Последняя вспышка активности имела место спустя ровно 2 года после злополучного новогоднего сражения. 1 января поступил приказ за 3 месяца привести в боевую готовность оба крейсера — «Хиппер» и «Ойген». 15 января корабль поступил на завод, но ненадолго. Советские войска стремительно приближались, и вместо запланированного ремонта пришлось заняться спешной эвакуацией. На борт снова приняли зенитную артиллерию, сданную на берег на время ремонта, и ее боезапас. Крейсер получил приказ находиться в 18-часовой готовности к выходу. 22 января последовал приказ выйти в море вместе с «Эмденом». Тяжелый корабль представлял собой печальное зрелище: ход могла дать лишь одна турбина, управлять зенитным огнем могли только два носовых КДП. Вечером того же дня последовал приказ выгрузить 203-мм боезапас, но степень расстройства немецкого военного механизма достигла столь высокой степени, что приказ не был выполнен и до 16.00 29 января, когда на «Хиппер» начали прибывать эвакуируемые. За несколько часов на борт поднялись 1529 человек, в основном женщины и раненые. Ночью крейсер все-таки выполз в море и направился на запад под командой последнего командира капитана цур зее Ганса Хенигста.

Вскоре после выхода «Хиппер» оказался в районе потопления лайнера "Вильгельм Густлов" советской подводной лодкой С-13. Ему пришлось маневрировать между шлюпками, спасательными плотиками и людьми, плававшими в ледяной воде. Хенигст оставил для спасения единственный миноносец эскорта, Т-36, а сам направился дальше, опасаясь за свой «хромой» корабль, на котором находилось 2,5 тысячи человек команды и эвакуировавшихся. Согласно записям в вахтенном журнала, в походе крейсер уклонился от двух торпед, хотя об атаках на него сведений нет.

Прибыв в Киль, «Хиппер» 2 февраля был поставлен в док фирмы "Дойче Верке". Однако последний в его истории ремонт так и не удалось окончить. 3 апреля британское Бомбардировочное командование привело свой последний массированный налет на территорию Северной Германии. Целью тяжелых бомбардировщиков стал именно Киль. В ходе налета крейсер получил прямое попадание бомбой в правый борт; на нем погибло 5 человек. 9 апреля мощный налет повторился. Британские бомбардировщики сбросили на город и порт 2600 т бомб. Своя доля досталось и «Хипперу», в надстройки которого попали 3 бомбы среднего калибра. На практически разоруженном корабле команды в этот момент не было; она благоразумно перебралась в бетонный бункер-убежище для подводных лодок. В результате никто не пострадал, но никто и не боролся за живучесть. Основательно выгоревший крейсер сел на дно дока. В начале мая его окончательно привели в негодность взрывами нескольких подрывных зарядов. Так бесславно проведший два последних года "Адмирал Хиппер" незаметно сошел со сцены. После капитуляции Германии в июле 1945 года при ремонте дока его отбуксировали в бухту Хайкендорф, где притопили на мелком месте. Останки крейсера не спеша разбирали на металл: работы закончились только в 1949 году.

В результате многочисленных задержек, связанных с изменениями проекта в ходе постройки и первых испытаний 6 сентября 1939 года второй крейсер серии формально вступил в строй 20 сентября. Однако после приемки комиссией «Блюхер» еше не стал боевой единицей: всякого рода доделки и исправления продолжались еще полтора месяца. Только в середине ноября командир, 47-летний капитан цур эее Генрих Вольдаг, смог приступить к предварительным испытаниям своего корабля, пока еще в основном у причала. 13-го и 14-го крейсер ненадолго поднимал якорь и выходил в короткие «путешествия» в бухте. Они выявили неполадки в машинах, и весь месяц пришлось провести в Киле, «доводя» крейсер пока только до возможности выйти в море. Наконец, 27 ноября «Блюхер» покинул завод и направился в район Готенхафена, где приступил к окончательным испытаниям механической установки. В походе замерялся расход топлива для определения дальности и некоторые другие параметры работы МКУ. Ввиду военного времени официальные результаты испытаний не регистрировались.

