Английская католическая традиция обвиняла иезуита Роберта Парсонса в том, что английская провинция Общества Иисуса не стала многочисленной из-за его политиканства и двуличности. В свою очередь, Парсонс обвинял англичан в прагматизме, недостатке религиозности, и утверждал, что он бескорыстно помогал миссии белого духовенства, руководимой Алленом. В Англии долго не было своей иезуитской провинции, а провинциалы других областей распыляли силы англичан, отправляя их служить даже в Бразилию, Индию, Литву. Английские эмигрантские католические семинарии существовали в Дуэ (Реймсе), Риме, Вальядолиде, Мадриде, Сан-Лукаре в Испании. Действовала также школа, готовившая к поступлению в семинарию в О (Eu) в Нормандии, а затем в Сент-Омере во Фландрии.

Среди источников по истории деятельности английского католического сообщества мемуары иезуитов были проникнуты показным оптимизмом, но, как выявили историки, в частных разговорах руководители миссии нередко бывали далеки от оптимизма в оценке перспектив существования католицизма в Англии.

В английском католическом сообществе происходили внутренние конфликты. В 1594–1598 гг. из-за волнений в английском колледже в Риме ряд учащихся ушли в бенедиктинские монастыри Италии и Испании. В 1594 г. в связи с тем, что иезуит Уильям Уэстон попытался ввести свод дисциплинарных норм для всех католиков из чёрного и белого духовенства, начался конфликт в тюрьме Уисбеч, в результате чего в 1598–1606 гг. в среде английских католиков развернулось дело апеллянтов — оппонентов иезуитов. Возник спор о том, могут ли английские католики, в том числе и католики из числа светских лиц, находиться фактически под властью иезуитов, поскольку в Англии было невозможно поддерживать обычную систему католической церковной дисциплины. Многие католики из числа джентри к концу XVI в. стали сопротивляться контролю со стороны священников, и считали порой священников чуть ли не своими наёмными служащими, так как содержали их.

Иезуиты сознательно отвергали аскетическую традицию средневекового монашества в пользу умеренности и больше, чем представители белого духовенства, стали критиковать религиозную практику дореформационной католической церкви. В начале спора с апеллянтами в тюрьме Уисбеч иезуиты возражали тому, чтобы устраивать танцы в костюмах героев легенды о Робине Гуде накануне Рождества. Но, несмотря на критику со стороны священников-миссионеров, приверженность к соблюдению постов и традиционных религиозных праздников прочно держалась в среде английских католиков вплоть до гражданской войны.

К 1598 г. группа священников-апеллянтов, которые были противниками иезуитов, составила воззвание к папе с тем, чтобы он назначил английского епископа. Лидерами апеллянтов были Джон Маш и Джон Коллтон. Была составлена делегация в Рим, в которую власти разрешили включить несколько заключённых в тюрьмах католиков. Благодаря тому влиянию, которое имел в Риме Парсонс, эту делегацию выслали во Францию, а для управления английской миссией папой был назначен Верховный священник (Archpriest), который должен был жить в Англии и управлять делами миссии с помощью двенадцати особых должностных лиц — старших священников. Верховным священником, который должен был действовать в согласии с иезуитами, был назначен Джордж Блэкуэлл.

Дж. Эйвлинг позитивно оценивает разрешение этого вопроса Римом. Аппелянты же считали Верховного священника орудием иезуитов, и добивались того, чтобы он в своих действиях чрезмерно не консультировался с иезуитами, так что к 1603 г. авторитет и власть Верховного священника были минимальными. Конфликт между частью белого духовенства — апеллянтами, и иезуитами в конце XVI в., как считает Дж. Скарисбрик, частично был столкновением личностей: двумя протагонистами были иезуит Роберт Парсонс и священник Кристофер Бэгшоу, которые оба ранее были членами совета колледжа Баллиоль в Оксфорде. В некотором смысле это был также ещё один эпизод «в вечном соперничестве монашества и белого духовенства».

