Хотя реорганизация 1941 года и в самом деле повысила общую эффективность системы ПВО и облегчила управление ею, проблемы с управлением, постоянная нехватка техники и оборудования, а также серьезные сложности с подготовкой личного состава продолжали оставаться проблемой ПВО страны и связанных с ней войск ВНОС накануне войны и особенно после начала войны.

Эти проблемы стали очевидными сразу же после вторжения немцев. Прежде всего, поскольку зоны ПВО подчинялись командующим фронтами, было невозможно маневрировать войсками ПВО для обеспечения необходимой противовоздушной обороны районов, подвергающихся наибольшей угрозе. И что еще хуже — воздушные силы ПВО и их самолеты подчинялись как командующим фронтами, так и командующим зонами ПВО. Эта двойственность управления еще больше усложнялась начатой Сталиным ненужной перетряской командной структуры ПВО страны, когда он распорядился арестовать ее командующего, генерала Штерна, заменив его Вороновым, а затем менее чем через месяц заменив и Воронова{138}. Из-за этих и других проблем и практического крушения системы противовоздушной обороны на западе Советского Союза ГКО на протяжении всей немецкой операции «Барбаросса» сосредотачивал войска и вооружения ПВО страны для защиты наиболее важных районов, включая Ленинград, Москву, промышленные районы Ярославля и Горького, Донбасс и ключевые мосты через Волгу{139}.

9 ноября 1941 года ГКО наконец-то разрешил наиболее серьезные проблемы ПВО страны, издав постановление о реорганизации всей системы противовоздушной обороны. Этим постановлением учреждался пост командующего войсками ПВО страны. Им стал генерал-майор М. С. Громадин, одновременно получивший ранг заместителя наркома обороны, в его распоряжение был предоставлен военный совет, укомплектованный штаб и новое Управление командующего войсками ПВО страны или УКВПВО страны[68], включавшее в себя подчиненные отдельные управления истребительной авиацией ПВО и зенитно-артиллерийскими войсками. Но самое важное — этот указ также подчинял Громадину все войска ПВО в военных округах и действующих фронтах (за исключением действующих в Ленинградской области){140}.

В организационном плане этот указ расформировывал зоны ПВО в европейской части СССР, заменив их корпусными районами ПВО в Москве и Ленинграде и 13 дивизионными районами ПВО, разбросанными по всей стране, но сохранял зоны ПВО в Закавказье, Средней Азии, Сибири и на Дальнем Востоке{141}. Вскоре после этого, 24 ноября 1941 года, ГКО повысил оперативную действенность ПВО страны, разделив войска противовоздушной обороны — главным образом зенитные — на две части: ПВО страны, отвечавшее за противовоздушную оборону страны, и войска ПВО, отвечающие за противовоздушную оборону в полевых войсках Красной Армии.

В 1942 году ГКО и НКО продолжали совершенствовать и усиливать организацию ПВО страны, подчинив 22 января командующему ПВО страны все корпуса, дивизии и полки истребительной авиации, активно занятые защитой ключевых объектов по всей стране{142}. Вдобавок к централизации и улучшению управления ПВО страны эта мера также стимулировала лучшее взаимодействие между различными оборонительными системами ПВО. Вскоре после этого НКО придал корпусам, дивизиям и отдельным полкам истребительной авиации, входящим в ПВО страны, 56 батальонов аэродромного обслуживания. В результате к 1 апреля 1942 года зенитные войска ПВО страны состояли из двух корпусов ПВО, двух дивизий ПВО и двух бригад ПВО, а также одного корпусного района ПВО, 15 дивизионных районов и 14 бригадных районов. В то же самое время воздушные силы ПВО страны состояли из трех корпусов истребительной авиации, 13 дивизий истребительной авиации и девяти отдельных полков истребительной авиации ПВО{143}. Наконец, 5 апреля 1942 года ГКО увеличил численность соединений ПВО страны, преобразовав Московский корпусной район ПВО в Московский фронт ПВО, Ленинградский и Бакинский корпусные районы — в армии ПВО, а несколько других дивизионных районов ПВО — в полные корпусные районы ПВО{144}.

В 1942 года ГКО также начал заменять солдат-мужчин военнослужащими-женщинами — с целью создания резерва, необходимого для укомплектования боевых соединений на фронте. Например, 25 марта 1942 года постановление ГКО обязывало НКО мобилизовать к 10 апреля 1942 года 100 000 военнослужащих-женщин, «девушек-комсомолок», для службы в рядах ПВО страны{145}. В это число входило и 45 000 женщин, направленных служить в зенитно-артиллерийские войска в качестве наблюдателей за воздухом, радисток, телефонисток, дальномерщиц и прибористок, 3000 направленных в зенитно-пулеметные войска в качестве наблюдательниц, пулеметчиц и связисток, 7000 направленных в зенитно-прожекторные части связистками и прожектористками, 5000 направленных в части аэростатов воздушного заграждения в качестве связисток и обслуги аэростатов и 40 000 направленных служить во ВНОС наблюдателями и телефонистками.

Хотя эта проведенная в 1941 году и в начале 1942 года всеобъемлющая реорганизация управления и организационной структуры ПВО страны централизовала ресурсы и улучшила противовоздушную оборону в действующих фронтах и в тылу, рост и быстрое количественное увеличение войск ПВО усложнили управление ими. Особенно это коснулось защиты жизненноважных промышленных и административных объектов. В результате 31 мая 1942 года НКО расформировал Управление ПВО страны, передав все его управления и отделы Громадину, командующему ПВО страны, обеспечив его двумя заместителями, первый из которых отвечал за подготовку личного состава и центры этой подготовки, а второй — за вооружение и материально-техническое обеспечение{146}.

Всего через два дня, 2 июня 1942 года, НКО поставил все войска ПВО и ВНОС в действующих фронтах и армиях под начало командующего артиллерией Красной Армии Воронова и его артиллерийского управления (ГАУ). С этого момента в ГАУ входил собственный отдел ПВО, который в ноябре 1942 года был преобразован в полнокровное управление{147}. Воронов учредил в войсках ПВО новый штаб — Центральный штаб истребительной авиации, а также Центральный пост ВНОС, главную инспекцию и подчиненное ГАУ управление боевой подготовки. По сути дела эта июньская реформа создала в рядах Красной Армии два отдельных и четко отличающихся друг от друга рода войск противовоздушной обороны — ПВО войск[69]и ПВО страны. И наконец НКО также обязал Громадина обеспечить командным составом все части войск ПВО{148}. Еще позже, в октябре 1942 года, НКО предписал ПВО страны и состоящим при НКВД местным службам ПВО (МПВО) более тесно взаимодействовать при осуществлении противовоздушной обороны{149}.