Александр II взошел на русский престол, хорошо понимая, что он правит в век революций и борьбы с абсолютизмом. После покушения он еще явственнее осознал свою уязвимость. Царь надеялся, что начальник тайной полиции, получив свободу действий, избавит его от террористов.

Пытаясь сделать работу своего ведомства более эффективной, Шувалов провел реорганизацию по трем основным направлениям. Во-первых, он расширил 5-й секретариат отделения, служащие которого должны были реагировать на все общественные события. Во-вторых, существенные изменения затронули корпус жандармов. Шувалов добивался строгой централизации полиции и полного контроля за действиями офицеров корпуса. Вся территория страны была разбита на жандармские округа; была также создана сеть из 31 наблюдательного пункта. Всех жандармов заставили пройти проверку, чтобы определить их соответствие занимаемым должностям. На место выбывших пришло новое пополнение из армии, а с целью его обучения были открыты специальные подготовительные школы для унтер-офицеров и элитарные курсы для офицеров.

Наконец, в-третьих, Шувалов обратил внимание на организацию наружного наблюдения и секретную агентуру. В Петербурге и Москве он установил слежку за подозрительными лицами при помощи сотрудников, негласно принятых на службу в городскую полицию еще при Долгорукове. Шувалов надеялся на добровольных осведомителей из верноподданных граждан, которым предлагалось сообщать о подозрительных фактах в жандармские наблюдательные пункты.

Как и все начальники Третьего отделения, Шувалов поощрял платных осведомителей, хотя многие из них оказывались совершенно бесполезными. Начальник 3-го секретариата К.Ф. Филиппиус, вступивший в должность в 1869 г., называл этих осведомителей агентами и отзывался о них не очень лестно: «1 апреля мне впервые были вручены суммы, и вслед за тем представились мне господа агенты, а именно один убогий писака, которого обязанность заключалась в ежедневном сообщении городских происшествий и сплетен. Первые он зауряд выписывал из газет, а последние сам выдумывал; кроме того, ко мне явились: один граф, идиот и безграмотный; один сапожник с Выборгской стороны — писать он не умел вовсе, а что говорил, того никто не понимал и с его слов записать не мог; двое пьяниц, из коих один обыкновенно пропадал первую половину каждого месяца, а другого я не видел без фонаря под глазами или царапин на физиономии; одна замужняя женщина, не столько агентша сама по себе, сколько любовница и сподручница одного из агентов; одна вдовствующая хронически беременная полковница из Кронштадта, и только два действительно ловких агента».

Когда Шувалов сменил Долгорукова, судебная реформа уже вступила в силу, и стало совершенно очевидным, что практику старого ведомства необходимо привести в соответствие с новыми юридическими требованиями.

31 декабря 1866 г. Шувалов разослал две инструкции (одну — открытую, другую — совершенно секретную) жандармам. Первоначально эти инструкции предназначались для Польши, но через год они вступили в силу на территории всей империи. В первой инструкции, которая была напечатана, Шувалов призывал жандармов уважать новые юридические институты, возникшие после судебной реформы, и подчиняться им. Он также ограничил полномочия жандармов при расследовании преступлений и запретил им заниматься делами, по которым уже ведется судебное разбирательство.

При этом в своей секретной инструкции Шувалов учил жандармов не передоверять политические дела судебному разбирательству, если есть необходимость провести расследование собственными силами. В той же инструкции он особо остановился на роде деятельности, которая ни в одной из его опубликованных инструкций не упоминается, — на слежке за населением. Он призывал своих подчиненных «наблюдать за нравственным направлением духовенства… обращать особое внимание на дух школ», продолжать бдительно следить за газетами и настроениями в армии. Жандармам вменялось в обязанность «доводить до сведения начальства о всяком покушении взволновать умы изустными проповедями с помощью речей» и особенно следить за офицерами, если они вздумают «давать подчиненным литературные вечера или участвовать в оных».

Хотя инструкция давалась тайно, содержание ее не удалось скрыть, и направление этого документа было очевидным. Многие были обеспокоены, как это видно из письма барона А.П. Николаи бывшему министру народного просвещения А.В. Головкину от 6 апреля 1867 г. Двуличный Шувалов, жалуется Николаи, делает своих жандармов всеобщими «судьями, распорядителями всем, дает права вмешательства во все без исключения». Известный славянофил И.С. Аксаков, которому случайно довелось прочитать этот секретный документ, иронически заметил: «Чтобы создать такую инструкцию, надо обладать нешуточной фантазией и, отрешившись от мира действительности, допустить сверхъестественное, т. е. что все офицеры Отдельного корпуса жандармов имеют более чем солидное энциклопедическое образование в сфере всех научных знаний, не исключая даже торгового дела».

9 сентября 1867 г. Александр II узаконил предложения Шувалова по реорганизации Третьего отделения. Законодательство отражало убеждение Шувалова, что отношение к Третьему отделению со стороны общественности должно измениться. Жандармы объявлялись национальной полицией, действующей в соответствии с Уголовным кодексом и Судебной реформой. Очень важно, что в новом законе жандармы именовались «наблюдательным корпусом». Подчеркивалось, что основная задача жандармов — наблюдать за обществом, а не наводить порядок, поэтому жандармам разрешалось заниматься преступниками лишь в двух случаях: когда местной полиции не было на месте преступления или когда полиция не могла справиться с беспорядками и обращалась к ним за помощью.

Шувалов не предавал огласке распоряжения, в которых приказывал жандармам доносить о любой, в том числе легальной, деятельности, которая казалась «неблагонадежной». Связь жандармов с осведомителями также скрывалась. Шувалов понимал, что открытое вмешательство жандармов в легальные действия граждан будет превратно истолковано большинством населения — ведь народ не понимает того, что совершенно очевидно для государя и его главного «стража»: чтобы сохранить самодержавие, нужно уничтожить оппозиционные настроения в самом зародыше, когда они еще не переросли в проповедь конституционного порядка и антиправительственные выступления.

Добившись утверждения закона 1867 г., в котором жандармы именовались «наблюдательным корпусом», далеким от расследования преступлений, Шувалов официально освободил своих подопечных в голубой форме от всех «неприятностей», связанных с Уголовным кодексом. Однако начальник тайной полиции вовсе не собирался отстранять жандармов от расследования преступлений. Теперь он получил большую свободу в борьбе с «неблагонадежными», даже если их деятельность была легальной. Впрочем, непосредственное участие жандармов в расследовании преступлений также предусматривалось законом, в котором говорилось, что в «исключительных случаях» полиция может обратиться за помощью к жандармам; организовать такие «просьбы» не составляло никакого труда.

Вплоть до 1870 г. Шувалову не пришлось ломать голову, как обойти Уголовный кодекс в борьбе с «неблагонадежными». Но уже в следующем году он не знал, как поступить с большим кружком молодых социалистов, раскрытым московской полицией и жандармами при расследовании одного нашумевшего убийства.

Главным организатором убийства был Сергей Нечаев, к тому времени уже скрывшийся за границей. В сентябре 1869 г. Нечаев предстал перед московскими революционерами как представитель мифического конспиративного общества «Мировое революционное содружество», якобы основанного анархистом Михаилом Бакуниным. Завербовав около 80 человек