделы. С учетом сложившейся обстановки на фронтах заградительными отрядами применялись самые жесткие меры к бежавшим с поля боя, вплоть до расстрела перед строем или предания их суду военного трибунала. В последующие периоды Великой Отечественной войны в силу происшедшего изменения характера боевых действий, перехода Красной армии от обороны к наступлению, а также проведенных по линии Государственного Комитета Обороны мероприятий по укреплению дисциплины в Красной армии и на Военноморском флоте борьба с дезертирами, трусами и паникерами уже не носила такого острого характера.

В 1943 г. стратегическая инициатива окончательно перешла к Красной армии, которая провела ряд наступательных операций и освободила от врага оккупированные территории, в том числе приморские города и военно-морские базы. В результате значительно расширились возможности советской контрразведки, особенно за линией фронта. Новая обстановка и возросшие оперативные задачи выявили необходимость ее перестройки, которая коснулась и органов военно-морской контрразведки.

В соответствии с постановлением СНК СССР от 19 апреля 1943 г. 9-й (морской) отдел Управления особых отделов НКВД СССР по обслуживанию Военно-морского флота передавался в подчинение Народного комиссариата Военно-морского флота СССР, на его основе сформировано Управление контрразведки (УКР) «Смерш» НКВМФ[215].

31 мая 1943 г. постановлением ГКО № 3461 сс/ов было утверждено Положение об Управлении контрразведки «Смерш» НКВМФ и его органах на местах. На флотскую контрразведку возлагались следующие задачи: борьба со шпионской, диверсионной, террористической и иной подрывной деятельностью иностранных разведок, а также с антисоветскими элементами, проникшими в Военно-морской флот; принятие необходимых мер, исключающих возможность безнаказанного проникновения агентуры противника и антисоветских элементов на флот; борьба с предательством и изменой Родине в частях, соединениях и учреждениях ВМФ, с дезертирством и членовредительством[216].

Этим же положением подразделения «Смерш» НКВМФ освобождались от проведения всякой другой работы, не связанной с выполнением перечисленных выше контрразведывательных задач.

Отделы «Смерш» ВМФ были созданы как централизованная организация, с подчинением только своим вышестоящим органам. Начальник УКР «Смерш» НКВМФ, назначенный приказом наркома Военно-морского флота от 3 июня 1943 г. № 00154, комиссар госбезопасности П.А. Гладков подчинялся непосредственно народному комиссару Военно-морского флота и выполнял только его распоряжения.

В соответствии с положением флотские подразделения «Смерш» комплектовались за счет оперсостава бывшего 9-го отдела УОО НКВД СССР и спецотбора военнослужащих из числа командного и политического состава ВМФ, которым присваивались воинские звания, установленные в Военно-морском флоте. Сотрудники УКР «Смерш» НКВМФ экипировались в форму одежды, определенную для соответствующих родов войск ВМФ. Наказания за нарушения формы одежды определялись статьями Дисциплинарного устава[217].