Вскоре после наследования своей матери, Марии-Терезии, в качестве единственного правителя Габсбургской монархии в 1780 г., император решил посетить свою часть Нидерландов. Его визит (май-июль 1781 г.) стал двигателем истинной «революции сверху», не менее далекоидущей по своим последствиям, чем набиравшее силу «патриотическое» движение рядом на севере. Иосиф ограничил полномочия нового регента в Брюсселе, своей сестры Марии-Кристины (1780-93 гг.) и ее мужа, поставив юг под прямой контроль Вены. Он издал свой эдикт о терпимости (1781 г.), вводивший терпимое отношение к протестантам и евреям в стране, принужденной двумя веками Контрреформации к отказу от терпимости. Он закрыл лишние монастыри и подчинил остальные Вене вместо Рима, ограничил количество религиозных процессий, реформировал цеха, начал реформу Лувенского университета, урезал привилегии духовенства и дворянства, и — что было особенно желанным — приказал открыть Шельду для морской торговли. В 1787 г. император приступил к планам радикальной реорганизации всей судебной и административной системы, предполагая ликвидировать большинство старых юрисдикций и судебных учреждений.

Весной 1787 г. возникло протестное движение, особенно в Брабанте, во главе с брюссельским юристом Хендриком ван дер Нотом (1731-1827 гг.). Штаты Брабанта напомнили императору, что он управляет провинцией в соответствии с теми же историческими привилегиями, которые клялись соблюдать его бургундские и габсбургские предшественники. Появился град памфлетов, обвинявших императора в попрании старинных конституционных прав южных провинций. В июне 1787 г. ван дер Нот и брюссельские цеха начали формировать контингенты ополчения, во всем похожие на военные подразделения на севере, за исключением того, что они были более консервативными по своей политической и идеологической риторике. В сентябре 1787 г. произошло народное восстание в Брюсселе, которое заставило австрийцев вывести свои войска из города.

На протяжении двух лет юг балансировал на грани полномасштабного восстания. События достигли кульминационного момента в июне 1789 г., когда Иосиф, чье ограниченное терпение окончательно истощилось, объявил все провинциальные привилегии в Австрийских Нидерландах «abrogés, cassés et annulés» («отмененными, недействительными и аннулированными» (фр.)). Тем временем бельгийские повстанцы получили помощь с севера. Нидерландское и бельгийское народные движения 1780-х гг. были настолько различны, настолько противоположны по своему отношению к власти, религии, народному участию в управлении, традиционным юрисдикциям и Оранской династии, что ни Вильгельм V, ни его прусские союзники не видели ни малейших оснований препятствовать агитации на юге. Напротив, власти в Гааге, как и в Берлине, враждебно относились к Иосифу и его политике и начали поощрять консервативное и антиавстрийское народное движение. Ван дер Нот учредил свой контрреволюционный комитет в изгнании, в Бреде, городе Вильгельма Молчаливого, где осенью 1789 г. мятежникам было разрешено сосредоточить свою повстанческую армию. Примечательно, что в основу своего политического манифеста от 1789 г. ван дер Нот положил (иногда дословно цитируя) Акт об Отречении Генеральных Штатов, лишивший власти Филиппа II в 1581 г., утверждая нерушимость провинциальных привилегий.

В октябре 1789 г. бельгийские повстанцы ошеломили Европу, вторгнувшись в южные Нидерланды из Статс-Брабанта и одержав победу над австрийцами. Генеральные Штаты собрались в Брюгге и провозгласили новую «республику», с оглядкой, с одной стороны, на традиции Американской революции, и, с другой — на Восстание против Испании. Мятежники называли свое новое государство «Республикой Соединенных нидерландских Штатов», последнее слово означало «Штаты» в традиционном нидерландском смысле. В этот момент переворот на юге разделился на консервативное контрреволюционное основное течение, возглавляемое ван дер Нотом, и либеральное, демократическое движение, названное «вонкистами» по фамилии их вождя Я. Ф. Вонка (1743-92 гг.). Консерваторы считали, что после смещения правителя суверенитет возвращается не народу, а Штатам. Вонкисты были не согласны с таким мнением, но выяснили, что против них сплотились не только дворянство, духовенство и крестьянство, но и брюссельские цеха. Массовые собрания вооруженных членов цехов и крестьян отвергали Просвещение, терпимость и вонкистов, пресса раздувала народное отвращение к якобы антирелигиозной «philosophie de се siècle» («философии этого века» (фр.)). К маю 1790 г. большинство вонкистов бежали за французскую границу.

