Летом 1899 г. броненосец заканчивал испытания. 4 августа, имея на борту около 320 т угля и запасы на летнюю кампанию, «Генерал–адмирал Апраксин» вышел из Кронштадта. В полдень следующего дня командир броненосца капитан 1–го ранга В. В. Линдестрем благополучно привел его в состав Учебноартиллерийского отряда. За время службы в отряде «Апраксин» пять раз выходил на стрельбу со слушателями офицерского класса и учениками–комендорами, израсходовав 628 патронов для учебных 37–мм. стволов, а также 9 — 254–мм. и 40 —120–мм. снарядов. Стрельбы оказались довольно хлопотными для старшего артиллерийского офицера лейтенанта Ф. В. Римского–Корсакова: на пятый день в кормовой башне разорвало гильзу и приспособление для установки учебного ствола, а на шестой — вышло из строя горизонтальное наведение носовой башни. Эту неисправность в течение суток удалось устрашать на частном заводе «Вигандт», восстановившем сломанные зубцы соединительной муфты перевода с ручного управления на электрическое.

14 августа 1899 г. «Генерал–адмирал Апраксин» вышел в море для перехода в Копенгаген. Свежеющий ветер предвещал штормовое плавание. Новый корабль, по отзыву B. В. Линдестрема, показал «прекрасные мореходные качества» — при встречном волнении на бак залетали только брызги, а при попутном—размахи качки не превышали 10° на борт. Машина работала исправно, обеспечивая сред! пою скорость 11,12 уз. при введа шых в действие двух котлах. Утром 16 мая на горизонте показались низменные зеленые берега Дании, а в 14 часов «Апраксин» уже встал на бочку в гавани Копенгагена, застав там яхту «Царевна», лодку «Грозящий» и корабли–хозяева — «Сюланд» и «Даннеброг».

22 августа в датскую столицу прибыл на быстроходном «Штандарте» Николай II с семейством. Стоянка «Апраксина» в столице дружественной державы ознаменовалась многочисленными приемами и визитами, унтер–офицеров и матросов регулярно увольняли на берег. Офицеров «Апраксина» король Дании по традиции пожаловал кавалерами ордена Даннеброга.

14 сентября, оставив императорские яхты крейсировать по европейским портам, броненосец покинул гостеприимное королевство и через два дня прибыл в Кронштадт. 21 сентября он окончил кампанию, не разоружаясь, с тем чтобы после окончания достроечных работ направиться в Либаву. Туда же собирались «Полтава» и «Севастополь», завершавшие испытания в отдельном отряде контр–адмирала Ф. И. Амосова.

Вторник 12 ноября 1899 г., назначенный для выхода «Апраксина» в море, начался туманом и постепенным усилением северо–восточного ветра. Рассеявшийся около 15 час. туман позволил штурману «Апраксина» лейтенанту П. П. Дурново определить девиацию по створу Кронштадтских огней, а командиру В. В. Линдестрему принять решение следовать по плану. Наблюдая падение барометра, Владимир Владимирович рассчитывал укрыться в Ревеле, но туда еще надо было дойти.

К 20 часам ветер усилился до 6 баллов, а вскоре достиг силы шторма, усугубленного отрицательной температурой воздуха и метелью. Броненосец, покрывавшийся слоем льда, шел вслепую — вне видимости островов и маяков. Механический и ручной лаг из‑за замерзания воды и опасности посылки людей на ют не использовали, скорость определяли по оборотам машин. В 20 час. 45 мин. командир уменьшил ход с 9 до 5,5 уз., собираясь уточнить место путем измерений глубины моря. Не получив таким способом определенных результатов, В. В. Линдестрем и П. П. Дурново посчитали себя снесенными к югу и собрались определиться по маяку на о. Гогланд — самом крупном острове в центре Финского залива. На самом деле «Апраксин» оказался значительно севернее и в 3 час. 30 мин. 13 ноября на скорости около 3 уз. выскочил на отмель у высокого заснеженного юго–восточного берега Готланда.

Удар показался командиру мягким, а положение корабля вначале не безнадежным. Однако попытка сняться с мели полным задним ходом потерпела неудачу, а через час в носовой кочегарке показалась вода, которая быстро прибывала Корабль накренился на 10° на левый борт и на волнении сильно бился днищем о грунт. B. В. Линдестрем, думая о спасении людей, решил свезти команду на берег. Сообщение с островом, на котором собрались местные жители, установили с помощью двух спасательных лееров, поданных с формарса. К 15 часам переправу людей успешно завершили, прекратив перед этим поднятые уже после аварии пары в двух кормовых и во вспомогательном котлах.

