С выделением из состава Регистрационного управления Отдела военного контроля оно тем не менее сохранило свое название, что никоим образом не соответствовало решаемым Управлением задачам.

Уже 5 ноября Аралов наряду с главкомом и начальником ПШ Ф.В. Костяевым подписал директиву, в которой речь шла, кроме всего прочего, о советском военном агенте в Берлине Р.-К.Ф. Вальтере и его помощниках В.В. Липском и В.Л. Пятницком. Директива была направлена командованию Северного фронта, Западного района обороны и петроградскому окружному военкому: «Ввиду того, что Германия предложила нашим официальным представителям покинуть немедленно пределы Германии впредь до удовлетворения ее требования по отношению убийц графа Мирбаха и ввиду того, что в связи с этим возможны активные действия со стороны противника и белогвардейцев, приказываю:.. 7. Усилить разведку по фронту и в тылу противника, тщательно следя за его передвижением и группировкой. Об исполнении по этой телеграмме донести».

В качестве первоочередных мероприятий, которые предстояло выполнить Агентурному отделу, были сформулированы следующие: «распределение задач по агентуре между фронтами армий и тыловыми военными округами, распределение средств и норм расхода на них; определение районов агентуры для военных округов (в мирное время) и фронтов (в военное время); руководство наиболее слабыми из них; разработка штатов для всех инстанций агентуры».

Агентурный отдел был призван собирать и анализировать для главнокомандующего всеми вооруженными силами Республики и Полевого штаба сведения, необходимые для ведения операций; «организовывать систематическое изучение состояния вооруженных сил Белой армии, враждебных групп и стран (условия их комплектования, мобилизации, сосредоточения. планы перевозок и снабжения; сведения об их общественной жизни, внешней и внутренней политике, торговле, промышленности, финансах, общественном мнении, экономических и политических планах и задачах), а также прессы, военных изданий, уставов, инструкций и т. п. иностранных государств». В задачи Агентурного отдела входил также анализ сведений, полученных от Морской регистрационной службы. По всем вопросам Агентурный отдел составлял еженедельные сводки с выводами из них. В экстренных случаях при получении важных и срочных сведений отдел немедленно сообщал их в подлиннике главному командованию с указанием источника получения, степени достоверности и т. п. В отделе печатались описания районов боевых действий, предполагалось, что раз в год будет осуществляться полное обновление сведений. В функции отдела входили также: печатание и перевод иностранных военных книг, инструкций и наставлений; печатание и рассылка инструкций для всех штабов фронтов, армий и дивизий — «для агентов, агентурных пунктов и по агентурной работе; всех сведений и новых способов и приемов изучения во всех областях жизни противника».

10 ноября 1918 г., уже после создания Региструпра, председатель Высшей военной инспекции Н.И. Подвойский (наркомвоен с 10 (23). 11.1917—13.3.1918) представил доклад на имя Реввоенсовета Республики под названием «Организация глубокой разведки». «На войне “повелевает обстановка". - писал Подвойский, в тот момент, когда шла речь о выживании Советской Республики во враждебном окружении, — следовательно, чем лучше и точнее она будет известна, тем яснее вырисуется ее веление и тем более правильным и соответственным будет план действий. По этим причинам является настоятельно необходимым принять все меры к своевременному выяснению обстановки, т. е. к своевременной организации мощной и интенсивной разведки в широком смысле этого слова. Враги Р.С.Ф.С.Р. окружают ее со всех сторон, замыкая почти в сплошное кольцо, и тем самым диктуют необходимость действий по внутренним операционным линиям, т. е. к группировке войск в центральных районах и затем своевременной стремительной переброске их или на угрожаемые участки периферии, противопоставляя маневрам противника свои контрманевры, и тем парируя его замыслы, или на нащупанные слабые участки неприятельского фронта и нанося ему там поражения. При таком образе действий разведка приобретает особо важное значение и требует заблаговременной и тщательной ее организации».

