На ста девяноста трех кораблях к Мальте должны были отправиться тридцать тысяч солдат, из которых особо надо упомянуть свыше шести тысяч янычар, две с половиной тысячи греческих наемников и тринадцать тысяч религиозных фанатиков, созванных дервишами и улемами под знамена священной войны. Командовал флотом Пиали-паша, а начальником сухопутного войска и всей экспедиции был Мустафа-паша.

18 мая 1565 года турецкий флот вошел в гавань Мирза-Сирокко (Марсашлок). Между тем рыцари-госпитальеры уже давно были упреждены о готовящемся нападении и 15 мая собрались на общее собрание, чтобы последний раз обсудить план действий. Гроссмейстер ордена Ла Валлетт считал, что турки будут атаковать с юго-востока, со стороны Марсашлока, поскольку знал, что это место уже определено ими для якорной стоянки флота. Но можно было ожидать атаки и с северного берега бухты Марсамшетт, отделенной от Большой гавани узким перешейком Шиберасс (полуостров, на котором впоследствии и был построен город Валлетта). Поэтому Ла Валлетт решил усилить гарнизон форта Сан-Эльмо, защищающий обе части гавани. Если обычно он состоял из шести рыцарей и шестисот воинов под командой пьемонтского рыцаря Луиджи Бролья, то теперь Ла Валлетт послал к нему в качестве заместителя молодого рыцаря Хуана де Гуареса и еще сорок шесть (!) других рыцарей, вызвавшихся добровольцами из разных национальных подразделений ордена («языков»). Еще 13 мая прибыли 200 испанских солдат из тысячи, обещанной вице-королем Сицилии, и Ла Валлет незамедлительно отправил их на усиление гарнизона форта.

Большая часть кавалерии ордена была отправлена в находившуюся далеко от побережья Мдину, чтобы усилить местный гарнизон и по возможности беспокоить турок набегами из хорошо укрепленного города. Местная мальтийская знать, проживавшая преимущественно в Мдине, не собиралась воевать с турками, и потому надежды на них было мало. Другой отряд был послан в цитадель на острове Гозо. Остальные отряды рыцарей и мальтийских пехотинцев разместились в Биргу, форте Сан-Анджело и форте Сан-Микаэль, в городке Сенглеа с возможностью поддерживать друг друга соответственно развивающимся событиям.

Турки начали высадку в Марсашлоке в полдень субботы 19 мая. Они высадили около трех тысяч человек с целью пополнения запасов продовольствия. Однако все жители со всем скотом и припасами перебрались уже под защиту ближайших цитаделей, и потому турки не встретили никого, пройдя вплоть до деревни Зейтун (примерно треть расстояния до Бирги), где и столкнулись с первым отрядом рыцарей. Отряд отступил, потеряв первых убитых, а два рыцаря: француз Адриен де ла Ривьер и португалец Бартоломеу Фарауне – были пленены и немедленно доставлены к Мустафе-паше. Турки принялись пытать рыцарей, выясняя, где находится самое слабое место в обороне. Якобы не выдержав пыток, рыцари назвали самым слабым местом Кастильский бастион, хотя он из всех мальтийских цитаделей был укреплен лучше всего. Видимо, рыцари сознательно пожертвовали собой, чтобы заставить турок атаковать самое удобное для обороны место. Узнав о пленении рыцарей, Ла Валлетт обрел уверенность, что турки будут атаковать Биргу и Сенглеа, и решил перевести всех пехотинцев из Мдины в Биргу. И действительно, Мустафа-паша, приведя часть флота к Марсамшетту, начал свою атаку 21 мая.

Бой длился шесть часов, обошелся обороняющимся в двадцать одного убитого и полторы сотни раненых, но на поле боя перед стенами Бирги остались сотни убитых турок, что сильно подняло дух обороняющихся, особенно из числа молодых рыцарей.

Отдав приказ отходить, разъяренный Мустафа-паша приказал казнить обманувших его пленных рыцарей, а затем атаковать Мдину и осадить Биргу и Сенглеа.

