Степень доверия и надежды на юнкеров городской военной администрации проявилась в ходе тревожных дней конца июля 1920 года, когда была назначена общегородская эвакуация. Полковником Данилиным, ответственным за доставку золота на городской вокзал, была поставлена задача юнкерам — охранять золотой запас, хранившийся в училище до того момента, когда будет предоставлен соответствующий транспорт. Золото перевозилось на грузовиках. В них поместилось 10 ящиков золота, охраняемые 7 юнкерами конвоя, и грузовики, рыча моторами и поднимая кучу пыли, тронулись к вокзалу. По пути, в поперечных главному пути следования улицах, отправку золота страховали пешие и конные патрули. В вагоне с золотом поехали юнкера инженерной роты, юнкера пулеметной роты разместилась в броневых коробках, пехотная рота, юнкера батареи полковника Вельского и хозяйственная часть училища были эвакуированы из Читы другим эшелоном. Казачья сотня и батарея полковника Иванова остались в Чите для оказания поддержки прикрытия отхода основных сил. 1 октября 1920 года ввиду невозможности продолжения занятий и быстрого продвижения красных войск к городу Читинское Атамана Семёнова военное училище было официально расформировано. Оставшиеся юнкера казачьей сотни были зачислены в Отдельный Стрелковый личного конвоя атамана Семёнова дивизион. В этом дивизионе уцелевшие после эвакуации и оставшиеся в живых юнкера после боев с красными у Владивостока, в количестве 55 человек, были произведены 8 сентября 1921 года — младший курс в подпоручики, общеобразовательный класс — в прапорщики.

Большинство выпуска осело в Северо-Восточном Китае, часть оказалась в Харбине, где молодые офицеры продолжили образование в высших его учебных заведениях, где на одной скамье с ними сидели выпускники другого дальневосточного училища, Хабаровского. Его история отчасти повторяет историю многих учебных заведений России во время Гражданской войны. В освобожденном 1 сентября 1918 года от красных Хабаровске по приказу атамана Калмыкова было учреждено это военно-учебное заведение для подготовки военных кадров. Начальником его был назначен бывший директор Хабаровского кадетского корпуса генерал-майор Михаил Павлович Никонов. В училище было произведено два официальных набора. Первый набор в училище составил 22 человека, из них окончили 21, второй набор — 80 человек, а также был набран класс на Артиллерийские курсы в количестве 60 юнкеров. Занятия начались уже с октября 1918 года. Курс обучения в училище был рассчитан на 1 года. В качестве учебного заведения училище было признано таковым и Верховным правителем России адмиралом Колчаком в августе 1919 года, после инспекторского посещения его генералом Хорватом. Современники вспоминали начало первого года работы училища: «1918–1919 учебный год прошел в ненормальных условиях, тем более, что все хозяйственные вопросы наталкивались на полное отсутствие средств. Питание было скудное, запасов белья и обмундирования не было, т. к. все было разграблено красными, и все средства поглощались расходами на обувь и на отопление…»[14] Да, военная обстановка не располагала к увеличению затрат на образовательные нужды. Тревожно было не только из-за постоянного ожидания нападения партизан. Трудности поджидали и со стороны внешнего противника. В ноябре 1919 года 4 китайские канонерки пытались, в нарушение русско-китайского договора о плавании по рекам Амур и Сунгари, самовольно пройти в Сунгари, и были встречены орудийным огнем отряда атамана Калмыкова у Хабаровска. После 6-часового боя одна китайская канонерка была потоплена, после чего остальные ушли назад, в Николаевск-на-Амуре. В этом бою юнкера Артиллерийских курсов училища принимали самое деятельное участие. В феврале 1920 года училище было эвакуировано в Маньчжурию. 13 февраля 1920 года белые войска принуждены были оставить город Хабаровск. Походным порядком все части двинулись на юг по реке Уссури — военное училище, отряд атамана Калмыкова, морская рота под командой контр-адмирала Василия Викторовича Безуара, верные уссурийские казаки, часть офицеров и солдат 36-го полка и гражданские беженцы. Выступившим пришлось пробивать дорогу с боем под станицами Казакевичи, Невельской и поселком Чиркино. У поселка Куколевского окружение стало таким тесным, что пришлось отходить за китайскую границу. Отход по линии российско-китайской границы оказался невероятно тяжелым; при наступивших морозах отступавшим пришлось двигаться четыре дня по снежной пустыне, без дорог и жилья. Отступлением всей группы командовал генерал-майор Николай Александрович Суходольский. Положение в походе осложнялось и и разногласием командования: Суходольский настаивал на прорыве с оружием в руках в Харбин, что составило бы около 400 верст перехода. Контр-адмирал Василий Викторович Безуар — на сдаче оружия китайцам и позволении им интернировать всех русских, оказавшихся волею судеб на их территории. В результате их горячих споров произошло разделение сил: Суходольский с частью верных людей ушел по снежной равнине в направлении Харбина, а контр-адмирал Безуар повел оставшихся к ближайшему китайскому городу Фугдину, расположенному на реке Сунгари.

Китайцы при первой же возможности постарались арестовать атамана Калмыкова. Поводов к этому у китайской стороны было немного. Главной целью ареста, безусловно, была месть атаману за бесславную ретираду китайских судов из российских территориальных вод в 1919 году. Оказавшись в китайской тюрьме, атаман, не веря в международные законы и их незыблемость, при первой возможности убежал из нее. Больной, он скрывался некоторое время в доме русского консульства в Гирине, но, кем-то выданный, был захвачен китайскими жандармами. В те годы китайцы перестали считаться с экстерриториальностью русских дипломатических учреждений в Китае.

25 августа 1921 года арестованный атаман Калымков был увезен ими в неизвестном направлении. Личность этого атамана мало чем отличалась от многих подобных ему пассионарных людей, волнами смуты выброшенных на поверхность политической жизни Дальнего Востока тех лет. За ним, разумеется, числились и неблаговидные поступки, такие как убийство полковника Февралева — его главного соперника в борьбе за атаманскую булаву Уссурийского казачьего войска. Но вместе с тем налицо были и некоторые благородные черты его натуры — отказ от комфортабельного переезда в поезде в безопасное место под охраной японцев, как выехал, например, штаб Приамурского военного округа, вместо которого он принял личное участие в походе с отрядом под командованием старшего начальника генерала Суходольского. Генерал Суходольский, ушедший со своими людьми на Харбин, позволил желавшим остаться в Фугдине распорядиться своими судьбами в соответствии с собственными убеждениями. Часть из них, обмороженные истощенные русские люди, чувствовали себя брошенными на произвол судьбы в этом богом забытом уголке китайской цивилизации. Те из сомневавшихся беженцев, кто мог и хотел избежать унижений плена, имея деньги или вещи для продажи, поспешили вслед за ушедшим отрядом Суходольского, отправившись в Харбин. Те немногие, кто остался в Фугдине, был вскоре арестованы китайцами и отправлены под конвоем по льду Сунгари в станицу Михаиле-Семеновскую на реке Амур. Там их передали советским пограничникам и войскам ОГПУ, которые конвоировали несчастных на территорию СССР, где потом, по слухам среди местных жителей, их зверски замучили. Больные и недавно оперированные участники отряда Калмыкова, которых по соображениям гуманности китайская сторона не выдала советским властям, дождались в Футдине навигации и на первом же пароходе были перевезены в Харбин.