2000, январь — становится доверенным лицом кандидата в президенты РФ Ст. С. Говорухина и участвует в предвыборной кампании. Пишет по заказу Михаила Ульянова пьесу «Смотрины» в соавторстве с Говорухиным для Театра им. Евг. Вахтангова. Роман «Замыслил я побег…» отдельной книгой выходит в издательстве «Молодая гвардия». По повести «Небо падших» режиссер Константин Олегов снимает фильм «Игра на вылет». По мотивам пьесы «Халам-бунду, или Заложники любви» режиссер Леонид Эйдлин ставит восьмисерийный телефильм «Поцелуй на морозе», показанный в первые дни нового года.

2001 — пьеса «Смотрины» отклонена Ульяновым как слишком острая. «Смотрины» принимает к постановке МХАТ им. М. Горького под руководством Татьяны Дорониной. В издательстве «Молодая гвардия» выходит четырехтомное собрание сочинений.

29 апреля — приступает к работе в качестве тридцать третьего главного редактора «Литературной газеты».

Июнь — МХАТ им. М. Горького выпускает спектакль «Контрольный выстрел» (по пьесе «Смотрины»), поставленный Ст. Говорухиным. В журнале «Смена» опубликована повесть «Возвращение блудного мужа». Лауреат премии имени Александра Невского «России верные сыны». Приз зрительских симпатий на фестивале «Литература и кино» в Гатчине за фильм «Игра на вылет».

2002 — по заказу Театра сатиры пишет комедию «Хомо эректус, или Свинг по-русски». В газете «Труд» печатается с продолжением повесть «Подземный художник»; повесть выходит также в ноябрьском номере журнала «Нева». В Перми выходит поэтический сборник «Тихая непогода: Избранные стихи». Презентация перевода романа «Козленок в молоке» на сербский язык в Белграде.

2003, 14 сентября — в семье дочери Алины рождается сын Егор. Получает в Пекине премию за лучший переводной роман года «Замыслил я побег…». Снят восьмисерийный фильм «Козленок в молоке» (режиссеры — Кирилл Мозгалевский и Владимир Нахабцев). Лауреат премии правительства Москвы в области литературы. «Человек года» в номинации «Культура» по версии Русского биографического института. Начиная с 2003-го пьесы драматурга Полякова все чаще ставятся на сценах страны, а также в СНГ и дальнем зарубежье. В последующие годы автор старается бывать на каждой премьере — много ездит по стране и за рубеж.

2004 — по инициативе Полякова на логотип «ЛГ» возвращен профиль М. Горького. В издательстве «Роемэн» к пятидесятилетию автора выходит юбилейное собрание сочинений в пяти томах и сборник публицистики «Порнократия». Лауреат сербской премии имени Стефана Любиша за роман «Козленок в молоке». Выходят фильм «Парижская любовь Кости Гуманкова» (режиссер — Константин Олегов) и восьмисерийный фильм «Замыслил я побег…» (режиссер — Мурад Ибрагимбеков). МХАТ им. М. Горького ставит спектакль «Халам-бунду, или Заложники любви» (режиссер — Сергей Кутасов). В Центральном доме литераторов проходит большой юбилейный вечер. Канал «Культура» к пятидесятилетию писателя показывает передачу «Линия жизни». В журнале «Наш современник» выходит роман «Грибной царь».

8 декабря — в семье дочери Алины рождается дочь Люба.

2005 — в издательстве «Росмэн» выходят роман «Грибной царь» и первый сборник пьес «Хомо эректус». В Санкт-Петербурге за книгу «Плотские повести» вручается премия имени Гоголя. Премия Правительства РФ за творческие и профессиональные достижения в области культуры. После трехлетних проволочек в Театре сатиры с успехом проходит премьера комедии «Хомо эректус» (режиссер — А. Житинкин).

