После увольнения Бломберга Геринг более двух лет был единственным в Германии действующим фельдмаршалом. Во время аншлюса Австрии он сыграл одну из ключевых ролей, осуществляя руководство действиями австрийских нацистов, которые представляли собой «пятую колонну» в австрийском государстве. 4 сентября 1938 года Гитлер назначил Геринга своим постоянным представителем в Совете министров.

Во время Польской 1939 года и Французской 1940 года кампаний как главнокомандующий люфтваффе осуществлял общее руководство боевыми действиями немецкой авиации. За Польскую кампанию награжден Рыцарским крестом, а за Французскую — Большим Железным крестом (так называемая «Звезда Блюхера») и, кроме того, получил звание рейхсмаршала (19 июля 1940 года). Это был единственный в своем роде титул (звание), который Гитлер учредил специально для Геринга, зная его неимоверное тщеславие. Дело в том, что после победы над Францией ошеломленный грандиозным успехом Гитлер осыпал своих военачальников наградами. Звание генерал-фельдмаршала получили сразу 12 генералов вермахта, в том числе 3 подчиненных Геринга (генералы люфтваффе Кессельринг, Шперле и Мильх).

Чтобы как-то выделить своего заместителя по руководству Третьим рейхом из общей массы этих военачальников (а быть на одном уровне с ними Геринг считал ниже своего достоинства и прямо намекал на это фюреру), Гитлер и учредил новое звание, которое стало, таким образом, на ступень выше фельдмаршальского. Единственным его обладателем на протяжении всей войны оставался Геринг. Для рейхсмаршала была установлена (им самим) особая форма одежды. Что касается Большого Железного креста, то это была тоже единственная в своем роде боевая награда, которой в Третьем рейхе удостоился лишь Геринг. До него такую награду в Германии имели только два человека — генерал-фельдмаршалы Г. фон Блюхер (1815) и П. фон Гинденбург (1918).

Проигранная германскими ВВС «битва за Англию» серьезно подорвала веру Гитлера в непобедимость люфтваффе, которой так кичился Геринг и которую он сумел внушить фюреру, а заодно заставила его усомниться и в способностях Геринга как их главнокомандующего. Его отношение к рейхсмаршалу стало постепенно ухудшаться. Гитлер все чаще и чаще стал упрекать Геринга в недочетах возглавляемых им ведомств. Но тем не менее специальным декретом от 29 июня 1941 года он официально назначил Геринга своим преемником в случае своей смерти, а также на тот случай, если он, фюрер, по какой-либо другой причине не в состоянии будет исполнять свои обязанности. Надо сказать, что Геринг был против войны с Советским Союзом, но так и не сумел убедить Гитлера в том, что война на два фронта для Германии будет бесперспективна.

Постепенно в ходе войны на Востоке люфтваффе утратили свое превосходство в воздухе. Англо-американская авиация начала совершать массированные воздушные налеты на германские города и промышленные центры. Подчиненная Герингу немецкая ПВО оказалась не в состоянии противостоять ее ударам, а основные силы люфтваффе были задействованы на Восточном фронте. Авиационная промышленность Германии, которая также находилась в ведении Геринга, не справлялась с возложенными на нее задачами. Вследствие всех этих причин влияние Геринга в высших эшелонах власти начало быстро падать, обвинения на него сыпались со всех сторон.

