Заградительные отряды являлись «одним из серьезных средств» выявления засылаемых в тыл Красной армии агентов германской разведки. Им предписывалось тщательно проверять военнослужащих, неорганизованно пробиравшихся с фронта в прифронтовую полосу группами или в одиночку и попадавших в другие части. Это было связано с тем, что в первые недели боевых действий особые отделы НКВД задержали в прифронтовой полосе несколько агентов немецкой разведки, переодетых в форму красноармейцев.

Основная задача органов 3-го Управления ВМФ на территории противника до занятия ее Красной армией заключалась: 1) в выявлении шпионских и диверсионных элементов, направленных и направляемых в расположение частей ВМФ; 2) выявлении оборонных объектов; создании диверсионных групп и засылке их в расположение военно-морских баз противника.

После занятия Красной армией территории противника основной задачей являлось: 1) немедленный захват органов разведывательной и контрразведывательной службы противника, их агентуры и противника; 2) оперативное использование захваченных документов; 3) розыск и арест руководителей и ответственных работников ВМБ и работников разведывательных и контрразведывательных органов противника; 4) выявление и арест участников контрреволюционных фашистских организаций; 5) создание агентурно-осведомительной сети среди окружения ВМФ с целью своевременного выявления антисоветских намерений этого окружения.

На органы 3-го Управления возлагалась ответственность за организацию эвакуации имущества и реальное уничтожение всего того, что не может быть эвакуировано и может быть использовано противником в борьбе с нами. В случае отступление частей Красной армии и сил флота органы 3-го Управления НКВМФ инструктировали оставшуюся агентуру на их активную работу в тылу противника, на временно оккупированной территории, создавали из них разведывательно-диверсионные группы для выявления пособников вражеской армии и их физического уничтожения, проведения диверсионной деятельности в тылу противника.

Во время Великой Отечественной войны пропало без вести и попало в плен из состава Балтийского флота 32 709 военнослужащих, Черноморского флота — 59 379, Северного флота — 1743, Тихоокеанского флота — 95 военнослужащих. В связи с этим перед органами 3-го Управления НВМФ осенью 1941 г. была поставлена задача по государственной проверке (фильтрации) лиц, бежавших или возвратившихся из вражеского плена. Основная цель такой проверки было выявление лиц, давших согласие сотрудничать с разведками противника и переброшенных на советскую территорию.

В целях оказания помощи руководству НКВМФ, командованию флотов и флотилий подразделения 3-го Управления НКВМФ: выявляли недочеты в боевом обеспечении и политическом состоянии кораблей, частей ВМФ, информировали о выявленных недостатках командование и комиссаров частей, добиваясь принятия необходимых мер со стороны командования к их устранению. По всем недочетам в боевом обеспечении и политическом состоянии частей ВМФ, о негативных проявлениях и принятых мерах командованием и сотрудниками морской контрразведки необходимо было информировать вышестоящие органы 3-го Управления НКВМФ. 3-й отделы НКВМФ вели работу по недопуску в ВМФ и очистке ВМФ от «неблагонадежного элемента». По вскрытым фактам вражеской деятельности требовалось «принимать решительные меры, вплоть до ареста». Органы 3-го Управления НКВМФ вели следствие по всем фактам преступной деятельности как военнослужащих, так и лиц гражданского окружения по делам, связанным с военнослужащими[205].

С учетом ведения боевых действий на фронтах и обстановки происходили организационно-структурные изменения в системе отечественной военно-морской контрразведки. Следует отметить, что независимо от проводимых преобразований морской контрразведки в течение в 1941 и 1943 гг. основные направления ее деятельности за весь период Великой Отечественной войны практически не менялись.

Постановлением ГКО от 10 января 1942 г. функции 3-го Управления НКВМФ были переданы в Управление особых отделов (УОО) НКВД СССР, в структуре которого был создан 9-й (морской) отдел, а также особые отделы НКВД СССР флотов, флотилий, военно-морских баз и эскадр. Особые отделы флотов и флотилий подчинялись УОО НКВД СССР; морских баз, эскадр, береговой охраны, военно-морских учебных заведений — особым отделам НКВД флота-флотилии и комиссару соединения; уполномоченные особых отделов на кораблях — особым отделам соединения и комиссару корабля[206].

В состав 9-го отдела УОО входили: 1-е отделение — контрразведывательная работа; 2-е отделение — оперативное обслуживание Морского штаба, Разведу правления, Управление боевой подготовки, Оргстроевого управления, Командного управления, политорганов, редакции газеты, прокуратуры, трибунала; 3-е отделение — Управления ВВС и ПВО; 4-е отделение — Управления: артиллерийское, минно-торпедное, химзащиты, связи, кораблестроения, инженерное, инженерно-артиллерийские склады; 5-е отделение — Главное управление портов, Управление снабжения, Управделами, КЭУ, хозотдел, военторги; 6-е отделение (периферийное) — координация работы особых отделов флотов и флотилий[207].

Первые шесть месяцев войны были самыми трудными для Советского Союза. Войскам Германии и ее союзников удалось продвинуться в глубь СССР на 850—1200 км, оккупировать Прибалтику, Молдавию, большую часть Украины и Белоруссии, ряд областей РСФСР, часть Карело-Финской ССР, противник блокировал Ленинград, находился на подступах к Москве, имел полное превосходство в воздухе. Германская авиация с начала войны по декабрь 1941 г. совершила 127 налетов на Москву, в ходе которых самолеты противника сбросили на город 1732 фугасных и 58 050 зажигательных авиабомб, от которых пострадало 6742 человека (убито — 1404 человека, ранено — 5338 человек). На территорию Московской области сброшено 5727 фугасных и 30 700 зажигательных авиабомб, пострадало 4385 человек (убито — 1464, ранено — 2921)[208].

Безвозвратные потери за шесть месяцев и девять дней 1941 г. составили 4 миллиона 473 тысячи 820 человек. Из них убито и умерло на этапах санитарной эвакуации — 465,4 тысячи человек, умерло от ран в госпиталях — 101,5 тысячи человек, пропало без вести и попало в плен 2335,5 тысячи человек, ранено, контужено — 1256,4 тысячи человек, заболело 66,1 тысячи человек, обморожено — 13,6 тысячи человек. Особенно велик процент (52,2 % от общих потерь) пропавших без вести и попавших в плен[209].

Начальный период войны был самым трудным в организации оперативно-боевой деятельности флотских контрразведчиков. В первые месяцы войны особо ощутимые потери понесли контрразведчики Балтийского флота. Десятки оперативных сотрудников погибли при обороне военно-морских баз Лиепаи, Риги, Таллина. 28–29 августа 1941 г., во время перехода боевых кораблей Краснознаменного Балтийского флота (крейсер «Киров», эсминцы, сторожевики, тральщики, подводные лодки, катера-охотники и др.) и множества судов гражданского назначения (пассажирские теплоходы, ледоколы, буксиры, танкеры и пр.) из Таллина в Кронштадт (Таллинский переход)[210], в районе острова Гогланд[211] немецкой авиацией был потоплен транспорт, на котором эвакуировалась основная часть сотрудников Особого отдела КБФ. Практически никто из экипажа и пассажиров не уцелел. Несколько сотрудников отдела погибли на борту спасательного судна «Нептун»[212], приписанного к ЭПРОНу.