По завершении испытательного похода крейсер вернулся в Киль, где работы на нем продолжились. Вновь последовали мелкие контрольные выходы и испытания. Только 7 января 1940 года «Блюхер», наконец, смoг покинуть завод. Но его отнюдь нельзя было считать боеготовым кораблем, поскольку не проводились даже пробные артиллерийские и торпедные стрельбы, не говоря уже о серьезных учениях. Единственным безопасным местом для их проведения являлась восточная Балтика, куда и направился «Блюхер». Суровая зима 1939/40 года окончательно испортила и без того мало комфортабельные условия неприветливого в это время года Балтийского моря. Снег и туман не давали возможности проводить стрельбы, а сковавший воду лед могли разбить только ледоколы, требовавшиеся для других надобностей. Пришлось возвращаться в Киль, куда крейсер прибыл 17 января. На следующий день «Блюхер» открыл "боевой счет". Его жертвой стал собственный крейсер «Кёльн», в корму которого тяжелый крейсер уткнулся носом при рутинной операции проворота турбин (оборвался швартов и корабль подался вперед). Для самого «Блюхера» инцидент остался без последствий; повреждений не было. В течение 10 дней несчастливый корабль находился на мертвом якоре в Кильской бухте, быстро вмерзая в лед. Не нашлось лучшего решения, кроме как перевести его обратно к заводскому причалу. Пользуясь удобным случаем, инженеры и рабочие вновь приступили к многочисленным мелким работам, затянувшимся до конца марта. В итоге корабль, формально находившийся в строю уже почти полгода, покидал достроечную стенку только на 19 суток и, конечно же, не мог считаться полноценной боевой единицей.

Однако главное командование ВМС ("Оберкомандо дер Марине", ОКМ) имел на него вполне определенные виды. Острая нужда в кораблях для операции «Везерюбунг», в которой оказался задействованным весь флот, заставило ОКМ включить «Блюхер» в списки участников вторжения в Норвегию. В решении, правда, указывалось, что крейсер пригоден для "простых заданий", но не уточнялось, что именно под этим понимается. Он так и не сделал ни одного выстрела из орудий главного калибра; не проводилось также столь важных общих учений по ликвидации последствий боевых повреждений и борьбе за живучесть.

В таких условиях на корабль началась лихорадочная погрузка снабжения. В числе прочего на борт поступили сотни плотиков и спасательных жилетов, вскоре весьма пригодившиеся, а также боевые снаряды и заряды, которые пришлось загрузить прямо поверх практических, что привело к перегрузке корабля и к тому, что некоторые укупорки с зенитным боезапасом оказались в самых неподходящих местах. (Это тоже сыграло свою роль в последующих событиях.) На «Блюхер» погрузился штаб морского командующего группой для атаки столицы Норвегии Осло контр-адмирала Куммеца, и 5 апреля «Блюхер» вышел в Свинемюнде — отправную точку операции. Началась окончательная загрузка крейсера войсками. Он принял около 822 армейских военнослужащих, в том числе 600 солдат и офицеров 2-го батальона 307-го пехотного полка 163-й пехотной дивизии. Остальные части представляли собой штаб этой дивизии (50 человек, в том числе командир дивизии генерал-майор Энгельбрехт), часть штаба всей группы войск, предназначенной для захвата Южной Норвегии (50 человек), передовой штаб командующего частями Вермахта в Норвегии генерала Фалькенхорста (12 чел.), штаб и оркестр 307-го пехотного полка (80 чел.), персонал почтовой службы армии в Осло (20 чел.). Вершила всю эту пеструю компанию штабников группа военных корреспондентов и пропагандистов, долженствовавших описать победную поступь немцев против нейтральной страны, в составе примерно 10 человек. «Примерно» — потому, что точные списки принятых на борт отсутствовали, и все приведенные цифры являются приближенными, что впоследствии дало основание для упреков немцев в сокрытии истинного числа погибших. В любом случае, на «Блюхере» находилось свыше трети личного состава войск группы 5, погруженных на боевые корабли (около 2100 чел.)