В остальном «патриотам» была предоставлена полная свобода действий в осуществлении их революционных преобразований. Но что именно понималось под этим? К немалому огорчению ван де Спигела, Вильгельм V и его семья бежали в Англию, отплыв из Схевенингена 18 января 1795 г. Пенсионарий был арестован 4 февраля. Его бумаги и действия были подвергнуты тщательному изучению комиссией «патриотов» во главе с Валкениром, который возглавлял «патриотический» комитет в изгнании в Париже. Но ни он, ни другие оранжистские лидеры, оставшиеся в Нидерландах, не подверглись суровому обращению. События развивались совершенно в ином русле, чем во Франции. После трех лет довольно мягкого тюремного заключения ван де Спигел был освобожден. Он бежал в Германию в последний год своей жизни и присоединился к живущим там изгнанникам-оранжистам.

Отстранение от власти оранжистов и замена их «патриотами» происходили быстрыми темпами во всех частях Республики. Революционные комитеты и ополчение взяли в свои руки власть в стране. Довольно быстро в муниципальных органах власти во многих городах были введены демократические методы. Старая регентская олигархия не была полностью сметена, особенно в Амстердаме. Но она получила удар, и в принципе, и фактически, от которого так и не смогла оправиться. Однако, она играла важную роль в Патриотической революции 1780-х гг. и вполне могла сосуществовать со старой, децентрализованной провинциальной структурой Республики. ОИК была ликвидирована декретом в декабре 1795 г., но Генералитетский комитет, взявший в свои руки управление торговлей и колониями в Ост-Индии и Южной Африке в марте 1796 г., не предпринял каких-либо более радикальных действий, чем Генералитетская коллегия, управлявшая бывшими колониями ВИК после 1792 г. На данное время Утрехтская уния 1579 г. и большинство процедур старой Республики оставались в силе.

Повсеместно в клубах и революционных комитетах возникали бурные дискуссии и оказывалось разного рода давление. В декабре 1795 г. Генеральные Штаты уступили широкому требованию о созыве Национальной Ассамблеи для реформирования устройства Республики, ассамблеи, которая должна была состоять из делегатов, не назначенных провинциями, а избранными народом. На выборах 1796 г. в Национальную Ассамблею право голоса получило все мужское население в возрасте старше 20 лет, не получающее пособие по бедности. Открытие Ассамблеи состоялось 1 марта 1796 г. Тем не менее, состав делегатов продемонстрировал лишь частичный разрыв с прошлым. Некоторые делегаты были юристами, журналистами и другими представителями свободных профессий, но многие — выходцами из регентских и дворянских семей. Что еще более важно, радикалы, которые хотели ликвидировать Утрехтскую унию и старую федеративную структуру Республики, не имели подавляющего большинства. Ассамблея включала большой блок антиоранжистских федералистов, которые желали избежать резкого разрыва на институциональном фронте и сохранить значительную часть традиционной структуры.

Результатом этого стала предложенная новая конституция, которая сохраняла федеральные принципы и многие характерные черты Соединенных Провинций. Она была, в конечном счете, отвергнута избирателями на плебисците, состоявшемся в августе 1797 г., но в конце 1797 г. ситуация по-прежнему оставалась тупиковой, правительственные органы разделились между федералистами и унитаристами. В январе 1798 г. французы поддержали радикальный coup d'etat («переворот» (фр.))> в результате которого федералисты были изгнаны из состава Национальной Ассамблеи. После этого избирателям была предложена фундаментально новая, унитарная конституция, устранявшая всю структуру прошлого, и принята большинством голосов в апреле 1798 г. Но Соединенные Провинции еще не умерли. За новую конституцию голосовал радикально урезанный состав избирателей, из числа которых были исключены оранжисты и федералисты. Только около 30% электората вообще приняло участие в голосовании. Более того, поддержка новой конституции в значительной мере исходила от преимущественно католических областей бывших Генералитетских земель. В июне 1798 г. произошел второй coup d'etat, во главе с группой умеренных «патриотов», которые настаивали на непреходящем значении традиций и органов власти старой Республики. Они сохранили новую конституцию, но не предприняли никаких практических мер по ее введению в действие.

Революционный порыв 1795 г. просуществовал очень недолго. Разгром нидерландского военно-морского флота британцами в битве при Кэмпердауне, у Ден Хелдера в октябре 1795 г., окончательно охладил рвение тех, кто усматривал спасение Республики в ведении революционной войны против Британии, и ознаменовал конец нидерландского военно-морского флота как значительного фактора в мировой политике. Переворот в июне 1798 г., за которым последовал еще более умеренный переворот 1801 г., на какое-то время (до 1805 г.) парализовал усилия, направленные на фундаментальное изменение институциональных и административных структур, унаследованных от прошлого. Даже там, где между 1798 и 1805 гг. произошли значительные изменения, скрывавшиеся за «фасадом» реалии зачастую являли удивительную степень преемственности со старой Республикой.

Ничто не имело более важного значения для Соединенных Провинций до 1795 г., чем провинциальный суверенитет и организация администрации, правосудия, налогообложения и патронажа на провинциальной основе. Таким образом, одна из главных задач унитарной конституции 1798 г. и существенная для ее целей, заключалась в роспуске этих провинциальных структур. Были разработаны масштабные планы, направленные на подчинение новых «департаментов», заменивших провинции, центральной власти, что превращало департаменты в чисто административные единицы и отменяло старый образ мышления путем разрыва связей с прежними провинциями, изменения их названий и перекройки их границ. Соответственно, Голландия была разделена на три департамента, Фрисландия объединена с Гронингеном в новый департамент Эмс, Статс-Брабант объединен с частями бывших Голландии и Гелдерланда в новый Северный Брабант, тогда как Утрехт исчез, будучи разделен между новым департаментом Рейн (остаток Гелдерланда) и Тексель (Северная Голландия).

Но это административное устройство не удалось закрепить, и после 1801 г. правящий режим, по большей части, вернулся к старым провинциальным границам. Что еще более важно, подчинение центральной власти произошло скорее формально, чем на деле, и значительная часть судебной системы и механизма сбора налогов на определенное время осталась в руках патрициев и дворян, нередко бывших теми же людьми, которые управляли провинциальными администрациями до 1795 г. «Революционная смута оставила нидерландское общество в удивительно упорядоченном состоянии», — отмечал английский путешественник в 1800 г., изумляясь, что девизы и легенды монет и печатей старой Республики до сих пор были действительны, и что Восстание против Испании, несмотря на миновавшие с тех пор два столетия, по-прежнему в такой степени осталось основой политического кругозора простого народа, что все его события «рассказывались и заново переживались со всей подробностью и обстоятельностью недавних событий».

Другой фундаментальной чертой старой Республики, несовместимой с новой, была высокая степень городской автономии. Чтобы революционная идеология и централизаторские цели Батавской Республики что-то значили на практике, она должна была устранить муниципалитеты старого типа, с их засильем регентов. Но на данное время этого не произошло. Вплоть до 1805-06 гг. городские органы власти, не в последнюю очередь, амстердамский vroedschap, в значительной мере успешно сохраняли контроль над бюргерским ополчением, налогообложением, правосудием и многими другими сферами. В Амстердаме городской совет даже восстановил старое символическое количество из 36 мест.