Стержнем всей русской жизни в Японии, основой культурного общения была православная церковь. В трудные минуты русские искали поддержку в вере, а православные праздники служили поводом собраться всем вместе. Первый приход при Российском консульстве открыл иеромонах Филарет. Он освятил его 13 ноября 1860 г., совершив в тот же день первую литургию. Но консул Гошкевич мечтал о большем и вскоре занялся сооружением первой в Хакодате и вообще в Японии православной церкви. Сначала ее здание построили на отдельной территории, потом перенесли и заново возвели рядом со зданием консульства. Церковь назвали храмом Воскресения Господня. Женщины навели порядок и украсили ее, чем могли. Нашлись и художники, которые нарисовали несколько икон. Один из очевидцев, Н. Казнаков, писал: «Нам, только недавно видевшим Паппенберг, с которого бросали католических монахов в море, удалось присутствовать при освящении христианского храма, поставленного во имя Воскресенья, а на другой день видеть в храме португальца (матроса с китобойного судна), молящегося между нами. Странная случайность».

Священник консульской церкви иеромонах Филарет не задержался в Хакодате надолго: служба в Хакодате ему не понравилась. Он упросил Гошкевича отпустить его, и вскоре был назначен на корвет «Гридень». Осенью 1861 г. отец Филарет прибыл во Владивосток, где занялся строительством первой церкви, жертвуя все имеющееся у него средства на богоугодные дела. Его отъезд из Хакодате заставил И. В. Махова, члена церковного причта, взять на себя обязанности духовного наставника русских. Отсюда в дальнейшем возникла некоторая путаница: русские и японские историки возвели его в сан священника, видимо, перепутав с Василием Маховым, священником погибшего фрегата «Диана».

Следующим русским священником в Хакодате стал иеромонах Николай (в миру Иван Дмитриевич Касаткин), впоследствии начальник Русской духовной миссии в Японии. Именно ему Иван Махов передал хранившийся у него золотой наперсный крест, некогда приобретенный Азиатским департаментом МИД. А началось все примерно за год до этого, когда он случайно задержал взгляд на строках: «Не пожелает ли кто отправиться в Японию на должность настоятеля посольской церкви в Хакодате и приступить к проповеди православия в указанной стране?» «В этот же день за всенощной я уже принадлежал Японии», — записал в дневнике будущий равноапостольный Николай Японский.

Он родился 1 августа 1836 г. в семье дьякона села Береза Вельского района Смоленской губернии, и при рождении его назвали Иоанном. Вначале мальчик учился в Вельском духовном училище, а затем в Смоленской семинарии, которую окончил в 1856 г. и был отправлен за казенный счет в Санкт-Петербургскую духовную академию. В июне 1860 г. Иван Дмитриевич Касаткин принял монашеский постриг с наречением именем Николай в честь святителя и чудотворца, покровителя путешествующих на море, и был рукоположен в иеромонахи. 1 августа он отправился через Сибирь в Японию, чтобы занять должность настоятеля консульской церкви в Хакодате, но на последний пароход летней навигации опоздал и остался зимовать в Николаевске-на-Амуре. В Хакодате иеромонах Николай прибыл на судне «Амур» только 2 июля 1861 г. Консул Гошкевич предупредил его, что в Японии не только остается в силе закон о запрещении христианства, но и вообще не любят иностранцев. Он предложил молодому священнику не торопиться с проповедями, а начать с изучения японского языка, истории и культуры страны.

Настоятеля консульской церкви интересовало все, связанное с Японией: события, погода, экономика, история, демография. Он наблюдал жизнь японцев, стремился общаться с ними, ходил по городу, посещал храмы, наблюдал за службами, беседовал с бонзами. Особенно увлекся отец Николай изучением религий, распространенных у японцев, — буддизма, синтоизма и конфуцианства. Он обратил внимание на то, что простые японцы были более образованы, чем россияне. Его, в частности, поразили «ходячие библиотеки»: за небольшую плату японцы разносили книги жителям Хакодате и окрестных сел.

