Его первой задачей была консолидация сил, выступающих за независимость, к которой он стремился. Северные провинции — Байя, Мараньон и Пара — были заняты португальскими войсками и лояльными португальскому суверенитету и оппозиционными Педру латифундистами. Но расстояния делали сухопутную военную экспедицию против них невозможной. Случайно в середине марта 1823 года в Рио-де-Жанейро заехал знаменитый адмирал лорд Кокрейн, который еще совсем недавно боролся с испанским господством на Тихом океане и сопровождал Сан-Мартина при его переходе из Чили в Перу. Антониу Корреа, бразильский консул в Буэнос-Айресе, уже вел в ноябре 1822 года переговоры с Кокрейном о поступлении его на бразильскую службу. Тогда ответ Кокрейна был быстрым и равнодушным: «Война на Тихом океане счастливо закончилась полным уничтожением испанских военно-морских сил. Я, конечно, могу принять участие в деле борьбы за свободу в любой другой части света… Но признаюсь вам, меня интересует в настоящее время не столько Бразилия, сколько Греция — наиболее страдающая из всех современных стран, и большие возможности, открывающиеся там». Но Рио-де-Жанейро находился на его пути домой, в Европу. Когда он приехал туда, его тут же проводили к императору. Удивительно, но эти два человека сразу понравились друг другу. Педру откровенно восхищался этим грубым, подчас несносным мужчиной, вдвое старше его, а в Педру было что-то такое, что пробуждало отцовские чувства у Кокрейна. И еще — оба были весьма импульсивными натурами.

Кокрейн согласился поступить на императорскую службу с жалованьем восемь тысяч долларов в год (очень приличным для того времени). Вместе они проинспектировали флот, который не выдерживал сравнения даже с чилийской флотилией Кокрейна: всего восемь кораблей, из них два не могли плавать в море, а два можно было использовать только как брандеры, пятый — «Мария де Глория» — нуждался в серьезном ремонте. Только флагманский корабль, семидесятичетырехпушечный «Педру Примейру» и фрегат «Пиранга» впечатляли. «Либерал» находился в удовлетворительном состоянии. Португальский флот, напротив, выглядел прилично: в его состав входило тринадцать отличных кораблей — один линейный корабль, пять фрегатов, пять корветов, шхуна и бриг. При первом знакомстве с флотом Кокрейн был озадачен — возможно, подумал, что взял на себя слишком много.

«Педру Примейру» под его командой уверенно повел за собой в бой три других мореходных корабля, нашел прореху в португальской линии обороны и отрезал четыре судна противника от основных сил. Когда Кокрейн приказал остальным кораблям вступить в бой, они остались в отдалении, и «Педру Примейру» оказался один на один с врагом. Вскоре Кокрейн узнал, что только несколько корабельных пушек могут стрелять, да и то время от времени: артиллеристы экономили порох. «Педру Примейру» вынужден был ретироваться. Его команда из ста шестидесяти человек состояла из английских и американских моряков, освобожденных рабов и бродяг из Рио-де-Жанейро. Вне себя от гнева, Кокрейн, возвратившись в порт, перевел из экипажей всех кораблей английских и американских моряков на «Педру Примейру», заменив тем самым слабую часть экипажа. Как уже много раз случалось за годы его морской службы, удача не оставила его, командира единственного корабля, противостоявшего множеству других.

В июне 1823 года целью Кокрейна был находившийся в руках португальцев порт Байя, расположенный в восьмистах милях по побережью в сторону экватора. Он произвел рекогносцировку в своей обычной дерзкой манере. Кокрейн вошел в огромную бухту Баии, чтобы обозначить на карте якорную стоянку португальского флота. В ответ на приветствие одного из военных кораблей он объявил себя британским торговым судном. Стояла безлунная ночь. Неожиданно ветер спал, и Кокрейна оказался перед пушками португальского флота и береговой артиллерии. С присущей ему выдержкой он позволил своему кораблю дрейфовать вниз по реке вместе с отливом, используя якоря, чтобы не наскочить на камни. Боевая репутация Кокрейна, обретенная в ходе его операций во Франции и Чили, была известна, и когда генерал Мадейра из Баии узнал, что таинственное ночное торговое судно проникло на стоянку португальского флота, его охватил ужас, ведь его корабли могли стать легкой добычей брандеров и подрывников.

Кокрейн же прибег к психологическому оружию — он предложил Мадейре сдаться, дабы избежать жертв среди мирных жителей. Гарнизон Баии нуждался в поставках продовольствия, так как корабли Кокрейна блокировали порт. Замечательным представляется то, что действия португальского флота были парализованы так называемой флотилией, состоящей из одного корабля. 2 июля Мадейра решил эвакуировать весь гарнизон и большую часть населения на семидесяти транспортах в сопровождении тринадцати португальских боевых кораблей на более безопасную стоянку в Сан-Луиш-ди-Мараньон в нескольких сотнях миль к северу. Четыре корабля Кокрейна, действуя как шакалы вокруг стада в саванне, выдергивали из конвоя транспорты поодиночке. Португальские военные корабли предпочитали находиться на расстоянии, и лишь отдельные вооруженные транспортные суда оказывали небольшое сопротивление. Люди Кокрейна быстро высаживались на суда, и, поскольку у них не было лишних моряков, просто сносили мачты. Суда не могли плыть дальше, и их относило обратно в бухту Баии.

Таким образом было выведено из строя несколько тысяч солдат. Кокрейн пытался спровоцировать португальские военные корабли атаковать его. Он надеялся увлечь их в погоню посреди океана и тем самым оторвать от основного конвоя, но они не попались на эту приманку. 16 июля он пытался провести ночную атаку на сами военные корабли. «Педру Примейру» был поврежден, его основной парус разорвался надвое, но португальцы из-за темноты не поняли, что произошло. И Кокрейн смог успешно выйти из боя. Выведя из строя половину португальского гарнизона, он все же не был удовлетворен и с огорчением наблюдал, как уходит, скрываясь в экваториальном тумане, вторая половина.

Но, потеряв португальский флот из виду, он не отказался от погони, поскольку знал от пленных, где его искать, и был уверен, что, как только главный парус будет восстановлен, скорость «Педру Примейру» позволит ему перехватить противника. Оставив позади свои менее быстроходные корабли, он кинулся к Сан-Луиш-ди-Мараньону и прибыл туда 26 июля, задолго до прихода португальцев. Он поднял португальский флаг и ждал шлюпку, высланную губернатором доном Агостиньу Антониу ди Фамой, который решил, что это — авангард португальского эвакуационного флота из Баии. Как только члены приветственной группы поднялись на борт «Педру Примейру», их схватили, а капитана направили на берег к губернатору с посланием от Кокрейна. Тот сообщал, что португальский флот полностью уничтожен, а «Педру Примейру» — головной корабль мощной бразильской эскадры. Письмо Кокрейна, в частности, гласило: «Я полон решимости не допустить того разорения, грабежей церквей и людей, насилия и жестокостей в Мараньоне, которые войска Баии учинили там». Далее он, однако, предложил вполне пристойные условия, включавшие репатриацию войск Мараньона на торговых судах в Португалию. На самом деле больше всего он хотел, чтобы войска из города уехали до прибытия основных португальских сил, то есть до того, когда обман откроется. У него имелась только команда корабля, которой противостояли несколько тысяч человек гарнизона, стоявшего в Мараньоне, хорошо укрепленная береговая артиллерия и — хоть и значительно уменьшенная — армия Мадейры.