В первые годы жизни в Японии положение отца Николая было весьма сложным. Поначалу его принимали за европейского шпиона и спускали на него собак, а встречные самураи грозили иеромонаху клинками. Особенно это проявилось и во время Цусимского инцидента. Сам священник в дневнике описал, как много лет позднее историк Иидзима Хандзюро приехал к нему в Токио «отобрать у меня сведения касательно Цусимского дела в 1861 году. Начал странным приветствием:

— Вы тогда уладили это дело, так имеете подробные сведения о нем, и так далее.

И не первый раз я слышал эту нелепость. Источник ее не местный: значит, меня представляют не учителем веры, а политическим агентом, посланцем «главы Церкви» Императора, имеющим власть вершить такие дела, как нападение русского военного судна на Цусиму, но зато лишенным всякого права на уважение добрых людей, — политическим развратителем Японии, готовящим ее к завоеванию русскими».

Отец Николай всегда ждал захода в порт русских моряков, чтобы с помощью пожертвований пополнить церковную казну. Особые надежды он возлагал на корвет «Варяг», на борту которого находился командующий отрядом кораблей контр-адмирал И. А. Ендогуров. «Я не замедлил побывать с визитом у адмирала, — писал священник, — и благопочтеннейше представить ему «тетрадь для пожертвований»; но увы! Мои надежды далеко не сбылись: с обоих судов, где команды больше 660 чел. и тьма офицеров, собрано всего 329 рублей, да и то со скандалом. Адмирал, рассматривая «тетрадь для пожертвований», нашел там записанные еще Маховым расходы в 40 бу; «Как же так? — сказал он своей свите. — Столько денег собрано с судов, а в расходе всего 40 бу; должно быть, священник крадет, нужно назначить комиссию для пожертвований церкви». Заговорили на обоих судах о комиссии; доброжелатели предупредили меня, советуя привести в исправность документы; потом и сам Адмирал, бывая у Цивилькова, выразил сильное подозрение насчет того, что я ворую у церкви. Не выдержал я, написал Адмиралу письмо, в котором благодарил его за пожертвования, дал ему заметить, что он не имел права назначать ревизии не по своей части, объяснил, что на 1075 руб. 66 коп. (столько пожертвовано всеми моряками с прежних судов) построить церковь, в которой одни колокола стоят 1250 рублей, да еще красть из этой суммы — нет физической возможности; в заключение бесцеремонно посоветовал ему прежде узнавать о людях и потом уже судить их. Могу, впрочем, похвастать, что последнее, по сдержанности тона, сделало бы честь 70-летнему старцу [нерзб]. Адмирал удостоил меня письмом, за безграмотность которого, если бы он был в 3-м классе училища, его поставили бы на колена, а за безнравственность которого, если бы он был в школе, его непременно высекли бы; он отказался от всего, свалив всё на сплетника, под которым, должно быть, разумел Цивилькова, как будто бы слухов о комиссии и не существовало; в заключение письма, в параллель к моему совету, и он советует мне «быть осторожней»; т. е. пригрозил камнем из-за пазухи — своим Адмиральством, — смешно!»

Нелестное впечатление оставляли порой у священника и другие офицеры. Как-то раз Н. А. Бирилев с офицерами «Посадника» устроили на вулкане Комагатаке пикник, на который пригласили и отца Николая. Моряки не предупредили его о характере вечеринки, и священник был весьма озадачен, когда поздно вечером в гостинице перед ними стали танцевать гейши, а вечеринка стала превращаться во фривольную встречу. Увидев это, отец Николай покинул общество, несмотря на ночное время. Возможно, именно тогда, возвращаясь по темноте в Хакодате, он упал с лошадью с обрыва и повредил левую ногу. Он так и не смог вылечить ее полностью, и боль в ноге мучила его многие годы.

2 июня 1866 г. в Хакодате из Нагасаки пришел корвет «Аскольд». Моряки надеялись запастись продовольствием, но возникли проблемы. Мясо можно было получить с большим трудом и то при помощи губернатора. Хлеб был очень дорогим, так как монополию держал один булочник. Вообще все продукты здесь значительно подорожали и стоили гораздо больше, чем в Нагасаки. Командир «Аскольда» отмечал в своем рапорте, что «здоровье команды весьма хорошо». Тем не менее 5 июня 1866 г. умер матрос Матис Векман, и отец Николай совершил обряд отпевания.

Священник пользовался большим уважением в Хакодате. Его приглашали отпевать не только православных, но и протестантов и католиков. Так, жена португальского консула-католика попросила приобщить к Святым Тайнам умиравшего мужа.

Трудно сказать, кого из русских первым похоронили на японской земле. Уже через год после того, как Хакодате был открыт для торговли с Россией, здесь появились первые русские могилы. В здешний русский госпиталь моряки попадали, как правило, уже основательно больные, и лечение не всегда заканчивалось успешно. До сего дня сохранилось надгробие 35-летнего квартирмейстера фрегата «Аскольд» Георгия Поулькевича, умершего 26 июня 1859 г. Через несколько месяцев на его могиле появилась надгробная плита. 1 ноября 1859 г. скончался 26-летний матрос 28-го флотского экипажа Петр Евсеев, служивший на корвете «Джигит». Первая могила 1860 г. принадлежит 30-летнему Стефану Гиришеву, который скончался 25 января 1860 г. Он был матросом 28-го флотского экипажа и служил на транспорте «Японец».

В 1861 г. на русском кладбище появились новые могилы, в том числе 27-летнего Андрея Васильева. Он служил на клипере «Гайдамак» парусником рабочей команды и скончался 28 сентября 1861 г. Следующий год принес русскому флоту у берегов Японии много потерь: матрос шхуны «Первая» Давыд Ювонин (28 июня), фельдшер корвета «Абрек» Прокопий Шнепай (30 июня), кочегар корвета «Калевала» Афтоном Шамнев (16 августа), матрос корвета «Рында» Григорий Махов (8 октября), рулевой транспорта «Манджур» Прокопий Филинов (19 ноября).

Больше всех на русском кладбище в Хакодате оставил своих моряков корвет «Посадник». В 1861 г. здесь нашли последний приют Никита Кузмин (15 октября) и Василий Мясников (16 октября), в 1862 г. — Федор Степанов (17 февраля), Евтропий Гвоздев (9 марта), утонувшие гардемарин Андрей Попов и матрос Степан Гомзиков (18 марта), Иван Кузнецов (27 августа). Впору было назвать русский погост в Хакодате «Посадским», по аналогии с тем, как это сделали в Нагасаки. Там первым названием русского кладбища было «Аскольдова могила» — по имени корвета «Аскольд».

1863 г. принес новые жертвы: 20 июля утонул Людвиг Шачковский, 6 августа умер конопатчик корвета «Рында», чье имя остается неизвестным, 16 августа — матрос «Новика» Казимир Непогода, 27 августа — матрос шхуны «Первая» Филипп Пагудин. 8 ноября 1864 г. застрелился мичман Амурского флотского экипажа Петр Строгов, служивший на канонерской лодке «Морж».

В 1865 г. в хакодатском госпитале находились на лечении около 50 больных. В основном моряки страдали от хронических болезней и сифилиса. Венерические заболевания не щадили никого, ни матросов, ни офицеров. На лечение в 1865 г. был вынужден остаться гардемарин Ф. В. Дубасов, будущий адмирал. В то время он служил на канонерской лодке «Морж» и где-то, то ли в Нагасаки, то ли в Хакодате, подхватил сифилис.