Японскому языку священник учился у местных жителей, Судзуки Рикуци (Рикухей) и горбуна Кимуры Риокичи родом из Оодате. Обучение поначалу давалось с трудом, и в своих записках отец Николай признавался, что часто призывал на помощь все свое терпение, но через восемь лет неустанных занятий ему удалось добиться замечательной эрудиции даже по японским меркам. Он выучил и английский язык, который в Японии считался общепринятым для общения с иностранцами. По мере освоения иероглифики отец Николай стал читать книги по литературе и искусству, буддийские и конфуцианские религиозно-нравственные сочинения, имевшиеся в консульской библиотеке. Обсуждая конфуцианские идеи с японскими священниками, он давал им собственное толкование, которое весьма заинтересовало японцев.

Гошкевич писал: «Иеромонах Николай — один из деятельнейших членов нашего консульства. В короткое время он изучил японский язык до такой степени, что свободно объясняется, не нуждаясь, подобно другим, в пособии переводчика. Это обстоятельство в связи с его уживчивым характером чрезвычайно сблизило его с японцами и доставило ему многих друзей».

Священник заинтересованно искал в Хакодате следы Головнина. Один из его учителей японскому языку мальчиком видел пленных русских моряков и рассказал об этом священнику. Много позднее, в 1897 г., отец Николай встретится с лейтенантом Головниным, внуком В. М. Головнина, пришедшим в Иокогаму на броненосце «Рюрик», и расскажет ему о некоторых неизвестных подробностях посещения Японии той давней миссией.

Русская консульская церковь в Хакодате находилась в ведении епископа Камчатского, Курильского и Алеутского, начальника эскадры Тихого океана и Российского императорского консульства. Даже жалованье консульский священник получал от двух ведомств. Но все эти деньги отец Николай отдавал приходу: «Долги начинают просто душить меня! Пью чай без сахару, курю японский табак, а все еще должен и по сие время ровно 1400 бу». Жилище отца Николая тоже было незавидным. Одну из комнат своего дома он приспособил под класс, вторая служила рабочим кабинетом, а заодно и служебным помещением, а третья, похожая на конурку, — спальней. Дверь заменяла широкая доска, которую прикрывал бумажный щит. От холода это не спасало. Если только не топился камин, в доме было холодно, как на дворе. Всю зиму священник, страдавший от ревматизма, был вынужден спать не раздеваясь, под двумя шерстяными одеялами. «И так-то придется жить еще года два, если не больше, — писал он. — В Питере вовсе не чувствуют неудобств нашей жизни. Конечно, им, нашим отцам, лучше про то знать, нужна ли нам представительность, или нужно нас на позор свету закупоривать, как сельдей в бочке, и в бочке-то чужой, — и изнурять простудами».

Бытовые неудобства, тем не менее не могли помещать отцу Николаю выполнять свою миссию. Он не только обслуживал консульских православных, но и начал понемногу проповедовать православную веру среди японцев, стараясь найти единомышленников, открыл при приходе русскую школу для японских детей. Он считал, что через русский язык и русскую культуру он сможет ближе познакомить японцев с Россией и привлечь в церковь японских прихожан. У него появились конкуренты: два католических миссионера, которые, по слухам, собирались построить большую церковь — такую, чтоб могла вместить всех жителей Хакодате. «Ревностно подвизаются, — писал православный священник, — пока в подбирании учеников: французский язык, пожалуй, привлечет в их школу побольше людей, чем русский в мою. Посмотрим, как они станут обращать этих учеников! Увидим, много ли привлекут вообще из жителей Хакодате. Уж мой Симмей и сам японец, а при всех стараниях не может найти людей в Хакодате. Мы с ним покраснеем до ушей, если патеры будут успешнее нас».