Все князья Шуйские находились рядом с царем Борисом. По росписи полков первыми воеводами были назначены служилые татарские царевичи Арасланалей Кайбулич, Уразмагмет Анданович, Магметкул Ялтоулович, происходившие из бывшего Астраханского царства, Казахской орды и Сибирского царства. Такое представительство потомков Чингизидов на службе московского царя должно было подчеркнуть его высокий статус в противостоянии с Крымским ханством. Вместе с царевичами были назначены и русские воеводы. Большим полком в Серпухове командовал князь Федор Иванович Мстиславский, а братья князья Василий и Дмитрий Ивановичи Шуйские стояли во главе полка правой руки в Алексине и передового полка в Калуге. Командование потомками русских удельных князей в первом царском походе тоже могло иметь свое значение для царя Бориса Федоровича. На подходе к Серпухову у Бориса Годунова было несколько царских столов, и князья Шуйские — воеводы главных полков — присутствовали на них[144], что не оставляет сомнений в том, что князьям-Рюриковичам отдавались все положенные почести. Наверное, это был своеобразный «утешительный приз» от царя Бориса за лояльность (во всяком случае внешнюю), проявленную князьями Шуйскими во время избрания его на царство. Серпуховское стояние с 11 мая по 29 июня 1598 года закончилось не войной, а переговорами с крымскими послами, которых специально провели сквозь строй собранного войска, палившего из всех пищалей. Достигнув нужного эффекта в воздействии на послов, Борис Годунов еще больше преуспел в своих отношениях с Государевым двором и вызванными на службу дворянами и детьми боярскими из уездов Русского государства. Всех он успел наградить за участие в походе, обеспечив себе на долгое время вперед поддержку со стороны своих благодарных подданных. Когда 3 сентября 1598 года царь Борис Федорович венчался на царство, то всем оставалось только благословлять начало царствования такого щедрого правителя. Боярин князь Василий Иванович Шуйский получил в это время назначение в судьи Рязанского судного приказа. В этом умении использовать «кнут» и «пряник» для своих соперников и состояло во многом политическое мастерство Бориса Годунова, приведшее его к вершине власти.

Князья Шуйские недолго вместе со всеми наслаждались благодеяниями царя Бориса Федоровича. Другой его чертой, тоже важной для политика, была неутомимая склонность к игре на опережение, в чем ему не было равных. Борис Годунов был внимателен к любым мелочам и умел извлекать из них максимум пользы для себя. Так было с новой волной гонений, которая обрушилась на род князей Шуйских, грозя уничтожить его. Их принадлежность к Рюриковичам становилась помехой уже для новой династии Годуновых, утверждавшейся царем Борисом. И он принял свои меры.

Началось все в «108-м» (1599/1600) году. Все детали нам не известны, однако собранные воедино факты позволяют выявить намерение царя Бориса Федоровича расправиться с князьями Шуйскими. Царским помощником в этом деле стал князь Федор Андреевич Ноготков-Оболенский. Борис Годунов многое делал чужими руками, и ему важно было приближать таких, готовых на все, людей. В этом, конечно, сказывалась «школа» Ивана Грозного. Первым, кого князь Федор Ноготков атаковал еще 21 июля 1598 года, используя безотказный механизм местнического спора, был князь Иван Васильевич Сицкий. С его отцом, боярином князем Василием Андреевичем Сицким, местничался еще в декабре 1578 года кравчий Борис Годунов (и выиграл спор). Одной челобитной Федора Ноготкова на Сицких в первые месяцы годуновского царствования, однако, дело не кончилось. Князь Федор Андреевич Ноготков подал совсем необычную челобитную «во всех Оболенских князей место» на своего родственника (и родственника первой жены князя Василия Ивановича Шуйского) князя Александра Андреевича Репнина-Оболенского. Оказалось, что речь шла об особо тесных дружеских отношениях Репниных, Сицких и Федора Никитича Романова. За удачное челобитье князь Федор Андреевич Ноготков был почтен боярским чином при венчании Бориса Годунова на царство. Другое же местническое дело этого стремительно прорвавшегося в Боярскую думу человека рассматривал не кто иной, как боярин князь Василий Иванович Шуйский. Рассматривал, начиная с 1597 года, но все никак не мог рассмотреть. Из челобитной боярина князя Федора Андреевича Ноготкова «108 году» выяснилась причина медлительности князя Василия Шуйского. Дело стопорилось якобы из-за того, что боярин князь Василий Иванович пытался «норовить» в этом деле оппоненту князя Федора Ноготкова — Петру Никитичу Шереметеву (хотя в одном из споров Шереметевых между собой, напротив, Петр Никитич обвинял в связях с князьями Шуйскими своего дядю Федора Васильевича). Рассмотрение дела закончилось весной 1600 года полной победой князя Федора Ноготкова, его учинили шестью местами больше Петра Шереметева. Прямым образом это решение ударяло и по князю Василию Ивановичу Шуйскому. По царскому указу дело забрали от князя Шуйского и передали на расмотрение «всех бояр». А они приняли такое решение, которое подтвердило обвинения князя Федора Ноготкова в предвзятом местническом суде[145].

В «108-м году» угроза нависла над всеми братьями Шуйскими. Князя Михаила Петровича Катырева-Ростовского поставили выше в местническом отношении князя Дмитрия Ивановича Шуйского. Другой брат, князь Александр Иванович Шуйский, пострадал от местнического челобитья вездесущего князя Федора Ноготкова; его челобитная была признана законной, и делу был дан ход. В апреле 1600 года с братьями князем Василием и Дмитрием Ивановичем судился «в отечестве» князь Иван Большой Никитич Одоевский. Но самым опасным стало некое «дело доводное, что извещали при царе Борисе князь Ивановы люди Ивановича Шуйского Янка Иванов сын Марков да брат ево Полуехтко на князь Ивана Ивановича Шуйского в коренье и в ведовском деле, 108 году»[146]. Дела о колдовстве были сравнимы по опасности с обвинением в государственной измене, с той лишь разницей, что подлежали не одному светскому, а еще и церковному суду. Следствием холопского доноса стало то, что имя младшего из князей Шуйских пропадает из разрядных книг вплоть до конца царствования Бориса Годунова. Его даже лишили боярского чина, «понизив» до московского дворянина. Холопов и других людей, служивших у князей Александра Ивановича и Ивана Ивановича Шуйских, рассылали как «колодников» в ссылку в Сибирь в марте 1601 году. Для самих князей Шуйских это снова не прошло бесследно, князь Александр Иванович Шуйский умер в 1601 году. Клевреты же царя Бориса Годунова использовали гонения на опальный род как повод для того, чтобы выслужиться. Об одном из них — Михаиле Татищеве — дьяк Иван Тимофеев во «Временнике» сообщал, что тот, «всеродно бесчестя» князя Василия Ивановича Шуйского, доходил «до рукобиения»[147].