«Средствами разведки. — подчеркивал бывший наркомвоен, бывший семинарист и бывший выпускник Демидовского юридического лицея, — обычно служат: пресса, телеграфные и почтовые конторы, радиотелеграфы, агенты, шпионы, местные жители, пленные, аэропланы; в современной же обстановке для этой цели должны служить, главным образом, партийные работники и партийные ячейки, разбросанные по неприятельской территории и связанные с таковыми же ячейками приграничных районов Республики; в данное время это одно из самых надежных средств разведки…»

Приведенный доклад был уже вторым на заданную тему, первый был представлен Подвойским Председателю Совнаркома еще 22 октября. После этого состоялась встреча, на которой В.И. Ленин, в целом одобрив доклад, высказал свои соображения по организации разведки, которые были учтены автором в тексте второго доклада. Так, Н.И. Подвойским была изъята из текста следующая рекомендация: «Особенно нужно быть осторожным с двойными шпионами, но не избегать их совершенно, а обставлять и платить им так, чтобы они не дорожили своей работой у противника», а также ряд более мелких замечаний в части оперативных направлений организации разведки. Вместе с тем в доклад были добавлены и высказанные В.И. Лениным немногочисленные предложения. Ленинское предложение о том, что «современная агентура должна строиться на идейно-классовой основе» определило на многие годы подход к организации вербовочной работы военной разведкой. В.И. Ленин также прозорливо увидел угрозу, которую представляет для Советской России Восточный фронт.

21 ноября 1918 г, состоялось открытие Курсов разведки и военного контроля (всецело в распоряжение Региструпра они перешли в сентябре 1919 г.) и 29 специально отобранных слушателей приступили к занятиям.

Лекции читались по следующим предметам: «Пехотная разведка» — Стульба В.Ю., «Артиллерия» — Чинтулов И.Д., «География» — Максимов В.И., «Служба связи» — Чинтулов И.Д… «Администрация» — Самуйлов И.С., «Тактика» — Стульба В.Ю., «Артиллерийская разведка» — Цейтлин В.М., «Контрразведка» — Кавтарадзе П.А., «Инженерная разведка» — Цейтлин В.М… «Топография» — Маттис Г.О., «Кавалерийская разведка» — Максимов В.И., «Военнотопографическая разведка» — Теодори Т.П. (он же начальник курсов).

Но одним из основных предметов была, конечно, «Агентурная (тайная) разведка». Программа этого курса, разработанная В.М. Цейтлиным, предусматривала знакомство слушателей со следующими вопросами: «I. Значение разведки в мирное и военное время. Связь между оперативной и разведывательной работой. Недостаточность одной войсковой разведки. Тайная разведка, необходимость её и значение. Краткие сведения по истории шпионажа. Определение понятия шпионства и взгляд на него. II. Вербовка агентов, требования соблюдаемые при приеме на службу агентов, подготовка агентов. Школы агентов. Агенты-резиденты и ходоки. Что должен знать агент-резидент. Меры соблюдения тайны и безопасности разведчика. III. Как проводить разведку агенту. Опрос возвращающихся агентов. Регистрация агентурных сведений. Контроль агентов, пропуск их через наши линии фронта и границу в мирное время. IV. Краткое понятие об организиции агентурных сетей в мирное время. Задачи разведки мирного времени. Мобилизация тайной агентуры. V. Организация тайной агентуры и её задачи в военное время. Способы сношений с агентами. Условная переписка, различные её способы. VI. Задачи поручаемые тайным агентам. 4 вида шпионажа — военный, дипломатический, внутренне-политический и экономический. VII. Шпионаж военный и дипломатический. VIII. Шпионаж внутренне-политический и экономический. Способы добывания агентами сведений. IX. Искровая слежка. Сведения из прессы. Работа различных органов разведки в штабах различных инстанций. X. Краткое повторение курса. Разъяснение каких-либо вопросов». Практические занятия по Разведывательной службе штабов проводили В.М. Цейтлин и В.Ю. Стульба.