Во время Первой мировой многие чехи отказывались сражаться за Австро-Венгерскую империю, хотя были ее подданными, предпочитая перейти на сторону русских, своих славянских братьев. Весной 1918 года чешский корпус получил разрешение большевистского правительства уехать из России через Сибирь по Транссибирской магистрали, чтобы принять участие в боях на Западном фронте. К концу мая корпус продвинулся до Челябинска, но после бунта чехов и венгерских военнопленных советские власти распорядились разоружить и распустить его; тех, кто оказывал сопротивление, расстреливали на месте. Первоначально желая лишь прорваться во Владивосток, к началу июля чехи решили остаться в России и воевать на стороне белых и их союзников по Антанте, которые весной начали высадку во Владивостоке. Части чешского корпуса дошли от Урала до Волги, где поддержали самарское антибольшевистское правительство Комитета членов Учредительного собрания (Комуч). Корпус помог сформировать Временное сибирское правительство в Омске, состоявшее из монархистов, эсеров и кадетов. К концу мая чехи взяли Ново-Николаевск, Челябинск и Томск и к концу сентября покончили с советскими правительствами в Сибири.

Приближение чехов к Екатеринбургу решило судьбу Романовых. Вопрос о том, кто отдал приказ убить бывшего царя и его семью, остается спорным. Некоторые историки утверждают, что распоряжение исходило от самого Ленина, тогда как другие доказывают, что решение было принято местным руководством. Источники в основном подкрепляют вторую версию.

17 июля Николай II, Александра Федоровна, пятеро их детей (Ольга, Татьяна, Мария, Анастасия и Алексей), лейб-медик доктор Евгений Боткин и трое оставшихся слуг (Анна Демидова, Иван Харитонов и Алексей Трупп) были разбужены среди ночи охраной Ипатьевского дома; им приказали одеться, отвели в пустую подвальную комнату и расстреляли. Тех, кто умер не сразу, добивали штыками.

За неделю перед тем ЧК арестовала князя Василия Долгорукова и расстреляла его вместе с графом Ильей Татищевым. На следующий день красноармейцы расстреляли несколько десятков человек, заподозренных в контрреволюционной деятельности. За месяц до этих событий, 12 июня, пермские чекисты расстреляли великого князя Михаила (младшего брата Николая II) и его секретаря англичанина Николаса Джонсона. Через день после бойни в ипатьевском доме шесть членов царской семьи, включая великого князя Сергея Михайловича (двоюродного брата Николая II) и великую княгиню Елизавету Федоровну (сестру императрицы Александры Федоровны), убили в Алапаевске, в полутора сотнях километров от Екатеринбурга. Через полгода, в ночь с 27 на 28 января 1919 года, великий князь Павел Александрович (дядя Николая II) и великие князья Николай Михайлович, Георгий Михайлович, Дмитрий Константинович (двоюродные братья Николая) были расстреляны в Петропавловской крепости.

Весть об убийстве царя распространилась мгновенно. В Москве муж Ольги Шереметевой принес домой газету «Известия» от 19 июля с сообщением о смерти «коронованного палача». Там говорилось, что царица Александра и Алексей вывезены в безопасное место, о дочерях царя не упоминалось. Через два дня во многих московских храмах прошли панихиды по Николаю II; на службы собиралось множество людей, многие плакали. Однако не все поверили в смерть Николая II, некоторые утверждали, что он переправлен в Англию. В Богородицке Голицыны узнали об убийстве из газет. Как и Шереметевы, они заказали панихиду в местном храме. Сергей позднее вспоминал, как в ту ночь тайно плакал в подушку. Даже «мэр», всегда жестоко критиковавший Николая II, назвал его казнь «преступной и нелепой».

Несколько месяцев смотритель голицынского имения Петровское уговаривал Александра и Любовь вернуться. Он писал, что бедные крестьяне разграбили имение, после чего взялись за своих более зажиточных соседей. К весне 1918 года все крестьяне голодали. Повсюду бродили нищие, люди дрались из-за остатков хлеба. Александр и Любовь слали посылки с продуктами своим бывшим слугам, не ожидая благодарности. Вскоре они получили известие, что в городе вновь начались обыски и аресты, и все три бывших узника отправились на поиски Чехословацкого корпуса.

Путникам довелось проехать через Покровское, родное село Распутина, где крестьяне предупредили, что накануне их разыскивал отряд красноармейцев. Поняв, что следует избегать подвижной линии фронта, они решили сделать крюк в четыреста верст на север. Четыре дня они ехали через поля, леса и болота; комаров было такое множество, что лица приходилось заматывать полотенцами. Однажды они едва успели свернуть с дороги и укрыться в лесу от большого отряда красноармейцев. Через шесть дней они добрались до города Ишима, где нашли группу чешских солдат. Приехав на поезде в Томск, они узнали, что красные выбиты из Тюмени. Жители Тюмени с радостью встретили падение большевиков. Для Александра, Георгия и Николая облегчение, которое они испытывали, было омрачено известием, что, уходя из Екатеринбурга, большевики расстреляли почти всех заключенных.

За крахом советской власти в Сибири последовало стремительное появление сразу нескольких (число их доходило до девятнадцати) конкурирующих между собой белых правительств, однако центрами антибольшевистского движения были Комуч и Временное сибирское правительство в Омске. Сибирская армия, созданная в 1918 году и насчитывавшая почти сорок тысяч бойцов, сражалась под бело-зеленым знаменем, символизировавшим леса и снега Сибири. Положение осложнялось прибытием на Дальний Восток сначала японских и британских, затем французских и американских войск. Японцы сразу высадили семнадцать тысяч солдат, однако по большей части оставались на побережье; американских солдат было восемь тысяч. И только англичане в середине октября двинулись вглубь Сибири – к Омску, впрочем, и они не хотели непосредственно участвовать в боях.

В Сибири и на Урале, как и в других частях империи, антибольшевистские силы не cмогли прийти к согласию и создать единые эффективные структуры власти. В ночь с 17 на 18 ноября 1918 года группа правых свергла омское правительство и установила военную диктатуру во главе с адмиралом А. В. Колчаком, провозглашенным «верховным правителем России». Колчак сделался вождем антибольшевистских сил Сибири и всей России почти на полтора года.

Несмотря на громкий титул, власть его не была абсолютной даже к востоку от Урала. Действительная власть принадлежала тому, кто контролировал Транссибирскую магистраль, а осенью 1918 года отдельные участки магистрали находились под контролем разных групп: белочехов (как называли их большевики), японцев, американцев и казачьих атаманов Григория Семенова и Ивана Калмыкова. Вместе эти группы контролировали три с половиной тысячи верст Транссиба, и это означало, что Колчак должен был с ними считаться. Колчак пользовался поддержкой англичан, в то время как командующий американскими войсками генерал-майор Уильям Грейвс решительно порицал, по его выражению, варварство колчаковской армии.

Александр с семьей оставался в Тюмени до конца 1918-го и большую часть следующего года. Князь Львов уехал в Омск, откуда был командирован колчаковским правительством в США, чтобы заручиться помощью и поддержкой президента Вудро Вильсона. Львов встретился с Вильсоном в конце ноября 1918 года, но встреча была очень короткой, и ему не удалось добиться твердого обещания помощи. Любовь с детьми жила летом под Тюменью в татарской деревне Ембаево, а Александр оставался в городе, работал в госпитале.