Об аварии нового броненосца береговой обороны в С. — Петербурге узнали из телеграммы командира крейсера «Адмирал Нахимов», который на переходе из Кронштадта в Ревель заметил сигналы бедствия, подаваемые «Апраксиным». Управляющий Морским министерством вице–адмирал П. П. Тыртов немедленно распорядился направить к Гогланду из Кронштадта броненосец «Полтава», а из Либавы — «Адмирал Ушаков», снабдив их пластырями и материалами для спасательных работ. Для руководства последними назначался контр–адмирал Ф. И. Амосов, державший флаг на «Полтаве». Кроме боевых кораблей к спасению «Апраксина» привлекли ледокол «Ермак», пароход «Могучий», 2 спасательных парохода частного Ревельского спасательного общества и водолазов кронштадтской школы Морского ведомства «Адмирал Ушаков» до Гогланда не дошел — вернулся в Либаву из‑за поломки рулевого привода.

Утром 15 ноября к «Апраксину» прибыл Ф. И. Амосов, который, не разделяя первоначального оптимизма В. В. Линдестрема («при немедленной помощи броненосец будет снят»), нашел положение крайне «опасным» и зависящим от погоды. Борьбу со льдами, к счастью, мог обеспечить «Ермак», а вот телеграф для поддержания связи с С. — Петербургом имелся только в Котке, что затрудняло оперативное руководство работами.

Проблему организации связи удалось решить с помощью выдающегося изобретения конца XIX в. — радио. Докладом МТК от 10 декабря 1899 г. вице–адмирал И. М. Диков и и. о. главного инспектора минного дела контр–адмирал К. С. Остелецкий предложили связать о. Гогланд с материком с помощью «телеграфа без проводов», изобретенного А. С. Поповым. На опытах в кампании 1899 г. на Черном море, удлинив антенну с помощью воздушного змея, удалось добиться 16–мильной дальности связи. Управляющий министерством в тот же день наложил резолюцию: «Попробовать можно, согласен..» На место работе комплектами радиостанций вскоре направились сам А. С. Попов, его помощник П. Н. Рыбкин, капитан 2–го ранга Г. И. Залевский и лейтенант А. А. Реммерт. На Гогланде и на о. Кутсало до Котки начали сооружение мачт для установки антенн.

К тому времени выяснилось, что «Апраксин», по меткому выражению Ф. И. Амосова, буквально «влез в груду каменьев». Вершина огромного камня и 8–тонный гранитный валун застряли в корпусе броненосца, образовав левее вертикального киля в районе 12–23–го шпангоутов пробоину площадью около 27 м2. Через нее водой заполнялись носовой патронный погреб пушек Барановского, минный погреб, подбашенное отделение, крюйт–камера и бомбовой погреб 254–мм. башни, весь носовой отсек до броневой палубы. Три других камня произвели меньшие по размерам разрушения днища. Всего корабль принял более 700 т. воды, которые нельзя было откачать без заделки пробоин. Застрявшие в днище камни мешали сдвинуть «Апраксин» с места. Авария получила широкий общественный резонанс и вызвала целый поток предложений по спасению броненосца, хлынувший в Морское министерство.

Все спасательные работы проводились под общим руководством и контролем самого управляющего министерством адмирала П. П. Тыртова, который привлек к этому важнейшему делу известных адмиралов И. М. Дикова, В. П. Верховского и С. О. Макарова, главных инспекторов из МТК Н. Е. Кутейникова, А. С. Кроткова, Н. Г. Нозикова. Непосредственное участие в спасательных работах под руководством Ф. И. Амосова приняли командир броненосца В. В. Линдестрем, младшие помощники судостроителя П. П. Белянкин и Е. С. Политовский, представитель Ревельского спасательного общества фон Франкен и указатель Нового Адмиралтейства Олимпиев, хорошо знавший корабль. Водолазами, работавшими в ледяной воде, руководили лейтенанты М. Ф. Шульц и А. К. Небольсин. Было решено удалить верхнюю часть большого камня с помощью взрывов, разгрузить броненосец, имевший к моменту аварии водоизмещение 4515 т., по возможности заделать пробоину, откачать воду и, используя понтоны, стащить броненосец с мели.