Суворов, проверяя войска, лично ставит своему бывшему ротному командиру задачу обороны границы. Легкоконные Павлоградский и Мариупольский полки подтягиваются поближе к Кинбурну, чтобы в случае надобности усилить его крепостной гарнизон. То есть уже в самом начале войне предвиделось, что османы пойдут на десантные операции.

Опасность нападения на Кинбурнскую крепость усиливалась с каждым днем. Осенью под стенами Очакова собрался впечатляющий по численности кораблей султанский флот с десантом на борту, закрывший собой выход в море из Днепровско-Бугского лимана. Стороны вели усиленную разведку. Суворов приказал нести дозорную службу «должным образом», чтобы обезопасить себя от внезапного удара с моря.

1 октября турки после ожесточенной бомбардировки русских позиций с кораблей Очаковской эскадры, подошедшей к Кинбурну на дальность пушечного выстрела, начали высаживать десант на Кинбурнскую косу: прибывшие на лодках 5000 янычар — отборной султанской пехоты — двинулись по песчаной косе на штурм крепости.

Русская пехота, усиленная казачьими и легкоконными полками, уничтожила большую часть высадившихся на Кинбурнской косе янычар. Лишь немногие сумели добраться на лодках до своих кораблей. Суворов лично руководил отражением турецкого десанта, был дважды ранен и удостоился высшей награды Российской империи — ордена Святого Андрея Первозванного.

Вскоре отряд запорожцев, состоявших на службе у османского султана, в два часа ночи попытался, переправившись через Буг, захватить Осицкую косу. Однако неприятеля обнаружили донские казаки — после перестрелки запорожцев прогнали к лодкам, и они были «вынуждены уехать обратно».

Для содержания пограничных кордонов и конных разъездов к генерал-майору Голенищеву-Кутузову дополнительно поступают три казачьих полка: Донской — Табунщикова, 1-й и 2-й — Бугские. Чтобы не упустить теплое время, он предпринимает форсированное укрепление Николаевской крепости (ныне город Николаев): ежедневно наряд егерей в 180 человек ведет земляные работы вокруг замка, а внутри его ликвидируются многие хозяйственные пристройки, сооружаются подмостки для установки пушек.

Проверявший состояние Николаевской крепости начальник 1-й дивизии Екатеринославской армии генерал-аншеф Н.В. Репнин нашел, что все у Голенищева-Кутузова «весьма порядочно, как и укрепление здешнего замка же хорошо устроено, так что… при сем посте под предводительством его… в случае нападения неприятельского все пойдет с желаемым успехом».

Корпусной командир проявляет заботу о вооружении егерей. По его заявкам каждому батальону придается по одному восьмифунтовому единорогу и одной трехфунтовой пушке. Для обучения батальонных канониров пушечной стрельбе на каждое орудие получается 2,5 пуда пороха, а для обучения стрелков — по 840 готовых восьмизолотниковых пуль на батальон.

При корпусе образуется команда «верных казаков» под начальством секунд-майора Захара Алексеевича Чепеги, ставшего в июле 1788 года кошевым атаманом Черноморского казачьего войска. «Верными казаками» называли запорожцев, перешедших на службу России после ликвидации в 1775 году Запорожской Сечи. Другая часть запорожцев бежала в Турцию и поселилась на Дунае, образовав там Дунайскую Сечь.

М.И. Голенищев-Кутузов доносил армейскому командованию в рапорте, что «верных казаков» к нему «ежечасно пребывает». Команда Чепеги вооружается циками и пистолетами, обучается стрельбе, ведению пехотного боя. Черноморское казачье войско пройдет всю войну и после ее завершения по указу императрицы Екатерины II поселится на Тамани и близлежащем правобережье Кубани, став в будущем частью Кубанского казачьего войска.

Наступившая зима была в Северном Причерноморье необычно холодной — река Буг замерзла, и противник мог воспользоваться этим. Генерал-майор М.И. Голенищев-Кутузов принимает дополнительные меры предосторожности. Вдоль Буга рассылаются малые разъезды, которые по вечерам, перейдя на другой берег, осматривают степь с курганов. Также по заданию командира егерского корпуса, хорошо понимавшего значимость достоверных сведений о неприятеле еще со времен квартирмейстерской службы, за Буг на турецкую сторону в разведку ежедневно высылаются небольшие специальные отряды — «партии».

Сбором разведывательных данных занимались и более крупные отряды «верных казаков» секунд-майора Чепеги и полковника Дягина от Донского казачьего полка. Полезную информацию приносили с собой перебежчики, бывшие запорожцы. И разумеется, торговцы, для которых тогда, казалось бы, не существовало ни государственных границ в степи, ни военного времени.

Все попытки противника вторгнуться на сопредельную территорию малыми и большими отрядами зимой и весной 1788 года проваливались. Его своевременно обнаруживали или конные разъезды, или «разъездные лодки», и обычно, не принимая боя, турки возвращались восвояси.

Заботясь о надежности прикрытия государственной границы, генерал-майор и кавалер М.И. Голенищев-Кутузов не забывал при этом и о безопасности местного населения Прибужья. По его указанию «жителям, для хлебопашества приехавшим, жен и детей на берегу при себе иметь не велено»; мужчины не должны ночевать по разным избам, а размещаться на ночлег «потеснее в несколько изб», и при них обязаны быть караул и разъезд; «пахарям при их плугах близко берега также ночевать поодиночке запрещено, и за всем этим поручено “строжайшее смотрение казачьим полковникам…”».

Весной 1788 года султанское командование решило активизировать боевые действия в Северном Причерноморье. 20 мая под Очаков прибыл турецкий флот — 92 вымпела, в том числе 14 линейных кораблей. Они доставили все необходимое Очаковскому гарнизону.

Для начала турки решили атаковать с моря пристань Глубокую, форпост Херсона. Россия была готова к решающему столкновению на водах Днепровско-Бугского лимана, хотя соотношение в численности парусных кораблей для действий в открытом море складывалось не в ее пользу.

Севастопольская эскадра насчитывала всего 3 линейных корабля и 14 фрегатов. В Херсонской парусной эскадре было 2 линейных корабля и 6 фрегатов. Однако главнокомандующий русской армией генерал-фельдмаршал Г.А. Потемкин-Таврический сумел подготовить сюрприз султанскому флоту: в лимане укрывалось 65 судов Днепровской гребной флотилии, которой командовал немецкий принц К.Г. Нассау-Зиген, состоявший на русской службе.

Получив сообщение о прибытии турецкого флота под Очаков, Г.А. Потемкин приказал Бугскому егерскому корпусу «следовать вниз по Бугу… и соображаться в своих действиях с войсками в Херсоне и на Глубокой находящимися». Егерские батальоны, полностью снаряженные, прибыли к пристани Глубокой и расположились там. Корпусу придали два донских казачьих полка — Василия Орлова и Гавриила Бокова.

7 июня, в семь часов утра, турецкая гребная флотилия, поддержанная несколькими мелкосидящими в воде парусными кораблями, пошла в атаку на русские суда, стоявшие в лимане. Вся тяжесть сражения легла на гребную флотилию принца Нассау-Зигена, поскольку встречный ветер не позволил русским парусникам вступить в бой. Артиллерийская перестрелка шла «наижестокая».

Исход сражения в лимане решила более искусная русская артиллерия. Не выдержав меткого пушечного огня, турецкие суда в беспорядке бежали к Очакову, под защиту его крепостных батарей. В воздух взлетели корабль и шебека (небольшое трехмачтовое парусно-гребное судно, имевшее на вооружении от 12 до 40 орудий).