В этот период установилась гораздо более развитая, чем раньше, иерархическая структура церкви. Во главе ее стоял константинопольский патриарх, который ко времени правления македонской династии был уже практически независим от Рима. Патриарху жестко подчинялись архиепископы, епископы и все духовенство Малой Азии и большей части Балкан. В государстве он был вторым лицом после императора, причем временами обладал властью, достаточной, чтобы пренебрегать императорской волей. Большинство патриархов были людьми образованными и набожными, хотя некоторые при своем назначении не имели даже монашеского сана. Однако даже будучи назначенными по политическим причинам, став патриархами, они всегда принимали новый образ мысли. Так произошло, например, с Тарасием, мирянином, который был назначен патриархом в 784 году. Он оказался патриархом волевым, исполнявшим свои обязанности с великим рвением. Еще поразительнее история Фотия, самого знаменитого и, наверное, самого ученого из всех патриархов, который также был мирянином, когда в 858 году принял этот пост от Михаила III. Лев VI сместил его в пользу своего младшего брата, Стефана, но позже Фотий вернулся на патриаршество и получил папское благословение, в котором ранее ему было отказано. Несколько иной характер был у Феодота, бывшего солдата и женатого человека. Он был назначен патриархом Львом V и шокировал верующих, отпраздновав свое избрание пышным пиршеством, на котором постящихся священников принудили есть мясо. Опять же, Роман I назначил патриархом своего четвертого сына, которому тогда было 16 лет и которому, по словам людей осведомленных, привычней было в конюшне, чем в церкви. Но это были исключения из правил. В основном же патриархи были людьми талантливыми, волевыми и набожными.

Отношения между патриархом и императором по необходимости были очень близкими. «Когда возникает между вами несогласие, вносите вы смятение в святые церкви, а в миру поднимаются беспорядки», – писал Даниил Стилит (Столпник) (409–493) императору Василиску. Летописи свидетельствуют, что подобные беспорядки ширились быстро, и последствия их были далеко идущими. Поэтому неудивительно, что некоторые патриархи часто принимали сторону императора. Однако с течением времени значение и власть патриархов возрастали, так что, начиная с XII века и далее, не императоры, а именно патриархи определяли политику и давали окончательные решения.

Епископы также часто преследовали политические цели, потому что многие из них происходили из знати и находили высшее удовольствие в политических интригах, а не в святости религии. Им не разрешалось жениться, как приходским священникам, и потому их часто набирали из монашеской среды, причем наиболее активной ее части. Монахи из монастырей не слишком отличались от отшельников, а наиболее набожные специально искали уединения. Византийские монастыри обычно не были, как на Западе, средоточием мысли и учености. Собственно, сама идея монашества, монашеской жизни, стара. Она гораздо старше самого Византийского государства, потому что верующие души с ранних времен – еще дохристианских – искали уединения, становясь отшельниками, а идея умерщвления плоти издавна ассоциировалась с набожностью. Святой Симеон Столпник был далеко не единственным святым, который провел большую часть жизни на вершине колонны (столпа). Чем дальше заходили эти люди в своем самоотречении, тем большей святости, считалось, они достигали. Так некий Феодор из Сикейона был определен епископом в причетники, потому что, увидев его после трех лет пребывания в пещере, смрадного и покрытого червями, тот был покорен его святостью.

Поначалу никаких организованных форм монашества не существовало. Жаждущие святости просто искали уединенной жизни. Однако вскоре получила распространение идея подобных совместных усилий. Первый настоящий монастырь был создан в Дендерехе, Египет, неким Пахомием почти в то же время, когда Константин заложил свою новую столицу. Пахомий ввел организационную систему, при которой группы монахов должны были повиноваться старшине или аббату, а также были обязаны регулярно выполнять какую-либо физическую работу. Лавры, то есть группы маленьких комнат (келий), приписанных к какому-нибудь большему монастырю, появились в Палестине в IV веке. Оттуда эта идея распространилась на Сирию и Малую Азию. Однако лишь Василий Кесарийский в IV веке первым организовал монашество как таковое. Именно он первым подчеркнул значение монашества в противовес жизни анахоретов. Он не оставил никаких письменных правил, и никогда не существовало Василианского ордена наподобие Бенедектинского, как на Западе. Однако многие монастыри, основанные впоследствии, обязаны своим уставом наставлениям Василия. Возможно, благодаря его идеям были основаны первые горные монастыри в Вифинии. Позднее были созданы и другие монастыри, самыми значительными из которых были монастыри на горе Афон. На Востоке, например в Каппадокии, монашеские сообщества обычно были малочисленнее, чем в Греции, но одна из них, самая большая, сохранилась до наших дней. Это монастырь Святой Екатерины на горе Синай. Хотя все эти монастыри представляли собой объединения людей, но идея отшельничества не умерла, и на горе Афон на отшельников смотрели как на истинно святых. Когда в 963 году Афанасием была основана Лавра, там разрешили жить только пяти самым набожным и выдающимся монахам из ста двадцати желающих.

В Константинополе первый монастырь был основан в царствование Феодосия II, но вскоре возникли и другие пристанища для монахов. С самого начала им были дарованы особые льготы, и на протяжении практически всей истории Византии они были освобождены от налогов. Важную роль в государственных делах они стали играть благодаря иконоборчеству, именно в монастырях сосредоточивалось противодействие иконоборцам. Твердая позиция, которую занял Феодор, настоятель Студийского монастыря в Константинополе, в вопросе об очередном браке императора Константина VI, а также его оппозиция иконоборчеству привели к изгнанию Феодора и временной опале Студийского монастыря. Основанный в V веке, он был почти безлюдным, когда туда прибыл из монастыря Саккудион, что на горе Олимп, Феодор, бывший там монахом в послушании у прославленного настоятеля Святого Платона. Именно Платон ввел в монашеский обиход ряд новых правил, в том числе свод наказаний и запретов. В частности, в монастырь запрещалось входить не только женщинам, но и животным женского пола. Правила Платона были далее развиты Феодором, настоятельно требовавшим, чтобы все имущество в монастыре было общим.

Все ранние монастыри были киновитными, то есть общежительными: монахи жертвовали туда все личное имущество, вместе трапезовали и принимали полную власть настоятеля. Между прочим, им запрещалось мыть тело чаще трех раз в год, исключение допускалось лишь в случае болезни. Только позднее была введена система, названная идиор-ритмической (избегающей общения), при которой монахам позволялось сохранять свое имущество, а власть настоятеля заменялась властью комитета. Это положило конец большинству аспектов общежития, но на Афоне такая система была принята лишь в XV веке. Монастырский устав был ослаблен передачей монастырей под опеку мирян. Первый раз это произошло во времена иконоборчества, затем в XII столетии. Миряне забирали большую часть монастырской казны, оставляя монахам лишь на самые насущные нужды. Таким образом, монахи лишались возможности благотворительной деятельности, которой те постоянно занимались (такими, например, как обеспечение бедняков жильем и больницами). Еще в начале Х века Никифор Фока осудил зло, проистекающее от накопления монастырями богатства, но они до конца существования Византии играли важную роль, как крупные земельные собственники.