Начиная с 1942 года полномочия Геринга в экономике были резко ограничены, многие из них перешли к новому любимцу фюрера А. Шпееру, назначенному на пост имперского министра вооружений и боеприпасов. Сокрушительный удар по престижу Геринга нанесла катастрофа немецко-фашистских войск под Сталинградом. В ноябре 1942 года он клятвенно заверил Гитлера, что обеспечит бесперебойное снабжение по воздуху всем необходимым окруженной под Сталинградом 6-й полевой армии генерала Ф. Паулюса. Данное хвастливое обещание было заведомо невыполнимо, о чем Геринга своевременно предупредили некоторые из его подчиненных, более своего начальника разбирающиеся в реальной обстановке на Восточном фронте. Однако Геринг, уже не раз показавший свою некомпетентность в оперативно-стратегических вопросах, но по-прежнему амбициозный и самонадеянный, не пожелал никого слушать. Рейхсмаршал закусил удила, ему нужно было любой ценой вернуть пошатнувшееся доверие Гитлера. Главное, считал он, люфтваффе по плечу любая поставленная фюрером задача, и он как главнокомандующий, чего бы это ни стоило, обеспечит ее выполнение, а там уж пусть подчиненные генералы, как это не раз бывало, изыскивают способы ее решения. Но на этот раз авантюристкий метод руководства, в совершенстве усвоенный г-ном рейхсмаршалом, не сработал. Попытка создать «воздушный мост» закончилась полным провалом, а люфтваффе понесли невосполнимые потери, особенно в транспортной авиации и летных кадрах (за штурвалы транспортных самолетов по приказу Геринга были посажены инструкторы авиационных училищ). После этого Геринг как военачальник окончательно утратил доверие Гитлера, который почти полностью перестал с ним считаться в оперативно-стратегических вопросах.

К середине 1944 года стало очевидным, что люфтваффе Геринга потерпели сокрушительное поражение: их боеспособность резко упала, потери были огромны, погибли большинство летчиков, с которыми рейхсмаршал начинал войну, прибывающее пополнение не могло заменить опытных асов и быстро выбывало из строя. Налеты союзной авиации на Германию остановились все более разрушительными. Терпение Гитлера наконец лопнуло, и он публично обвинил Геринга в неспособности выполнять возложенные на него обязанности, возложив на него всю ответственность за те ужасающие разрушения, которым подверглись в результате налетов вражеской авиации германские города. Но, несмотря на это, никаких выводов в отношении Геринга фюрером сделано не было, ни одного из своих многочисленных постов он не лишился. К другим такого гуманизма Гитлер не проявлял. Когда начались бои за Берлин, в Оберзальцберг (Бавария), где находился Геринг, прибыл начальник Генерального штаба люфтваффе генерал К. Коллер. Он проинформировал своего главнокомандующего о том, что оставшийся в осажденном советскими войсками Берлине Гитлер практически утратил возможность управлять государством и вооруженными силами. «Пришло время действовать вам, господин рейхсмаршал», — такими словами завершил свой доклад Коллер.

23 апреля 1945 года Геринг обратился по радио к Гитлеру с просьбой дать свое согласие на вступление в силу закона от 29 июня 1941 года, по которому Геринг принимает на себя обязанности глав государства. «Мой фюрер, — радировал рейхсмаршал Гитлеру, — поскольку Вы решили остаться в Берлине, согласны ли Вы, чтобы я принял на себя общее руководство рейхом в качестве Вашего заместителя в соответствии с декретом от 29 июня 1941 года при полной свободе действий в стране и за ее пределами? Если до 10 часов вечера сегодня не последует ответа, то я буду считать, что Вы утратили свободу действий, и буду действовать в высших интересах страны и нашего народа. Невозможно выразить то, что я чувствую в самый тяжелый час моей жизни. Да защитит Вас Всевышний и, может быть, Вы покинете Берлин и приедете сюда, несмотря ни на что! Преданный Вам Герман Геринг». Ответ последовал незамедлительно. Он гласил: «Ваши действия представляют собой высшую степень предательства по отношению к фюреру и национал-социализму. Наказание за предательство — смерть. Но, принимая во внимание ваши прежние заслуги перед партией, фюрер не наложит это высшее наказание, если вы уйдете со всех своих постов. Отвечайте: “да” или “нет”. Одновременно шеф НСДАП М. Борман отдал приказ руководству СС в Оберзальцберге немедленно арестовать Геринга за государственную измену. «Вы отвечаете за это своей головой», — пригрозил Борман эсэсовцам. Декрет от 29 июня 1941 года был отменен Гитлером. В тот же день Геринг и его окружение были арестованы отрядом СС. Арестованные содержались на вилле, которую они занимали до этого.