После начала Северного восстания 1569 г. всем должностным лицам в Англии приказали принести клятву о признании религиозного единообразия в церкви, и, как отмечает А. Дюре, практически все известные католики в графствах дали эту клятву. Как отмечает Дж. Босси, отличительной характеристикой католицизма в Англии в первые двадцать лет правления Елизаветы был его заметный конформистский характер.

Некоторые британские историки оспаривали мнение о том, что Елизавета была веротерпима — ведь результатом этой якобы веротерпимости были происходившие в её правление казни сепаратистов, католиков, и католиков вообще фактически лишили возможности совершать службы. С одной стороны, Лондон в XVI–XVII вв. был более свободным городом, по сравнению с Мадридом и Женевой, но в правление Елизаветы веротерпимости пока ещё не было.

Под влиянием восстания северных графов 1569–70 гг. и при побуждении группы английских эмигрантов-католиков в Лувене папа Пий V (1566–1572) 22 или 25 февраля 1570 г. подписал буллу “Regnans in Excelcis” об отлучении и низложении Елизаветы. Отлучение Елизаветы осудили католические монархи Европы. На момент издания буллы о крахе Северного восстания в Риме ещё не знали. Большинство английских католиков игнорировало буллу, но есть также свидетельства, что булла стимулировала переход в рекузанты, хотя увеличение количества рекузантов объясняют также и усилением розыска католиков властями, особенно в епархиях Норидж, Честер и Винчестер — усилилась бдительность властей по отношению к поведению католиков, так что в дальнейшем булла, скорее, мешала деятельности английских католиков, чем оказала какое-либо позитивное влияние — это был готовый предлог для преследований католиков.

С 1569 г., как выявлено, католики разрабатывали политическую интригу, возможной целью которой был захват престола при отсутствии наследника у Елизаветы — план о заключении брака между герцогом Норфолком и Марией Стюарт. В поддержку этого плана в 1571 г. произошло небольшое восстание католиков в Ланкашире, в результате чего в январе 1572 г. герцог Норфолк был посажен в Тауэр с обвинением в государственной измене, а оказавший финансовую поддержку этим действиям английских католиков флорентийский банкир Ридольфи выехал из Англии. Эти события вошли в историю как заговор Ридольфи. Историки не исключают вероятности того, что банкир Ридольфи был двойным агентом.

Как отмечают исследователи, англиканское духовенство к началу 1570-х гг. осознало, что способом наиболее точного определения того, является ли человек католиком, может служить не посещение им церкви, а принятие причастия в англиканской церкви, так что стало возможным выявление «церковных папистов», которые бывали на службах, но не подходили к причастию. Поэтому в парламенте 1571 г. епископ Лондонский Эдвин Сэндис представил законопроект, по которому лица, слывшие католиками, в том случае, если они хотя бы раз в год не принимали причастие в англиканской церкви, подлежали штрафу в 100 марок, но Елизавета, несмотря на принятие законопроекта обеими палатами, наложила на него вето.

Историки отмечали, что папская булла 1570 г. об отлучении Елизаветы от церкви с начала 1570-х гг. активизировала разработку антикатолического законодательства. В 1572 г. Тайный совет задумал и частично реализовал ещё одну меру против католиков — заключение наиболее активных из них под стражу в одну тюрьму для предотвращения воздействия католиков на сознание других заключенных-протестантов, для чего была избрана тюрьма Уисбеч на острове Эли, где католики должны были содержать себя за свой счёт. В дальнейшем католиков в Англии то собирали в тюрьмы, то отпускали в зависимости от обстановки в стране и от ситуации во внешней политике.

Дж. Эйвлинг считает, что активизация католиков в 1570-е гг. вызвала также усиление пуританизма: эти две религиозные крайности, на его взгляд, взаимно питали друг друга. Английское общество в 1570-е гг. испытывало религиозное брожение, хотя оно и не носило массового характера. Его влияние чувствовалось в основном в университетах среди их выпускников, среди представителей средних классов в городе. Эти процессы несли с собой подъём религиозного идеализма, несогласие с установленной церковью, дискуссии, которые приводили в некоторых случаях к обращениям в католицизм. В католическом возрождении 1570-х гг., считает Дж. Эйвлинг, была спонтанность, и оно само по себе стимулировало существование католической миссии в Англии.