Иронией истории, как считает Дж. Скарисбрик, было то, что контрреформационное католическое духовенство в образе жизни ближе всего подошло к тому идеалу Реформации, к которому стремились наиболее активные протестанты. Для этих представителей белого духовенства было непонятно, зачем в Англии нужны ещё и иезуиты. Белое духовенство и иезуиты стали противостоять друг другу даже без идеологических причин, а когда появились также и причины, то их взаимоотношения ещё более обострились. Основной спор шёл между находившимися в эмиграции кардиналом Алленом, Парсонсом и их сторонниками из числа иезуитов, белого духовенства и светских лиц, и, с другой стороны, белым духовенством и светскими лицами в английском католическом сообществе: английские католики, которые должны были жить и выживать в Англии, были против обращения эмигрантов и иезуитов за поддержкой к Испании, Габсбургам, против заговоров и интервенции в Англию, надеясь на определённую степень терпимости властей по отношению к ним. Политические позиции апеллянтов сводились в основном к сочетанию' отвержения вдохновляемых иезуитами экстремистских планов по выдвижению на английский престол после Елизаветы испанской инфанты, ненависти к власти Верховного священника, которого стремились контролировать иезуиты, и убеждения в том, что возможно частичное разделение между религиозными и политическими вопросами в жизни католического сообщества в Англии. Но большинство протестантских полемистов-современников думали, что этот спор в католической среде — тактическая уловка католиков, с тем, чтобы добиться терпимости у властей хотя бы по отношению к одной группе католиков. М. Квестьер находит свидетельства того, что апеллянты были готовы на уступки протестантскому политическому режиму и восприимчивы к протестантизму.

П. Холмс считает, что между апеллянтами и сторонниками режима управления миссией во главе с Верховным священником, поддерживаемого иезуитами, всё же не было глубоких идеологических расхождений, несмотря на их противостояние, приобретавшее политические аспекты, поскольку участники спора о Верховном священнике с обеих сторон признавали право папы принимать в нём решения. По его мнению, на появление апеллянтов повлияли изменившиеся с начала 1590-х гг. обстоятельства религиозной ситуации во Франции, когда французские католики были вынуждены подчиниться бывшему протестанту Генриху Наваррскому, ставшему французским королем Генрихом IV, охлаждение Испании в планах по реставрации католицизма в Англии. Апеллянты, считает П. Холмс, восприняли новые идеи французских католиков: признание божественного права монарха на власть, непротивление светским властям, анти-иезуитизм, оппозиционность по отношению к папству, и даже, в определённой степени, носившее характер политического маневра согласие на мир с еретиками. Главным врагом апеллянтов был Роберт Парсонс, которого они винили в том, что в 1584–1596 гг. английские католики перешли на позицию политического сопротивления властям в Англии. Апеллянтам разрешили выпускать в Лондоне свою печатную продукцию, в том числе на средства королевы Елизаветы, а их лидеры были выпущены из тюрьмы.

На стремление апеллянтов к веротерпимости повлиял, как считает Дж. Босси, Нантский эдикт 1598 г. Апеллянты надеялись достичь с английским правительством соглашения примерно на таких условиях: белое католическое духовенство и его покровители в Англии получат возможность легально исповедовать свою веру в Англии (т.е. им фактически будет предоставлена веротерпимость), английские же католики должны будут публично заявить о своей верности королеве и об отказе от политического сопротивления английским властям. Иезуиты же, как предполагалось, должны были быть удалены из Англии, поскольку они были неверны королеве и не отказывались от бунтов и заговоров, направленных против протестантского режима. Апеллянты считали, что иезуиты не хотят предоставления веротерпимости английским католикам, поскольку тогда иезуитам не удастся занять руководящее положение в английском католическом сообществе. Апеллянты также выступали против признания политической власти папы над английским католическим сообществом. В дальнейшем большинство апеллянтов после Порохового заговора 1605 г. отказались принять Клятву о королевском верховенстве, демонстрируя, что апеллянты не были просто политическими приспособленцами, в то время как враг апеллянтов Верховный священник Джордж Блэкуэлл не выдержал напряжения сложившейся ситуации и принёс эту клятву.