Однако второе намерение турецкого главнокомандующего сразу потерпело неудачу, поскольку адмирал Пиали-паша не был готов к отводу судов. Он предлагал перевести остаток флота в Марсамшетт, на том ложном основании, что там они будут защищены от северо-западных ветров, якобы господствующих в центральном Средиземноморье. Он ошибался, поскольку эти ветра не так часто дуют после апреля, но Мустафа-паша об этом не знал и согласился с мнением молодого адмирала. Однако, прежде чем перевести флот в Марсамшетт, требовалось нейтрализовать форт Сан-Эльмо.

К счастью для Ла Валлетта, в этот день два христианских ренегата, бывших с турками, решили снова переметнуться и бежали в Биргу, ища встречи с гроссмейстером, чтобы сказать ему о турецких намерениях. Они узнали о них, поскольку один из них был телохранителем самого Мустафы и присутствовал при принятии этих решений.

Ла Валлетт предпринял дальнейшие меры по укреплению Сан-Эльмо. Он был обрадован, когда прибыли с Сицилии еще четыреста воинов под командованием провансальского рыцаря Пьера де Массуэ Веркуарана, известного в ордене как полковник Мас. Гроссмейстер послал его с половиной отряда в форт Сан-Эльмо вместе с шестьюдесятью освобожденными галерными рабами-немусульманами. Он был убежден в том, что Сан-Эльмо является ключом к Мальте, и сказал об этом полковнику Масу. И дальнейшие события это подтвердили. Ранее при осадах турки полагались на инженерные и саперные работы, однако на Мальте по причине скального грунта, затруднявшего подобные работы, они стали готовиться к сильным бомбардировкам, для чего с огромным трудом подвезли не менее десяти огромных осадных орудий и расположили их на холме Шиберасс, откуда должны были бомбардировать Сан-Эльмо. Когда эти орудия были доставлены, они ужаснули рыцарей. Хотя они знали, что скорострельность таких пушек была меньшей, чем их собственных, огневая мощь турецкой артиллерии была чудовищной.

Ла Валлетт страшился потери форта Сан-Эльмо, однако еще больше его пугало отсутствие помощи. Он не раз просил о поддержке вице-короля Сицилии, папу и других властителей. Однако на эти просьбы откликнулся лишь вице-король. Впрочем, он смог прислать лишь несколько сот солдат, попросив взамен оставшиеся у Мальты галеры. Рыцари не могли выделить людей для галер, но вице-король поставил отправку галер условием для оказания дальнейшей помощи, после чего Ла-Валлетт понял: рыцарям осталось рассчитывать только на себя и свое оружие.

Первая бомбардировка Сан-Эльмо началась утром 24 мая. С каждым залпом турецкой артиллерии известняковые блоки оборонительных сооружений крошились все больше, и вскоре гарнизону Сан-Эльмо пришлось заделывать бреши в стенах под непрерывным огнем турок, поражавших всех, кто имел неосторожность высунуться из-за стен.

Ла Валлетт пробовал оказать помощь форту, установив два больших орудия на спешно сооруженном валу форта Сан-Анджело, которые вели огонь по турецким позициям вокруг гавани. Однако турки спустя два дня оборудовали новые позиции, откуда турецкие орудия били прямо внутрь форта Сан-Эльмо. Кроме того, дополнительная батарея начала стрелять по форту Сан-Анджело. После трех дней ожесточенной бомбардировки командир форта Луиджи Бролья в связи с большими потерями запросил у Ла Валлетта подкрепления. Испанский рыцарь Ла Серда, доставивший сообщение, рассказал об отчаянном положении защитников Сан-Эльмо. На вопрос Ла Валлетта о том, сколько сможет продержаться форт, он ответил, что не более восьми дней. Гроссмейстер пришел в ярость от этого ответа: он не мог поверить в тяжелейшие последствия всего трех дней бомбардировки. Не желая допустить падения боевого духа своих людей, он гневно отчитал Ла Серда и заявил, что сам во главе отряда добровольцев прорвется в Сан-Эльмо и будет удерживать форт до конца. Вряд ли он на самом деле собирался так поступить, но хотел лишь преподать своим рыцарям урок. На его клич ответило пятьдесят рыцарей, знавших, что они отправляются на верную смерть. С ними Ла Валлетт отправил еще двести испанских солдат под командой шевалье де Медрана.