Апрель — в Институте мировой литературы проходит научная конференция, посвященная творчеству Полякова. Выходит монография доктора филологических наук Аллы Большаковой «Феноменология литературного письма. О прозе Юрия Полякова». Лауреат премии «Хрустальная роза Виктора Розова». Становится членом Совета по культуре при Президенте РФ.

2006 — орден «Знак Почета» вручает в Кремле Президент РФ В. В. Путин.

2007 — в издательстве «Росмэн» выходит сборник афоризмов «Карманный цитатник от Юрия Полякова». Александр Ширвиндт ставит в Театре сатиры пьесу «Женщины без границ». Презентация перевода на азербайджанский язык романа «Козленок в молоке» в Баку.

2008 — в издательстве «АСТ» выходит первая часть романа «Гипсовый трубач» («Гипсовый трубач, или Конец фильма»). Получает Большую золотую медаль Бунинской премии. Премьера пьесы «Одноклассники» в Театре Российской армии (режиссер — Борис Морозов). Презентация перевода «Козленка в молоке» на армянский язык в Ереване и романа «Замыслил я побег…» на болгарский язык в Софии.

2009 — в издательстве «АСТ» в персональной серии «Геометрия любви» выходит сборник пьес «Одноклассники». Премия Правительства РФ в области печатных средств массовой информации в связи с юбилеем «ЛГ». Презентация перевода романа «Козленок в молоке» на словацкий язык в Братиславе. Вооруженное нападение на дом писателя в Переделкине.

2010 — в издательстве «АСТ» выходят вторая часть романа «Гипсовый трубач» («Гипсовый трубач, или Дубль два») и сборник пьес «Женщины без границ» в персональной серии «Геометрия любви». Орден Дружбы.

2010, октябрь — 2012, июнь — ведущий программы «Контекст» на телеканале «Культура».

2011 — презентация перевода на венгерский язык романа «Козленок в молоке» в Будапеште. Съемки шестисерийного фильма «Грибной царь» (продюсер — Юрий Мацук, режиссер — Михаил Мамедов).

2012, февраль — становится доверенным лицом кандидата в Президенты РФ В. В. Путина. В издательстве «АСТ» выходит третья часть романа «Гипсовый трубач» («Конец фильма, или Гипсовый трубач»). Там же выходит сборник «Убегающий от любви».

2013 — в издательстве «АСТ» выходит книга «Бахрома жизни: Афоризмы, мысли, извлечения для раздумий и для развлечения». Лауреат международной литературной премии Дружбы народов «Белые журавли России». Снят фильм «Апофегей» (режиссер — Станислав Митин). Целиком под одной обложкой выходит роман «Гипсовый трубач». Лауреат премии Межпарламентской ассамблеи СНГ имени Чингиза Айтматова. Премия имени Салтыкова-Щедрина за роман «Гипсовый трубач». Присвоено звание почетного профессора МГОУ (МОПИ). Заканчивает пьесу «Как боги», которую принимают к постановке несколько театров, в том числе МХАТ им. М. Горького. Продюсер Артем Щеголев и режиссер Валентин Донсков снимают фильм «Небо падших».

2014 — в издательстве «АСТ» выходят сборник публицистики «Лезгинка на Лобном месте» и первый том собрания сочинений в десяти томах. «Грибной царь» на венгерском языке. Получает в Будапеште государственную литературную премию Венгрии. С труппой МХАТа им. М. Горького представляет спектакль «Грибной царь» в Китае. Осень — полемика с Н. Д. Солженицыной и «Российской газетой». Канал «Культура» к шестидесятилетию Юрия Полякова демонстрирует четырехсерийный документальный фильм. В атриуме Музея А. С. Пушкина на Пречистенке и во МХАТе им. М. Горького проходят торжественные мероприятия, посвященные юбилею писателя. В МГОУ проходит научная конференция по творчеству Ю. М. Полякова. Выходит юбилейный сборник о нем «Моя Вселенная — Москва».

29 декабря — в Театре им. Рубена Симонова играют 536-й, последний спектакль «Козленок в молоке» в связи с ликвидацией театра. Становится членом Общественной палаты РФ.