Благодаря созданной и отработанной на флоте накануне войны системе оперативных готовностей флот не позволил застигнуть себя врасплох и встретил удары авиацией противника организованным огнем. На флотах в первый день войны не был потерян ни один корабль, ни один самолет морской авиации, не была взята врагом с моря ни одна база.

Стремительное продвижение германских войск в глубь СССР привело к потере громадной территории, а вместе с ней и передовых (Либава, Одесса), а затем и основных (Таллин, Севастополь) баз ВМФ. Флот стал выполнять необходимую и подчиненную сухопутным войскам работу: корабли, авиация, береговая оборона и части морской пехоты, тесно взаимодействуя с сухопутными войсками, оказывали фронтам посильную помощь на приморских направлениях. Действия морской авиации перенацелили против танковых группировок противника и вражеских самолетов, надводные корабли были привлечены огнем поддерживать приморские фланги группировок Красной армии. Флот перевозил миллионы людей, миллионы тонн различных грузов. В октябре 1941 г. на флотах и флотилиях было сформировано 25 морских стрелковых бригад, участвовавших в обороне Москвы и затем во всех боях и наступлениях советских войск вплоть до самого Берлина[192].

Действующие флоты в оперативном отношении в начале войны были подчинены фронтам. Главная задача ВМФ в тот период заключалась в обеспечении взаимодействия армии и флота на приморских направлениях. Существенной проблемой при этом на местах было отсутствие правильного общего управления приморскими частями армии и силами флота.

Отступление советских войск и тяжелые оборонительные бои за приморские города (например, 73-дневная оборона Одессы), показали необходимость новой организации обороны — подчинения всех сил, в том числе армейских, флотскому командиру — командующему оборонительным районом. Аналогичная система командования частями армии и флота позволила 164 дня защищать Ханко, 8 месяцев — Севастополь, успешно организовать оборону других военно-морских баз.

С конца июня 1941 г. начался прием и вооружение судов гражданских ведомств. Необходимо отметить, что вопросы комплектования ВМФ за счет гражданского флота сразу попали в сферу деятельности морской контрразведки. Уже 24 июля 1941 г. 3-й отдел Черноморского флота в своем спецсообщении докладывал в инстанции о слабой технической оснащенности судов гражданского флота, их слабом вооружении, а также о срыве сроков перехода в ВМФ: «Техническое состояние судов, прибывающих с Азовского госморпароходства[193], согласно мобплану, в явно неудовлетворительном состоянии, а поэтому часть судов оказалась негодной для выполнения боевых задач и была отправлена в заводы для ремонта. […] Все пришедшие корабли не обеспечены по нормам регистра СССР[194] запасными частями. Котлы на всех кораблях непригодны к эксплуатации».

Как отмечали контрразведчики, «все эти недочеты, а также плохое техническое состояние отмобилизованных кораблей серьезно будут отражаться на выполнении боевых задач»[195].

Отечественный военный флот всегда находился под пристальным вниманием иностранных военных штабов и спецслужб. Что касается немецкой военно-морской разведки, то она руководствовалась основными установками политической и военной стратегии Германии, определявшими целевое назначение и стратегическое применение германского военно-морского флота.

Германское военное командование, понимая, что, владея объективной и полноценной оперативной информацией о флоте СССР, можно перспективно планировать свои военно-морские операции, организацию морских перевозок на Балтике и Черном море. Не случайно с началом войны главный удар был направлен против основных советских флотов того времени — Краснознаменного Балтийского (КБФ)[196] и Черноморского (ЧФ)[197], которые и по своему боевому составу, и по удельному весу играли основную роль в системе ВМФ. На подрыв их мощи были направлены устремления разведок Германии, Румынии и Финляндии, воевавших против СССР.

Контрразведывательную работу на советском флоте в первые месяцы войны вели органы 3-го Управления НКВМФ, созданного постановлением ЦК ВКП(б) и СНК СССР от 8 февраля 1941 г. Этим постановлением на них возлагались следующие задачи: борьба с контрреволюцией, шпионажем, диверсией, террором и всевозможными антисоветскими проявлениями в Военноморском флоте и его гражданском окружении; выявление и информирование командования частей и соединений ВМФ о всех недочетах на кораблях и в частях флота и о всех компрометирующих материалах и сведениях, имеющихся на военнослужащих Военно-морского флота.

Война с нацистской Германией внесла коррективы в эти задачи, расширив сферу деятельности органов контрразведки флота.