Новая стадия на первом этапе в истории английского католицизма, как считают историки, началась с 1574 г., когда в Англию прибыли первые выпускники английской католической семинарии, которые пытались создать условия для реанимации католицизма в стране путем организации английской католической миссии. Установлено, что в 1574–1580 годах для служения в Англию приехали 103 священника-миссионера, и с 1574 г. английские власти стали переходить в отношении к католикам от случайных и несистематичных преследований и штрафов к постоянному давлению.

Примерно половина католических священников, отправленных в Англию, арестовывалась властями, многие подолгу оставались в тюрьмах, некоторых из них пытали. Большинство арестованных священников были отпущены с обещанием, что они уедут из страны. С 1580 г. закон автоматически предусматривал смертный приговор для каждого священника, посвященного в сан за рубежом и захваченного в Англии, но исполнение приговора зависело от взглядов священника, от ситуации в стране. Специальными тюрьмами для католических священников были Уисбеч и Фрэмлингем в Восточной Англии, и здесь, а также в лондонских тюрьмах им разрешали служить мессу для заключённых-католиков, а в Лондоне их, бывало, отпускали под честное слово в город. Из примерно 800 священников, возведённых в сан в семинариях к 1603 г., 150 не попали в Англию по разным причинам (непригодность к службе в нелегальных условиях, принятие в штат семинарии преподавателями, вступление в религиозные ордена и др.). Около 40 из этих священников ушли в англиканскую церковь. Около 80 священников делись неизвестно куда — исследователи не нашли о них последующих упоминаний. К 1600 г. Дж. Эйвлинг насчитывает примерно 300 католических священников, служивших в Англии, в среднем шесть на графство, при 10 тыс. протестантских священниках в церкви Англии. Поскольку в то время религиозные идеи могли эффективно распространяться, если их поддерживали социальные верхи, поддержка католицизма среди джентри и аристократии давала шанс на существование католицизму, опираясь на который, можно было бы побороться за предоставление нрава на свободу вероисповедания по примеру Франции. К 1580-м гг. интенсификация католической пропаганды дала некоторые результаты среди мелкого и среднего землевладельческого джентри, их слуг и арендаторов, но сельская и городская беднота реагировали слабо, пэры и крупные землевладельцы — совсем незначительно, хотя успехом этой пропаганды можно считать то, что всё же откликнулись осторожные мелкие землевладельцы, которые ранее не среагировали на Северное восстание 1536 г.

Дж. Эйвлинг собрал представляющие интерес данные о том, как происходило формирование католического сообщества на местном уровне, что в определённой степени позволяет составить представление о католицизме на севере Англии, хотя он не склонен экстраполировать данные, собранные на материалах Йорка, на понимание ситуации в других городах страны. По его данным, до 1572–73 гг. в Йорке были 2–3 католика, которые обратились во время учебы в университете, но католического сообщества в Йорке ещё не было — оно быстро сложилось в 1572–76 гг. в среде активных ремесленников среднего достатка, причём заметную роль в этом играли их жены. К 1575 г. в городе Йорке была убеждённая группа примерно из 40 семей католиков-рекузантов, которые не боялись проявлять свою принадлежность к исповеданию католицизма. Это сообщество было сплочённым, имело возможности расширения. В ноябре 1576 года в Йорке Суд Высокой комиссии допрашивал 51 женщину из числа рекузанток, которые вполне сознательно исповедовали католицизм, заявляя, что протестантская религия противоречит их совести. В 1578–1582 гг. сюда стали приезжать священники-семинаристы, но местные католики уже подвергались преследованиям, и некоторые из священников арестовывались буквально через несколько дней после появления в городе. В течение следующих тридцати лет власти довольно активно преследовали католиков в Йорке.