Главную роль в разоблачении Малиновского сыграл заместитель министра внутренних дел России генерал Джунковский Владимир Федорович. Человек исключительной порядочности, как говорили о нем современники, он не мог допустить того, чтобы в парламенте страны сидел секретный осведомитель полиции, к тому же ранее судимый за уголовные преступления. Джунковский, по-видимому, являлся единственным руководителем-идеалистом в мировой истории тайной полиции. Он заставил Малиновского отказаться от депутатского мандата, пригрозив в противном случае публично объявить о его сотрудничестве с охранкой.

Владимир Федорович Джунковский (1865 г. — 21 февраля 1938 г.), родом из дворян Полтавской губернии, православный, воспитанник Пажеского корпуса, военную службу начал в лейб-гвардии Преображенском полку. Российский политический, государственный и военный деятель; адъютант великого князя Сергея Александровича (1891—1905), московский вице-губернатор (1905—1908), московский губернатор (1908—1913), командир Отдельного корпуса жандармов и товарищ министра внутренних дел (1913—1915), командир 8-й Сибирской стрелковой дивизии, генерал-лейтенант (апрель 1917 г.).

Годы губернаторства В.Ф. Джунковского в Москве отмечены расцветом культурной, просветительской и общественной жизни. В этот период были открыты Московский коммерческий институт, Университет имени А.Л. Шанявского, Педагогический институт и Педагогическое общество имени Г. Шелапутина, Московское общество воздухоплавания, Музей изящных искусств имени Александра III, антиалкогольный музей, елизаветинская Марфо-Мариинская обитель служения Богу и человеку и др. Популярность губернатора у населения была огромна. Не случайно семь уездных городов губернии, среди которых Серпухов, Коломна, Клин, Подольск, присвоили ему звание Почетного гражданина. Его деятельность была оценена и властями. В 1908 году он был произведен в генерал-майоры.

Будучи товарищем (заместителем) министра внутренних дел и командиром Отдельного корпуса жандармов, Джунковский реформировал службу политического сыска. Он упразднил охранные отделения во всех городах империи, кроме Москвы, Петербурга и Варшавы, запретил институт секретных сотрудников в армии и на флоте, считая, что это разлагает солдат, уволил большое количество жандармских офицеров, в связи с чем нажил себе немало врагов. По его распоряжению была ликвидирована агентура среди учащихся средних учебных заведений. Узнав, что платный агент охранки, член ЦК партии большевиков и руководитель большевистской фракции в IV Государственной думе Малиновский имел в прошлом три судимости за кражи, причем последнюю — за кражу со взломом, Джунковский приказал исключить его из числа агентов и потребовал, чтобы тот сложил с себя депутатские полномочия. Опасаясь публичного разоблачения, Малиновский был вынужден уйти из Думы. По этому поводу Джунковский писал: «Когда я узнал, что он состоит в числе сотрудников полиции и в то же время занимает пост члена Государственной Думы, я нашел совершенно недопустимым одно с другим. Я слишком уважал звание депутата и не мог допустить, чтобы членом Госдумы было лицо, состоящее на службе в департаменте полиции, и поэтому считал нужным принять все меры к тому, чтобы избавить от нее Малиновского».

Концом карьеры В.Ф. Джунковского стало столкновение с Распутиным. Когда зимой 1915 года Распутин устроил дебош в подмосковном ресторане «Яр», Владимир Федорович воспользовался случаем и доложил об этом царю, присовокупив донесения филеров об отнюдь не святой жизни старца. Николай II, по словам самого же Распутина, был настолько разгневан, что долго не допускал его к себе, чего «старец» противникам не прощал и вскоре постарался отомстить. Кампанию по устранению Джунковского он вел через императрицу Александру Федоровну, и понадобилось всего несколько месяцев, чтобы удалить Джунковского со всех постов.

С 1915 года Владимир Федорович командовал бригадой 15-й Сибирской стрелковой дивизии, а затем дивизией. В апреле 1917 года ему было присвоено звание генерал-лейтенанта. В сентябре солдатский комитет избрал его на должность командира 3-го Сибирского армейского корпуса. Именно доверие солдатских масс спасло ему жизнь и даровало свободу после Октябрьской революции, когда его вместе с группой генералов арестовали в ставке Верховного главнокомандующего и заключили в Алексеевский равелин Петропавловской крепости. Поначалу советское правительство ему, как офицеру, лояльному к власти, даже определило пенсию в размере 3270 рублей в месяц. Джунковского арестовали в сентябре 1918 года после покушения на В.И. Ленина, по дороге в Путивль к родственникам, якобы перепутав с другим офицером, которого разыскивала ВЧК. Он был доставлен в Московскую ЧК, а 6 декабря 1918 года заключен в Бутырскую тюрьму, где на него завели «Дело № 12685». Однако в Бутырской тюрьме никаких следственных действий с Джунковским не проводили — им заинтересовалась ВЧК, куда его и отправили на допросы.

В предисловии к «Воспоминаниям» В.Ф. Джунковского сказано, что «14 декабря 1918 г. в Управделами Совнаркома поступило письмо от прославленных артистов сцены А.В. Неждановой, М.Н. Ермоловой, А.И. Сумбатова-Южина, О.Л. Книппер-Чеховой с просьбой освободить В.Ф. Джунковского из-под стражи».

Возможно, письмо сыграло свою роль в облегчении тюремной жизни заключенного, так как 18 декабря 1918 года Лубянка возвратила арестованного в Бутырскую тюрьму. В тюрьме на Владимира Федоровича завели новое дело за № 12779, а старое приобщили к нему. На деле крупными буквами наискосок написано: «ВЧК». ВЧК проявляла к Джунковскому профессиональный интерес. Сам Джунковский уже после освобождения рассказывал своим знакомым, что его как-то вызвал к себе Ф.Э. Дзержинский и расспрашивал о том, как функционировала охрана Николая II. Поскольку Джунковский непосредственно занимался ее организацией, то он по просьбе председателя ВЧК написал об этом подробную записку и с тех пор стал постоянно консультировать чекистов.

Следствие длилось шесть месяцев, в течение которых чекисты копались в прошлом Джунковского, выискивая факты, свидетельствовавшие о его преступлениях против народа и революции. 6 мая 1919 года состоялось заседание Московского революционного трибунала. Джунковский был признан опасным для советской власти и приговорен к заключению в концлагерь до окончания Гражданской войны без применения амнистии. Аналогичная запись появилась и в его деле[11].