В марте 1935 года Гитлер денонсировал Версальский договор 1919 года. Это полностью развязало руки Редеру, сняв все ограничения на реализацию его кораблестроительной программы. 18 июня 1935 года было заключено англо-германское морское соглашение, согласно которому германский ВМФ не должен был превышать 35 % британского, а количество подводных лодок для обеих сторон не ограничивалось.

В 1935 году Гитлер назначил Редера главнокомандующим ВМФ (кригсмарине), а в 1936 году произвел его в генерал-адмиралы. В 1937 году Редер получил из рук фюрера золотой значок почетного члена нацистской партии (НСДАП). В этот период Редер устраивал Гитлера во всех отношениях — прекрасный специалист, отлично знающий свое дело, сосредоточившийся целиком на строительстве флота и не вмешивающийся ни в какие дела, не касающиеся флота.

Строительство нового флота шло полным ходом. В 1936 году были заложены новейшие линейные корабли «Бисмарк» и «Тирпиц». В 1937—1938 годы вошли в строй линейные корабли «Шарнхорст» и «Гнейзенау», тяжелые крейсеры «Блюхер» и «Хиппер», а также целый ряд кораблей других классов. Боевые возможности германского ВМФ существенно возросли. Однако из-за того, что одновременно решался целый ряд других неотложных задач, на которые отвлекались значительные силы и средства, программа строительства флота все время отставала от намеченных сроков. Положение еще более усугубилось с созданием в 1936 году Управления по 4-летнему плану экономического развития страны, которое возглавил Г. Геринг, ненавидевший Редера. Сосредоточив в своих руках руководство всей экономикой, «наци № 2», как называли Геринга, постоянно игнорировал запросы ВМФ. Кроме того, личным врагом Редера являлся и руководитель спецслужб рейха Р. Гейдрих, который в 1931 по инициативе Редера с позором был изгнан из рядов ВМФ за моральное разложение. Теперь он мстил главкому ВМФ и при каждом удобном случае старался насолить ему.

Как и абсолютное большинство старых кадровых офицеров, Редер всегда считал, что армия и флот должны стоять вне политики, что вооруженные силы должны находится на службе государства и защищать его национальные интересы, а не отдельных политических партий. Исходя из этих принципов, он стремился оградить военно-морской флот он нацистского влияния и агентов гестапо, сохранить корпоративный характер его офицерского корпуса. В ряде случаев выступал в защиту евреев, служивших на флоте, не боялся возражать Гитлеру, когда дело касалось флота. Отставание в сроках строительства флота мало беспокоило Редера, т. к. Гитлер лично заверил его, что он, фюрер, намерен в ближайшие годы жить с Великобританией, которая подразумевалась основным противником Германии на море, в мире и дружбе, а германский ВМФ понадобится ему не ранее 1944 года. Когда же в 1938 году появились первые признаки надвигавшейся войны, Редер прямо заявил Гитлеру, что «если война начнется в течение ближайших двух лет, то флот будет к ней не готов». Такое заявление главнокомандующего ВМФ привело Гитлера в ярость. С этого времени началось ухудшение отношений между ними.

Первое крупное столкновение Редера с фюрером произошло 1 ноября 1938 года, когда недовольный положением дел в ВМФ фюрер в ярости разорвал представленный ему Редером план развития флота на ближайшие годы и устроил ему форменный разнос. Он потребовал от адмирала довести количество подводных лодок до того уровня, который имела Великобритания, усилить защиту новых линейных кораблей и представить ему новый, более реальный план развития флота. Разработанный Редером новый вариант (план «Z») был представлен Гитлеру в январе 1939 года. В соответствии с ним в течение 8 лет планировалось построить 6 линейных кораблей, 4 авианосца, 5 тяжелых крейсеров и несколько десятков кораблей других классов. Этот план Гитлером был одобрен. В его реализации ВМФ был обещан некоторый приоритет перед другими видами вооруженных сил. С удвоенной энергией Редер взялся за выполнение поставленных задач. Довольный усердием своего адмирала Гитлер 1 апреля 1939 года произвел его в гросс-адмиралы (звание, соответствовавшее чину генерал-фельдмаршала в армии).

Но вскоре между Редером и Гитлером вновь разгорелся конфликт. Причиной тому явился военно-морской адъютант Гитлера, вступивший в позорный, по мнению командования ВМФ, брак. Очень щепетильный в вопросах офицерской чести главнокомандующий ВМФ потребовал от Гитлера уволить этого офицера со службы, но фюрер отказался выполнить данное требование и, более того, взял адъютанта под свою защиту, даже, несмотря на то, что Редер угрожал ему отставкой. В этом конфликте Редер проиграл, так ничего и не добившись, — адъютант остался на своем месте, а угроза Редера уйти в отставку оказалась не более чем пустым звуком. Но после этого отношения между верховным главнокомандующим и главнокомандующим ВМФ стали довольно прохладными.

Вторая мировая война для Редера началась в какой-то мере неожиданно. Занятый строительством флота, он не рассчитывал на такое быстрое развитие событий, предшествовавших развязыванию войны, и был явно обескуражен этим, отчетливо сознавая, что его флот к борьбе с таким сильным противником, как британский флот, не готов. В начале сентября 1939 года, после того, как Великобритания объявила войну Германии, Редер записал в военном дневнике ОКМ (Главное командование кригсмарине): «Нашему надводному флоту не остается ничего другого, как демонстрировать, что он может доблестно умирать».

С началом военных действий германский ВМФ осуществил минирование английских вод и приступил к крейсерским операциям в Атлантике. Однако ход событий вскоре показал, что эффективность его действий невелика. Гитлер требовал от флота активных действий. Того же требовал от своих подчиненных и Редер, но при этом добавлял, что успехи должны достигаться без потерь. Это вынуждало немецких адмиралов проявлять крайнюю осторожность при ведении боевых действий. Сразу же с началом войны выявилось, что созданная Редером система управления флотом сложна и недостаточно эффективна. Командующий надводным флотом непосредственно ему не подчинялся, а находился в подчинении оперативных штабов военно-морских командований «Восток» или «Запад» в зависимости от того, где в данный момент флот находился (в Северном или Балтийском море). В то же время штаб главкома ВМФ имел право и напрямую отдавать приказы командующему флотом. Но директивы, которые издавал сам Редер, как правило, были неконкретны. Тем не менее он требовал их точного выполнения. Параллельное подчинение флота двум штабным инстанциям, ведавшим оперативными вопросами, приводило к частым трениям и сталкивало точки зрения по самым различным вопросам.

В начале 1940 года Редер явился инициатором плана оккупации Норвегии (план «Везерюбунг-Норд»), убедив Гитлера в необходимости проведения этой операции, чтобы упредить англичан, готовивших, по данным разведки, там высадку с целью захвата норвежских портов. Он добился от Гитлера того, что общее руководство этой операцией было возложено на Главное командование ВМФ (ОКМ). При проведении Норвежской кампании (апрель — июнь 1940 года) германский флот понес тяжелые потери — погибли 3 крейсера (в том числе тяжелый крейсер «Блюхер»), 10 эсминцев, 4 подводных лодки и более 10 других кораблей. Кроме того, получили тяжелые повреждения и надолго вышли из строя линейные корабли «Шарнхорст» и «Гнейзенау». Тем не менее главная цель, которую ставил перед собой Редер, — захват норвежских портов — была достигнута. За эту победу Гитлер лично вручил ему Рыцарский крест. Потери противника в этой краткосрочной кампании составили: 1 авианосец, 2 крейсера, 9 эсминцев и 6 подводных лодок.