Знаком особого доверия можно считать то, что Белецкий поручал Малиновскому проверку точности сведений из докладов начальников охранных отделений и заграничной агентуры. От Малиновского ожидали большего, чем «простой осведомительный розыск». Генеральный замысел руководства полиции заключался в том, чтобы не допустить консолидации РСДРП, сохранить и углубить раздробленность российского социал-демократического движения. Руководствуясь этой установкой, ему следовало парализовать любые шаги к сближению социал-демократов разного толка. При активном участии Малиновского, который прослыл среди меньшевиков главным раскольником, в ноябре 1913 года произошел раскол ранее единой социал-демократической думской фракции.

Как и любой провокатор, Малиновский страшился разоблачения, и страх толкал его ко все более искусной мимикрии, и не случайно особое рвение он проявлял в поиске в рядах ленинской партии провокаторов — подлинных и мнимых. Так, подозрения, возникшие против него у Е.Ф. Розмирович, он сумел отвести, повернув их против антипатичного всем работника «Правды» Черномазова, так же как и Малиновский, оказавшегося провокатором[10]. Прекращение «сотрудничества» Малиновского с охранкой произошло не по его инициативе и явилось для него полной неожиданностью. В результате обострившейся борьбы в верхних эшелонах Департамента полиции в конце 1913-го и начале 1914 года вынуждены были покинуть свои посты товарищ министра внутренних дел Золотарев и кураторы Малиновского Белецкий и Виссарионов — противники реформ, вводимых Джунковским. Инициатор реформ новый товарищ министра внутренних дел и командир отдельного корпуса жандармов генерал В.Ф. Джунковский счел невозможным и опасным для престижа монархии дальнейшее совмещение в одном лице агента полиции и члена Государственной думы. Политический скандал в случае разоблачения провокатора причинил бы, по мнению Джунковского, более серьезный вред, чем утрата той информации, какую поставлял Малиновский. Отказаться от нее было тем легче, что в распоряжении Департамента полиции имелось достаточно других источников осведомления, в том числе подслушивающие устройства, установленные рядом с помещением думской большевистской фракции. Решено было избавиться от Малиновского, потребовав от него ухода из Думы с последующей эмиграцией. За это ему выдали щедрое единовременное пособие в размере 6 тыс. руб. и заверили в том, что в делах и архивах не осталось никаких уличающих его документов. Малиновский был вынужден подать председателю Думы заявление о сложении депутатских полномочий.

Как только депутаты-большевики узнали о заявлении Малиновского, было собрано экстренное совещание фракции. Присутствовавшие на нем члены ЦК и депутаты за нарушение партийной дисциплины исключили Малиновского из рядов РСДРП. ЦК РСДРП была назначена судебно-следственная комиссия в составе Я.С. Ганецкого (председатель), В.И. Ленина и Г.Е. Зиновьева, которая в течение полутора месяцев проверяла сведения, поступившие из Петербурга. Комиссия, писал в своих воспоминаниях Зиновьев, «вникала абсолютно во все детали, но ничего серьезного против Малиновского не получалось». О том же писал в 1917 году Ленин: «Решительно никаких доказательств ни один член комиссии открыть не мог… Общее убеждение всех трех членов комиссии сводилось к тому, что Малиновский не провокатор». Комиссия запросила мнение одного из крупнейших специалистов по разоблачению провокаторов, В.Л. Бурцева, но последний в то время также отверг предположение о провокаторстве Малиновского. Малиновский был любимчиком и «выдвиженцем» Ленина, и даже когда подозрения по поводу Малиновского у многих соратников Ильича по партии переросли в уверенность, Ленин продолжал упорно защищать своего питомца, в том числе и в партийной печати: в статьях «Ликвидаторы и биография Малиновского», «Приемы борьбы буржуазной интеллигенции против рабочих» и других.

С началом мировой войны Малиновский уехал в Варшаву, где его мобилизовали в царскую армию. Затем в газетах появилось сообщение о том, что он убит. На это сообщение Ленин и Зиновьев откликнулись некрологом на страницах «Социал-демократа». В некрологе говорилось про «непростительный грех» Малиновского перед рабочим движением, и про то, что «партия беспощадно осудила его самой тяжкой карой — поставила его вне (своих) рядов»… Но, поскольку он «был политически честным человеком», партия, подчеркивалось в некрологе, «одинаково обязана как защитить честь умершего бывшего своего члена, так и разоблачить приемы, глубоко позорящие тех, кто прибегает к ним в политической борьбе». После опровержения сообщения о смерти в одном из номеров «Социал-демократа» Ленин и Зиновьев опубликовали небольшую заметку, сообщая, что «Малиновский жив и находится на одном из театров военных действий», они добавляли: «Говорят, люди, которых ошибочно объявляют умершими, потом долго живут. Пожелаем этого и Р.В. Малиновскому».

Малиновский попал в плен и около четырех лет находился в лагере военнопленных Альтен-Грабов в Германии, где вел культурно-просветительную работу и революционную пропаганду среди русских солдат и приобрел большое влияние. Частично сохранившаяся переписка Ленина, Зиновьева и Крупской с Малиновским свидетельствует о том, что они стремились оказать бывшему члену ЦК РСДРП максимально возможную в тех условиях материальную помощь и моральную поддержку. В Альтен-Грабов, в том числе и через Международный Красный Крест, на имя Малиновского направлялись посылки с продовольствием и теплыми вещами, необходимые для пропаганды газеты, журналы, книги. Его информировали также о состоянии российского и международного рабочего движения. Члены Заграничного бюро ЦК не могли не оценить по достоинству проделанной им пропагандистской работы, значимость которой подтверждали письма военнопленных социал-демократов.

Однако сразу же после Февральской революции в архиве департамента полиции были обнаружены неопровержимые данные о провокаторстве Малиновского, в том числе собственноручные его расписки в получении жалованья от охранки. Разбиравшая его дело Чрезвычайная следственная комиссия уже в июне 1917 года обнародовала собранные ею материалы, которые стали использоваться враждебной большевикам прессой в целях их дискредитации. До лагеря военнопленных весть о провокаторстве Малиновского дошла в мае 1917 года, и Малиновский заверил членов социал-демократической группы лагеря, что при первой же возможности вернется в Россию. В Россию он возвратился после Октябрьской революции и заключения Брестского мира 20 октября 1918 года с очередной партией освобожденных военнопленных. В Смольном он, обратившись к секретарю Петроградского комитета РКП (б) СМ. Гессену, заявил, что приехал отдаться в руки советского правосудия. Через несколько дней арестованный провокатор был доставлен в Москву и заключен в тюрьму ВЧК. Следствие продолжалось недолго — 5 ноября 1918 года Малиновский предстал перед судом Революционного трибунала, а в ночь с 5 на 6 был расстрелян.