7 августа в ответ на представления Германии об обеспечении имущественных интересов германских граждан в Прибалтике германскому послу в Москве было вручено предложение советского правительства «образовать смешанную комиссию по урегулированию имущественных вопросов немецких граждан и лиц немецкой национальности в Эстонии и Латвии и отдельную смешанную комиссию по переселению германских граждан и лиц немецкой национальности из Литвы и их имущественным вопросам». Со своей стороны Шуленбург информировал Молотова, что «германское правительство приняло к сведению желание советского правительства о том, чтобы Германия оставила за Советским Союзом часть Литвы, закрепленную за Германией московскими соглашениями. Это представляет собой существенное изменение московского договора в невыгодную для Германии сторону. Поэтому перед тем, как германское правительство детально рассмотрит этот вопрос, нам было бы интересно узнать, что предложит советское правительство взамен». Молотов заявил, что «Советское правительство не отказывается обсудить вопрос о компенсации» и вскоре сообщит свои предложения[1953].

12 августа в беседе с Шуленбургом Молотов заявил, что «территориальная компенсация для СССР неприемлема, но выразил готовность выплатить за удержание Советским Союзом этой территории 3 860 000 золотых долларов в течение двух лет, золотом или товарами по выбору Германии»[1954]. 17 августа Молотов заявил германскому послу, что «советское правительство учло особые отношения Германии с прибалтийскими странами и пошло навстречу в вопросе о компенсации имущества лицам немецкой национальности, которые будут переселяться из Литвы». Со своей стороны Шуленбург передал советской стороне просьбу Берлина об организации консульств вместо закрывающихся в Каунасе, Риге и Таллине посольств. Молотов обещал изучить эту просьбу и дать ответ на нее позже[1955]. 23 августа в ходе новой встречи с Молотовым Шуленбург передал ему контрпредложение Берлина об организации двух комиссий, «одну – специально по переселению лиц немецкой национальности из Литвы и оставшихся лиц немецкой национальности из Эстонии и Латвии, и вторую – по всем имущественным вопросам лиц немецкой национальности во всех трех прибалтийских странах». Обе комиссии, по мнению Берлина, могли бы работать в Риге. Кроме того, германский посол вновь просил разрешения «оставить германское консульство в Дерпте [Тарту] до окончания переселения оставшихся немцев из Эстонии». Однако Молотов отклонил это предложение и передал германской стороне меморандум о необходимости возвращения задержанных немцами 13 эстонских и 1 латвийского судна[1956].

Еще 17 августа в аппарате НКИД была подготовлена докладная записка о необходимости демаркации советско-германской границы от реки Игорка до Балтийского моря, а 23 августа Политбюро ЦК ВКП(б) утвердило изданное в тот же день постановление СНК СССР № 1530-596сс «О демаркации государственной границы между СССР и Германией на участке бывшей литовско-германской границы», согласно которому НКИД должен был предложить Германии переговоры о демаркации границы[1957]. Соответственно 28 августа германскому посольству в Москве была вручена вербальная нота по этому вопросу[1958]. Кроме того, возникла проблема Литовской свободной зоны Мемельского порта, которая была создана на 99 лет по германо-литовскому соглашению от 20 мая 1939 г. Германия рассчитывала, что с вхождением Литвы в состав СССР деятельность зоны будет свернута, и 27 августа 1940 г. ввела в нее войска, прекратила деятельность таможни и предложила вывезти все литовские грузы. Все это затрагивало интересы Литовской ССР и вызвало негативную реакцию в Москве. 29 августа Молотов вручил германскому послу вербальную ноту, в которой указал, что «за Литовской ССР сохраняются все те права и льготы, которые обусловлены указанным выше германо-литовским договором с обменом письмами между г-ном Шнурре и г-ном Норкаитисом от того же числа и которые не могут прекратить свое действие на основании одностороннего акта». От положительного решения этого вопроса, по мнению советского правительства, зависели нормальные экономические отношения Германии с Прибалтикой[1959]. 6 сентября Риббентроп указал Шуленбургу, что германское правительство «не может уступить зону свободного порта в Мемеле советскому правительству. Этот вопрос будут обсуждаться с советским правительством отдельно»[1960].

2 сентября советский полпред в Берлине просил министра иностранных дел Германии И. фон Риббентропа ускорить ответ на предложение СССР о компенсации за известный кусочек Литвы. Однако германский министр иностранных дел ответил, что это предложение еще изучается, но пока оно не выглядит приемлемым для Германии[1961]. Лишь 9 сентября Шуленбург передал Молотову ответ германского правительства по этому вопросу. В принципе германское правительство выразило готовность за соответствующую компенсацию отказаться от полосы литовской территории, но предложенная компенсация его не устраивала, и в Берлине начали разрабатывать контрпредложения. Кроме того, германская сторона согласилась с высказанным 4 сентября советским предложением «об организации смешанных комиссий по эвакуации немцев из прибалтийских стран и урегулированию имущественных претензий» и просила «оставить германские представительства в Риге и Таллине до окончания переселения немцев»[1962].

18 сентября начались советско-германские переговоры в Таллине, Риге и Каунасе по урегулированию имущественных претензий переселяемых в Германию прибалтийских немцев, на которых сразу же выявились серьезные разногласия между позициями обеих сторон. Германская сторона рассчитывала получить полную компенсацию всего оставляемого имущества, тогда как советская сторона предлагала компенсировать стоимость собственности не более чем на 1 тыс. крон, латов или литов в каждом конкретном случае. Советская сторона была готова выплачивать компенсацию немецким переселенцам в течение 10 лет, а германская сторона настаивала на получении всей суммы в течение 1 года[1963]. 17 октября Германия выдвинула претензии о несоблюдении СССР германских интересов в Прибалтике, что выразилось в отказе Москвы от «полного возмещения стоимости за оставляемое эвакуированными имущество», а так же от обещания, что «в Прибалтике не будет проведена национализация имущества германских граждан». Естественно, Молотов указал на неадекватность подобных претензий, напомнив, что советская сторона и так пошла на значительные уступки Германии в этих вопросах[1964]. 21 октября германский посол вновь поднял вопрос о компенсации за имущество германским гражданам и лицам немецкой национальности в Прибалтике. На это 26 октября он получил ответ, что в виде исключения советская сторона пошла на предложение 50 % компенсации за национализированное имущество, поскольку обычно в этом случае ни о какой компенсации и речи не идет[1965]. Кроме того, в тот же день в Москве стало известно, что в Восточной Пруссии представители германских властей оказывают воздействие на советских граждан, препятствуя их желанию возвратиться на родину в Литовскую ССР. Советская сторона потребовала расследования данного случая, наказания виновных и недопущения подобных случаев впредь[1966].