Окончательно Хакодате потерял свою притягательность как место стоянки военно-морского флота в середине 60-х гг. XIX века. По представлению корабельного врача корвета «Аскольд» Садокова в 1866 г. госпиталь в Хакодате закрылся, и всех русских пациентов перевели в Нагасаки. Соответственно сократилось и число случаев смерти русских в Хакодате.

В апреле 1868 г. произошло важное событие, к которому так стремился отец Николай: состоялось первое обращение в православную веру: крещение бывшего синтоистского жреца Такумы Савабэ, в дальнейшем посвященного в сан священника. О нем отец Николай писал: «Он был дворянин и весьма славился в искусстве фехтования. Вследствие этого наш консул приглашал по временам его к себе для обучения в этом искусстве русских. Здесь-то я впервые увидел о. Павла и затем продолжал встречаться с ним довольно часто. Но при каждой такой встрече меня постоянно поражало какое-то сердитое, почти озлобленное выражение его лица. Раз как-то зашел в мою комнату и с таким же точно выражением, исполненным негодования, начал злословить христианскую веру. Я тогда спросил его, знает ли он ту веру, которую так поносит. Ответ был отрицательный. Тогда я заметил, что было бы более справедливо предварительно познакомиться с учением этой веры и тогда уже произносить такой или иной приговор, и тут же предложил выслушать изложение этого учения. Мое предложение было принято охотно. И что же? Какова была моя радость, когда я стал замечать, что мой слушатель с напряженным вниманием стал прислушиваться к изложению нового неведомого ему учения, и его дотоле горделивая мысль стала смиренно склоняться пред его поражающей истиной! Видно, сам Бог направил его мысли на истинный путь. Это был первый и самый главный шаг по пути обращения о. Павла в христианскую веру; остальное получилось само собою».

Вторым христианином в Хакодате стал Сакаи Иоанн, местный врач и близкий друг Савабэ, который сначала сам старался склонить его к православию. Но, по словам русского священника, Сакаи был силен в диалектике, и переубедить его было трудно. Тогда Савабэ стал чаще приглашать друга к отцу Николаю, и они вдвоем убеждали его перейти в православие. Наконец и Сакаи был крещен и тоже стал священником. Третьим христианином был Уран Яков, также бывший врач, следом за ним в Хакодате крестился Иоанн Оно и некоторые другие.

В 1868 г. Япония повернулась на путь реформ и сближения с европейскими странами. В ходе начавшейся гражданской войны в Хакодате прибыли восставшие князья Кувана, Итакура, Огасавара и Такенака под командованием Инамото. Командиры устроили пирушку у отца Павла Савабе, который тогда еще был синтоистским жрецом. Позвали и отца Николая, который вспоминал: «Князь Кувана так печально играл тогда на свирели. А Такенака собирался со мной в Россию — бежать от грозы, совсем уже налегшей на них, и только недостаток средств остановил его».

У отца Николая появилась робкая надежда расширить православную деятельность, но запрет на распространение христианства оставался в силе еще в течение нескольких лет, и новообращенные японцы-христиане подвергались преследованиям. Так, за отступничество от своей веры пострадал Павел Савабэ: местные власти сажали его в тюрьму, сожгли его дом. Отец Иоанн Сакаи (Кавамата) бежал в 1868 г. из Хакодате в родной город Каннари, где начал проповедовать христианство. Сохранив до конца приверженность к православию, он скончался 14 марта 1881 г. в г. Мориока. После смерти Сакаи архиепископ Николай стал обладателем его записей, которые планировал издать в сборнике. Вынужден был уехать около 1872 г. из Хакодате в Саннохе отец Спиридон Оосима. В это же время в Хакодате арестовали Павла Цуду. Отец Матфей Кангета был выслан властями в 1872 г. из Хакодате и сразу же начал проповедовать в Яманоме.