В течение нескольких месяцев эта новая республика в Нидерландах держалась с некоторой энергией, несмотря на все слабые стороны ее конституционного устройства и неспособность Генеральных Штатов заручиться надлежащим сотрудничеством и взыскать финансовые взносы с провинциальных Штатов. Соединенные Нидерландские Штаты юга выпустили собственные пропагандистские медали в 1790 г., на которых был изображен Нидерландский Лев, поднимающий над собой на шесте колпак свободы, — тот же символ, который фигурировал на пропагандистских медалях Восстания против Испании в 1570-х гг. По иронии судьбы, многие простые люди принялись носить оранжистские кокарды, символ реакции на севере, но на юге ставший эмблемой верности провинциальным привилегиям, которые защищало Восстание во главе с Оранским против Филиппа II. Пруссия, принимавшая все более активное участие в нидерландской политике, не только поддержала новую Республику, рука об руку с оранжистским режимом на севере, но и отправила войска ей на помощь.

На некоторое время Пруссия даже в большей степени, чем Британия, была третейским судьей Нидерландов. Прусский монарх держал существенные военные силы в своих нидерландских владениях и по соседству с ними. Однако новый император Леопольд II (1790-92 гг.), встревоженный эскалацией австро-прусского соперничества в Венгрии, Польше и чешских землях, а также Нидерландах, и отличавшийся гораздо менее бескомпромиссным характером, чем его покойный брат Иосиф, энергично обхаживал прусское правительство на Рейхенахской конференции, что привело к заключению соглашения в июле 1790 г. В соответствии с этим договором был достигнут компромисс в отношении восточной и центральной Европы, и Пруссия дала согласие на восстановление австрийской власти в южных Нидерландах, при условии отмены реформ Иосифа II и отказа Австрии от репрессий против тех мятежников, которые пользовались прусской поддержкой. Новые конституционные соглашения для южных Нидерландов были гарантированы Пруссией, Оранской династией и Британией. Прусские войска были отозваны из несостоявшегося государства. В ноябре 1790 г. 30 000-ная австрийская армия вторглась в Республику и в декабре вступила в Брюссель. В том же месяце в Гааге было подписано еще одно соглашение о сотрудничестве в Нидерландах между Австрией, Пруссией, Британией и Оранской династией. Мария-Кристина вернулась в Брюссель в июне 1791 г.

Южнонидерландская Республика 1789-90 гг. была эфемерным явлением, но возникшим в решающий момент в истории Европы и Нидерландов и оказавшим далекоидущие последствия. Она продемонстрировала, что политическая, религиозная и культурная пропасть, разделявшая север и юг в Нидерландах в XVIII в. и на рубеже XIX в., вряд ли могла быть более широкой. Брабантские контрреволюционеры 1789 г. были первыми политическими идеологами в Нидерландах, называвшими всё вместе взятое население нидерландои франкоязычного юга «бельгийцами» (de Belgen; les beiges). Их институциональный консерватизм и преданность католической вере изумили Европу. Они упорно подчеркивали, что не имеют ничего общего, даже противопоставляли себя революционным движениям во Франции, с одной стороны, и северных Нидерландах, с другой. Они отвергали Просвещение и просвещенный абсолютизм, при этом верно и то, что вонкисты пользовались несколько большей поддержкой во Фландрии и франкоязычных провинциях, чем в Брабанте.