Однако ручеек признания православия постепенно набирал силу. Этому способствовало то, что часть населения стала разочаровываться во власти сёгуна. Отец Николай писал: «Тотчас же по прибытии в Хакодате, он (японец. — А. Х.) явился ко мне, в форме полкового адъютанта, и первые его слова были: «До двадцати пяти человек из наших офицеров желают учиться вере; я передал им все, что мог». Молодой японец, среди тревог военной жизни, хранит в памяти немногие полученные им уроки о новой вере, и у бивачного огня, забыв труд и опасности только что минувшего боя, говорит своим товарищам о неведомом им Боге, о тайне искупления и спасения!.. И эти слова его не падали на бесплодную почву; у меня были двенадцать из этих офицеров, т. е. все те, которые имели случай быть в Хакодате: каждый из них горит желанием продолжить начатые уроки, а некоторые изъявили полную готовность посвятить себя делу распространения веры».

Отец Николай не считал самоцелью обращение японцев в православие. Для него победой было даже знакомство их с ценностями православной веры. В итоге это помогало ему в миссионерской деятельности. В 1871 г. в Хакодате он познакомился с видным японским деятелем графом Соесимой, который заявлял о своей преданности императору душой и телом. Отец Николай резко парировал это утверждение, чем заинтересовал японца. В благодарность за беседу граф подарил монаху кусок шелка.

В ответ священник сказал, что сошьет себе платье, когда вельможа примет православие. Хотя Соесима и заинтересовался православным учением, даже поверил в бессмертие души, веры он так и не сменил. Тем не менее благодаря его влиянию были отпущены из тюрем православные из Хакодате, Сендая и Мидзусива, а секретным распоряжением граф запретил преследовать христиан. Позднее он помог владыке приобрести в Эдо участок на Суругадае, где воздвигли главный храм Японии.

Епископ Камчатский, Курильский и Алеутский Иннокентий, давний покровитель молодого священника, посоветовал отцу Николаю ехать в Петербург и добиваться открытия в Японии Русской духовной миссии. Это дало бы экономическую и административную независимость православному приходу и миссионерской деятельности самого Николая. Консульский священник соглашался, но повседневные заботы и обязанности не позволяли ему надолго оставить приход. В конце концов мысль об огромном значении, которое будет иметь открытие миссии, заставила его собраться в дальний путь.

В России Николай приложил немало усилий, доказывая Святейшему Синоду необходимость учреждения миссии, и тот выдал соответствующее разрешение. В 1870 г. император Александр II утвердил создание миссии в составе Камчатского епископата. В 1871 г. отец Николай вернулся в Японию уже главой Русской духовной миссии в сане архимандрита. Он привез в Хакодате литографическую машину, на которой с помощью студентов катехизической школы стал печатать свои лекции, молитвенники и иные материалы. Так началось издание первой христианской литературы в Японии. Иконы, также произведенные литографическим способом, можно по сей день видеть над царскими вратами в храмах Кусиро, Такасаки и Янайбара. Поскольку в отсутствие Николая необходимо было пользоваться этими материалами для богословских изучений, его ученики Такума Савабэ, Токурей Сакай и Даизо Урано стали самостоятельно изучать церковнославянский язык.

Усилия отца Николая увенчались успехом. Зимой 1872 г., когда в Хакодате насчитывалось около пятидесяти крещеных японцев, а православие распространилось до северо-восточного Сендая, который стал его центром, к священнику на помощь прибыл 34-летний иеромонах Анатолий (Александр Дмитриевич Тихай), выпускник Киевской духовной академии. Через год хакодатскую церковь посещали около двухсот прихожан. По мнению священнослужителей, большую роль в привлечении японцев играло благолепие церкви. Ее заново отремонтировали и покрасили. Особенно эффектно выглядели белые стены, которые покрыли краской по способу, изобретенному первым консулом, — накладывание белил с последующей полировкой ватой. На стенах церкви, украшенных золочеными рейками, висели иконы кисти иконописца Карзалина, присланные Гошкевичем из Петербурга. Отец Николай выписал из Шанхая стекла, чтобы защитить иконы от пыли, влаги и прикосновения людей.